More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0046 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
301 aa  625  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  72.09 
 
 
300 aa  478  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  60.78 
 
 
302 aa  389  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  58.54 
 
 
288 aa  361  9e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  48.12 
 
 
318 aa  301  7.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  46.96 
 
 
399 aa  299  4e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  49.33 
 
 
405 aa  294  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  45.67 
 
 
426 aa  288  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  46.74 
 
 
408 aa  281  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  40.8 
 
 
316 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  40.27 
 
 
329 aa  226  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  40.06 
 
 
330 aa  224  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  36.62 
 
 
350 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  35.67 
 
 
351 aa  215  9e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  36.6 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  35.99 
 
 
350 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  35.99 
 
 
350 aa  212  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.55 
 
 
311 aa  211  9e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  38.28 
 
 
337 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  38.28 
 
 
337 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  37.62 
 
 
337 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3989  cytochrome c oxidase, subunit II  37.12 
 
 
330 aa  205  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  36.99 
 
 
316 aa  201  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2419  cytochrome c oxidase, subunit II  31.48 
 
 
358 aa  196  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0372558  normal  0.514395 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 
389 aa  194  1e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  33.55 
 
 
314 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  34.88 
 
 
313 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  33.78 
 
 
329 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  34.55 
 
 
310 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  32.12 
 
 
318 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  33.65 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  33.66 
 
 
359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  32.99 
 
 
362 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  32.31 
 
 
362 aa  169  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  31.97 
 
 
362 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4872  cytochrome c oxidase subunit II  30.57 
 
 
382 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.780427  normal  0.052805 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3795  cytochrome c oxidase subunit II  30.57 
 
 
382 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6209  cytochrome c oxidase, subunit II  29.71 
 
 
382 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5936  cytochrome c oxidase subunit II  29.71 
 
 
382 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1564  cytochrome C oxidase polypeptide II  30.11 
 
 
384 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  28.49 
 
 
388 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7362  cytochrome c oxidase, subunit II  28.77 
 
 
394 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.674364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  27.09 
 
 
384 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3632  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I  27.58 
 
 
444 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3955  cytochrome c oxidase subunit II  30.06 
 
 
391 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  35.68 
 
 
211 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  30.47 
 
 
367 aa  132  5e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  30.08 
 
 
370 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  27.55 
 
 
377 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  26.6 
 
 
377 aa  125  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  29.32 
 
 
311 aa  123  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  29.58 
 
 
349 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
349 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  25.52 
 
 
346 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3958  cytochrome c oxidase, subunit II  27.48 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  28.99 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  29.46 
 
 
324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3660  cytochrome c oxidase subunit II  30.36 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  26.15 
 
 
359 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3139  cytochrome c oxidase subunit II  29.46 
 
 
316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  26.37 
 
 
377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
517 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
525 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
517 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
525 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
517 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
525 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  26.41 
 
 
525 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0179  cytochrome c oxidase, subunit II  31.63 
 
 
298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  27.04 
 
 
538 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  26.4 
 
 
351 aa  113  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  26.48 
 
 
525 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  27.04 
 
 
544 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  27.83 
 
 
330 aa  112  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  26.86 
 
 
557 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  25 
 
 
532 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  33.68 
 
 
243 aa  112  9e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  28.2 
 
 
401 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2641  cytochrome c oxidase subunit II  28.11 
 
 
321 aa  111  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.398022  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4298  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  28.8 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00204319  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  23.4 
 
 
385 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  29.65 
 
 
274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  24.53 
 
 
390 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1754  cytochrome c oxidase subunit II  29.41 
 
 
275 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.636353  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  27.45 
 
 
354 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  29.09 
 
 
255 aa  110  3e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0278  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 
302 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  normal  0.0449669 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  24.25 
 
 
532 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  24.25 
 
 
532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  24.25 
 
 
532 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  29.3 
 
 
371 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  24.53 
 
 
418 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>