More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2840 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2840  30S ribosomal protein S5  100 
 
 
162 aa  323  8e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.122031  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0643  30S ribosomal protein S5  93.21 
 
 
162 aa  301  2e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.75279e-06  hitchhiker  1.14757e-07 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3311  30S ribosomal protein S5  83.95 
 
 
162 aa  280  6e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.04124e-09 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0950  30S ribosomal protein S5  83.95 
 
 
162 aa  280  6e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00386761  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1083  30S ribosomal protein S5  84.57 
 
 
162 aa  280  7e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.237908  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0697  30S ribosomal protein S5  81.48 
 
 
162 aa  271  2e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1363  30S ribosomal protein S5  80.25 
 
 
162 aa  267  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00227785  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0718  30S ribosomal protein S5  71.7 
 
 
163 aa  232  1e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.160468  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1928  30S ribosomal protein S5  75 
 
 
168 aa  223  8e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.69161 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2035  30S ribosomal protein S5  74.36 
 
 
169 aa  219  2e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.34488  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1950  30S ribosomal protein S5  74.36 
 
 
169 aa  219  2e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1929  30S ribosomal protein S5  73.72 
 
 
169 aa  218  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1572  ribosomal protein S5  68.55 
 
 
166 aa  218  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0532593  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2240  30S ribosomal protein S5  64.74 
 
 
163 aa  211  3e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109311  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01340  ribosomal protein S5  67.92 
 
 
166 aa  211  4e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.162816  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1507  ribosomal protein S5  65.82 
 
 
173 aa  211  4e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.360692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2694  ribosomal protein S5  67.09 
 
 
164 aa  210  5e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0124  30S ribosomal protein S5  65.22 
 
 
166 aa  209  9e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0303  30S ribosomal protein S5  65.22 
 
 
166 aa  209  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.49284e-05  normal  0.159424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1748  30S ribosomal protein S5  64.74 
 
 
163 aa  209  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.749725  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2443  30S ribosomal protein S5  66.46 
 
 
166 aa  208  3e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.995236 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0725  ribosomal protein S5  62.73 
 
 
165 aa  207  5e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.104359  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0128  30S ribosomal protein S5  63.98 
 
 
166 aa  206  8e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0232  30S ribosomal protein S5  64.6 
 
 
166 aa  206  8e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010623  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2757  30S ribosomal protein S5  62.66 
 
 
163 aa  206  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0511806  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0439  30S ribosomal protein S5  64.6 
 
 
166 aa  205  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0096  30S ribosomal protein S5  61.15 
 
 
163 aa  203  9e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0990487 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0121  30S ribosomal protein S5  62.26 
 
 
166 aa  201  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2048  30S ribosomal protein S5  62.18 
 
 
163 aa  200  9e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00145313  normal  0.0102029 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2212  30S ribosomal protein S5  63.87 
 
 
172 aa  197  5e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  1.5537e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2406  30S ribosomal protein S5  62.58 
 
 
172 aa  197  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0326698  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0127  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0304335  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0127  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00181316  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5178  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  5.95354e-09  unclonable  1.58877e-25 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0127  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  3.3601e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0123  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.20585e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0121  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  8.28927e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0158  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.26666e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0148  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000129671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0139  30S ribosomal protein S5  61.64 
 
 
166 aa  197  6e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.93712e-62 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2047  30S ribosomal protein S5  62.58 
 
 
172 aa  196  1e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0164309  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0775  30S ribosomal protein S5  64.2 
 
 
167 aa  196  1e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  4.09593e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2697  30S ribosomal protein S5  64.56 
 
 
165 aa  196  2e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2382  30S ribosomal protein S5  64.56 
 
 
165 aa  196  2e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0122  30S ribosomal protein S5  61.01 
 
 
166 aa  196  2e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  8.348e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0242  ribosomal protein S5  61.64 
 
 
168 aa  195  2e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.529563  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3988  ribosomal protein S5  68.46 
 
 
166 aa  195  2e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0501123  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2316  ribosomal protein S5  63.82 
 
 
167 aa  195  2e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00562795  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0306  30S ribosomal protein S5  61.29 
 
 
172 aa  195  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0963107  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2279  30S ribosomal protein S5  60.65 
 
 
172 aa  194  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  1.67346e-08  hitchhiker  0.00339787 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0211  SSU ribosomal protein S5P  63.69 
 
 
168 aa  194  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102513  normal  0.321891 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23300  SSU ribosomal protein S5P  60.38 
 
 
179 aa  194  6e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0615843  hitchhiker  6.6757e-06 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09830  SSU ribosomal protein S5P  62.5 
 
 
173 aa  194  6e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0111363  hitchhiker  1.46915e-05 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0619  30S ribosomal protein S5  60 
 
 
172 aa  193  7e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.797529 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4931  ribosomal protein S5  60.51 
 
 
182 aa  192  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.023543  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2920  30S ribosomal protein S5  62.11 
 
 
166 aa  192  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000379873  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1834  30S ribosomal protein S5  60.65 
 
 
172 aa  192  2e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.459272  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2671  30S ribosomal protein S5  56.69 
 
 
199 aa  191  3e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.390109  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0198  30S ribosomal protein S5  60.65 
 
 
171 aa  191  5e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.136971  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1728  30S ribosomal protein S5  62.89 
 
 
168 aa  190  6e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  1.23427e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2161  ribosomal protein S5  60.93 
 
 
175 aa  189  1e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0929942  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1164  30S ribosomal protein S5  58.23 
 
 
174 aa  189  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00523189  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0732  ribosomal protein S5  61.78 
 
 
190 aa  188  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1357  ribosomal protein S5  62.66 
 
 
197 aa  188  3e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4781  30S ribosomal protein S5  59.48 
 
 
185 aa  188  3e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.694187  hitchhiker  5.9117e-07 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3007  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
179 aa  187  4e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.137174  hitchhiker  0.00889655 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1243  30S ribosomal protein S5  59.38 
 
 
169 aa  186  8e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00969773  hitchhiker  0.0030984 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0864  SSU ribosomal protein S5P  57.14 
 
 
177 aa  186  8e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0107209  hitchhiker  0.00625642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1632  ribosomal protein S5  61.64 
 
 
172 aa  186  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05805  30S ribosomal protein S5  59.49 
 
 
174 aa  186  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2983  30S ribosomal protein S5  60.4 
 
 
192 aa  185  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.394302  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1168  30S ribosomal protein S5  62.26 
 
 
180 aa  184  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0459782  normal  0.0987019 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0380  30S ribosomal protein S5  56.96 
 
 
173 aa  184  4e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0715  30S ribosomal protein S5  57.05 
 
 
189 aa  183  7e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.128922  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0579  30S ribosomal protein S5  63.82 
 
 
210 aa  183  9e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.898965  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1661  30S ribosomal protein S5  59.6 
 
 
185 aa  182  1e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.115923  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0563  30S ribosomal protein S5  57.89 
 
 
189 aa  182  2e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1371  30S ribosomal protein S5  58.17 
 
 
189 aa  182  2e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.868887  normal  0.133817 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0180  30S ribosomal protein S5  64.56 
 
 
171 aa  182  2e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.280256 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3650  ribosomal protein S5  57.59 
 
 
168 aa  181  4e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.74802e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1202  30S ribosomal protein S5  65.54 
 
 
208 aa  181  4e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.0445875 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1144  ribosomal protein S5  59.35 
 
 
173 aa  181  5e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  7.88101e-07  normal  0.0120151 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4009  30S ribosomal protein S5  61.01 
 
 
180 aa  180  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  8.76107e-05  hitchhiker  7.86108e-05 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2753  ribosomal protein S5  58.17 
 
 
186 aa  180  7e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3085  normal  0.221046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3431  30S ribosomal protein S5  56.58 
 
 
190 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.211149  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4259  ribosomal protein S5  57.33 
 
 
166 aa  179  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.44419e-06  unclonable  2.59852e-12 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1466  30S ribosomal protein S5  58.86 
 
 
169 aa  179  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.30874e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5053  30S ribosomal protein S5  55.56 
 
 
190 aa  178  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0884  30S ribosomal protein S5  57.76 
 
 
167 aa  178  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.560186  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0443  30S ribosomal protein S5  57.23 
 
 
165 aa  179  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.13397e-09  hitchhiker  0.000112579 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4304  ribosomal protein S5  64.24 
 
 
205 aa  178  3e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0514  30S ribosomal protein S5  56.13 
 
 
176 aa  177  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0137335  unclonable  1.77209e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0344  30S ribosomal protein S5  56.13 
 
 
176 aa  177  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.327612  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2629  30S ribosomal protein S5  62.5 
 
 
200 aa  178  4e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.192925  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1381  30S ribosomal protein S5  56.67 
 
 
191 aa  177  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.644809  normal  0.545679 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  59.06 
 
 
171 aa  177  5e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.1388e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3400  ribosomal protein S5  61.59 
 
 
215 aa  177  5e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.608039  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1103  Ribosomal protein S5-like protein  62.5 
 
 
210 aa  177  5e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5141  ribosomal protein S5  63.16 
 
 
200 aa  177  5e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.675999 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0859  ribosomal protein S5  63.51 
 
 
182 aa  177  5e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>