More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0223 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0223  protoheme IX farnesyl transferase, putative  100 
 
 		 270 aa  514  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.468009  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0253  UbiA prenyltransferase  62.11 
 
 		 271 aa  288  6e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0707527 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0046  UbiA prenyltransferase  49.27 
 
 		 272 aa  206  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000129053 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0047  UbiA prenyltransferase  49.81 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1827  protoheme IX farnesyltransferase, putative  41.92 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000128435  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0532  UbiA prenyltransferase  42.51 
 
 		 346 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.249862 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0503  protoheme IX farnesyltransferase  39.37 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1349  UbiA prenyltransferase  40.36 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2955  protoheme IX farnesyltransferase  40.93 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01175  cytochrome c oxidase assembly factor (CtaA) + protoheme IXfarnesyltransferase (CtaB)  36.51 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0901  protoheme IX farnesyltransferase  41.07 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0391219  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2530  polyprenyltransferase (cytochrome oxidase assembly factor)  40.8 
 
 		 276 aa  113  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0950  protoheme IX farnesyltransferase  40.62 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0952  protoheme IX farnesyltransferase  40.62 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1658  protoheme IX farnesyltransferase  32.9 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0946  protoheme IX farnesyltransferase  40.93 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.660231 
 
 
-
 
NC_002978  WD0302  protoheme IX farnesyltransferase  35.83 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00437405  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0623  protoheme IX farnesyltransferase  33.67 
 
 		 302 aa  108  7.000000000000001e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0491007  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0270  protoheme IX farnesyltransferase  32.89 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.239431  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00379  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.013181  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3181  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.025635  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00383  hypothetical protein  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0198461  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0468  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.519171  normal  0.259117 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0503  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.153723  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0463  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271295  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3205  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000844737 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0512  protoheme IX farnesyltransferase  34.21 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.207916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0350  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1046  protoheme IX farnesyltransferase  40 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0225  protoheme IX farnesyltransferase  36.87 
 
 		 312 aa  105  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0763  protoheme IX farnesyltransferase  36.87 
 
 		 353 aa  105  7e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.467386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0257  protoheme IX farnesyltransferase  36.87 
 
 		 328 aa  105  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3461  protoheme IX farnesyltransferase  36.87 
 
 		 328 aa  105  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0480  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0953207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0541  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.202479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0159  protoheme IX farnesyltransferase (cytochrome o ubiquinol oxidase C subunit IV)  31.44 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0478  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0633595  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0486  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55861  normal  0.0113191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2075  protoheme IX farnesyltransferase  37.23 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.126082  normal  0.501538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1827  protoheme IX farnesyltransferase  34.47 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0766556  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0497  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.621665 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0918  protoheme IX farnesyltransferase  39.2 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0475  protoheme IX farnesyltransferase  34.47 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0811  protoheme IX farnesyltransferase  29.47 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.791489  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0895  protoheme IX farnesyltransferase  33.77 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1004  protoheme IX farnesyltransferase  30 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.458622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0521  protoheme IX farnesyltransferase  37.7 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0982  protoheme IX farnesyltransferase  35.26 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1854  protoheme IX farnesyltransferase  32.77 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2204  polyprenyltransferase (cytochrome oxidase assembly factor)  37.66 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000348808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3771  protoheme IX farnesyltransferase  35.67 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.953397  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0830  protoheme IX farnesyltransferase  37.19 
 
 		 312 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0147164  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0297  protoheme IX farnesyltransferase  32.82 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116054 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3992  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4063  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4047  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4064  protoheme IX farnesyltransferase  32.39 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.298465  normal  0.322583 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3857  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00164429  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3688  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.583143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3705  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000950979  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4155  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1946  protoheme IX farnesyltransferase  37.88 
 
 		 279 aa  102  8e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3960  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1192  protoheme IX farnesyltransferase  35.03 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1086  protoheme IX farnesyltransferase  32.6 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000120352  hitchhiker  0.00000422281 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0615  protoheme IX farnesyltransferase  35.47 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06264  protoheme IX farnesyltransferase  34.74 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1145  protoheme IX farnesyltransferase  33.18 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4320  protoheme IX farnesyltransferase  35.47 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0728  protoheme IX farnesyltransferase  36.32 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.147557 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32550  predicted protein  37.66 
 
 		 393 aa  99.8  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001453  heme O synthase protoheme IX farnesyltransferase COX10-CtaB  36.79 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3468  protoheme IX farnesyltransferase  35.45 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3273  protoheme IX farnesyltransferase  32.6 
 
 		 296 aa  99  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1039  protoheme IX farnesyltransferase  32.6 
 
 		 296 aa  99  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0496396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2886  protoheme IX farnesyltransferase  31.72 
 
 		 296 aa  99  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3245  protoheme IX farnesyltransferase  30.61 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3102  protoheme IX farnesyltransferase  30.61 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3064  protoheme IX farnesyltransferase  30.61 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.106109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001557  heme O synthase protoheme IX farnesyltransferase COX10-CtaB  30.45 
 
 		 290 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0743  protoheme IX farnesyltransferase  35.32 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.120936  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2852  protoheme IX farnesyltransferase  34.31 
 
 		 483 aa  98.2  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47531  Heme A farnesyltransferase  30.47 
 
 		 452 aa  98.2  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.695562  normal  0.861944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4646  protoheme IX farnesyltransferase  36.14 
 
 		 315 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.372407  normal  0.111817 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3077  protoheme IX farnesyltransferase  33.48 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.10772  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5673  protoheme IX farnesyltransferase  33.33 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0250  protoheme IX farnesyltransferase  35.71 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1329  protoheme IX farnesyltransferase  32.72 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1254  protoheme IX farnesyltransferase  32 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0583  protoheme IX farnesyltransferase  34.15 
 
 		 315 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000491835  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0671  protoheme IX farnesyltransferase  33.48 
 
 		 318 aa  96.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0816  protoheme IX farnesyltransferase  35.34 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3828  protoheme IX farnesyltransferase  34.38 
 
 		 305 aa  96.3  5e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47985 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3899  protoheme IX farnesyltransferase  31.65 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0469  protoheme IX farnesyltransferase  34.31 
 
 		 315 aa  95.9  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.362812  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2487  protoheme IX farnesyltransferase  34.85 
 
 		 478 aa  95.9  7e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.316472  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2647  protoheme IX farnesyltransferase  36.48 
 
 		 308 aa  95.9  7e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0475  protoheme IX farnesyltransferase  34.31 
 
 		 312 aa  95.5  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0220  protoheme IX farnesyltransferase  28.77 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2165  protoheme IX farnesyltransferase  36.73 
 
 		 317 aa  94.7  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>