297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2479 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2479  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 324 aa  652    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958913  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  60.46 
 
 		 309 aa  358  9e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2086  periplasmic solute binding protein  52.48 
 
 		 330 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1169  periplasmic solute binding protein  41.67 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.693162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  40.6 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  40.6 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  40.6 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2624  periplasmic solute binding protein  39.62 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  39.25 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  39.25 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  38.72 
 
 		 393 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  39.02 
 
 		 320 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  39.39 
 
 		 320 aa  202  9e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  39.02 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  38.72 
 
 		 291 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  39.02 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  39.02 
 
 		 320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  38.15 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2648  periplasmic solute binding protein  38.37 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  38.37 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.322122 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5931  ABC heavy metal transporter, periplasmic ligand binding protein  38.28 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  37.3 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  33.89 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  34.25 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2613  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.340349  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1454  periplasmic solute binding protein  36.48 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2019  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.79 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1958  periplasmic solute binding protein  38.52 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0292  periplasmic solute binding protein  35.69 
 
 		 329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5320  periplasmic solute binding protein  36.01 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723333 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1188  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.84 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  31.85 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2369  periplasmic solute binding protein  33.82 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00739211  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4923  periplasmic solute binding protein  33.02 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0803  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.33 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000167329  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5104  periplasmic solute binding protein  35.53 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.244188 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4719  periplasmic solute binding protein  35.16 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4805  periplasmic solute binding protein  35.16 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.457429  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0883  metal ion ABC transporter periplasmic protein  32.63 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1722  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  28.76 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000557387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0986  periplasmic solute binding protein  31 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1279  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.36 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0352  periplasmic solute binding protein  30.27 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2641  periplasmic solute binding protein  30.41 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0747  Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein  29.96 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12096  hypothetical protein  34.36 
 
 		 511 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000121377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0239  periplasmic solute binding protein  30.74 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.527409  hitchhiker  0.00481833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  26.67 
 
 		 291 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2376  periplasmic solute binding protein  30.32 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000812872 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35300  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.37 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23608  normal  0.449954 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0611  periplasmic solute binding protein  29.89 
 
 		 298 aa  97.1  4e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0599  periplasmic solute binding family protein  25.31 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 292 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 292 aa  89  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  28.51 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  24.68 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  28.81 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  26.86 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  26.96 
 
 		 309 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  27.55 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  26.06 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  29.3 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  27.98 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  27.2 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  25.16 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  28.52 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  24.41 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  27.86 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  25.86 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  26.32 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.85 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  25.09 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  29.29 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  26.71 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  25.57 
 
 		 321 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  25.08 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  25.43 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  24.71 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  27.08 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  24.43 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4439  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  27.45 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  25.18 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  33.61 
 
 		 287 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  24.28 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  24.48 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  30.49 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  27.6 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  33.58 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  28.9 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  26.06 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  27.84 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  24.41 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  26.56 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  24.14 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  26.49 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  22.08 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  22.22 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  33.87 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>