More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0234 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  477  1e-134  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  89.08 
 
 		 229 aa  405  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1449  two component transcriptional regulator  71.88 
 
 		 246 aa  308  4e-83  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.566781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.52 
 
 		 231 aa  291  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 233 aa  277  1e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.5 
 
 		 240 aa  275  5e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  59.64 
 
 		 233 aa  275  5e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.48 
 
 		 237 aa  270  2e-71  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  59.38 
 
 		 236 aa  268  5e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.39 
 
 		 242 aa  266  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  60.18 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  59.73 
 
 		 252 aa  265  4e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.39 
 
 		 239 aa  261  4.999999999999999e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0219  two component transcriptional regulator  58.26 
 
 		 237 aa  260  2e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.127265  hitchhiker  0.00333518 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.41 
 
 		 239 aa  259  3e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  58.67 
 
 		 235 aa  259  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0578  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.78 
 
 		 244 aa  258  5.0000000000000005e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0308  two component transcriptional regulator  59.65 
 
 		 239 aa  258  8e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2937  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.94 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3631  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.44 
 
 		 235 aa  256  3e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10772  two component system response transcriptional positive regulator phoP  54.55 
 
 		 247 aa  256  3e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.864575 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.14 
 
 		 271 aa  255  5e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.78 
 
 		 238 aa  254  8e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  57.96 
 
 		 406 aa  254  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6507  two component transcriptional regulator  60.09 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0763131  normal  0.20607 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 		 241 aa  251  6e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  57.4 
 
 		 236 aa  250  1e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07910  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  53.28 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8872  response regulator receiver protein  58.48 
 
 		 234 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.347509  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3340  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.77 
 
 		 258 aa  249  2e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0454745 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0822  response regulator receiver  51.26 
 
 		 241 aa  250  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0530683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.31 
 
 		 236 aa  249  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1581  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5175  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 		 236 aa  249  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.17 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.05 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  58.22 
 
 		 241 aa  248  5e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4590  two component transcriptional regulator  55.31 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4678  two component transcriptional regulator  55.31 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.337028  normal  0.895878 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4973  two component transcriptional regulator  55.31 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3267  winged helix family two component transcriptional regulator  59.56 
 
 		 229 aa  245  4e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0891778  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0379  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.48 
 
 		 233 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.605912  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0005  response regulator  50.42 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.201532  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  56.7 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0720  response regulator receiver domain protein  49.15 
 
 		 246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.351492 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  55.51 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  53.1 
 
 		 257 aa  240  1e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0899  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.05 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.383063 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  53.74 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4408  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.36 
 
 		 230 aa  234  9e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1724  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.8 
 
 		 243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22060  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  50.67 
 
 		 254 aa  232  3e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0729677  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6496  two component transcriptional regulator  57.59 
 
 		 231 aa  231  6e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00132974  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3926  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 254 aa  231  6e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4000  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 254 aa  231  6e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3941  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 254 aa  231  6e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0990172 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5255  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.8 
 
 		 242 aa  231  1e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0134474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0804  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 246 aa  229  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0655  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2266  two component transcriptional regulator  53.3 
 
 		 249 aa  228  6e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00896474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4688  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.22 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4429  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 		 250 aa  225  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.133228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13797  two component transcriptional regulatory protein  50.44 
 
 		 286 aa  225  6e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.173423 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1418  response regulator receiver  52.32 
 
 		 251 aa  225  6e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0582944 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  52.68 
 
 		 230 aa  224  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1384  two component transcriptional regulator  52.94 
 
 		 252 aa  222  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00801111  normal  0.0620226 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 223 aa  221  8e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.87 
 
 		 224 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  51.11 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.65 
 
 		 228 aa  218  7.999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  48.96 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0208  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 238 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.44 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  47.98 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6147  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 244 aa  209  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200947 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 224 aa  209  5e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 		 240 aa  208  6e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 236 aa  206  2e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  45.09 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  45.54 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.98 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  45.09 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  45.09 
 
 		 227 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  51.08 
 
 		 237 aa  204  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 224 aa  204  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 225 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.84 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1823  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.02 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7401  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.22 
 
 		 229 aa  202  5e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.263718  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 224 aa  201  9e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>