More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0168 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0168  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
119 aa  229  7e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  1.07676e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1166  RNA-binding S1 domain-containing protein  60.98 
 
 
123 aa  136  9e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  3.91852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.08 
 
 
124 aa  130  9e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  8.79414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.93 
 
 
124 aa  129  2e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  4.45297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.54 
 
 
123 aa  126  9e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  1.94904e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  39.2 
 
 
133 aa  90.5  7e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  38.4 
 
 
133 aa  88.2  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.00816e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  38.4 
 
 
133 aa  88.2  4e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  4.17558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  43.86 
 
 
120 aa  87.8  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.31287e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  38.84 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  2.38948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  41.38 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  35.85 
 
 
127 aa  82  3e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  35.29 
 
 
134 aa  82  3e-15  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  34.04 
 
 
152 aa  81.6  3e-15  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  1.48596e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  39.22 
 
 
129 aa  81.6  3e-15  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  34.11 
 
 
140 aa  81.6  4e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.44376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.01317e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.9318e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  1.19651e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.37683e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.59 
 
 
126 aa  79.3  1e-14  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  5.44172e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  32.89 
 
 
160 aa  79.3  1e-14  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  32.67 
 
 
161 aa  79  2e-14  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  3.41067e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  32.67 
 
 
161 aa  79  2e-14  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.57952e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  32.67 
 
 
161 aa  79.3  2e-14  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.17621e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  35.54 
 
 
132 aa  79.3  2e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  34.31 
 
 
125 aa  76.3  1e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  35.54 
 
 
140 aa  75.9  2e-13  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  1.52887e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  32.12 
 
 
144 aa  75.1  3e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.20475e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  43.04 
 
 
734 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
734 aa  75.1  3e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.04 
 
 
711 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.91 
 
 
706 aa  74.7  4e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.77 
 
 
711 aa  73.9  6e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
705 aa  73.9  8e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
705 aa  73.9  8e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
705 aa  73.9  8e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  33.61 
 
 
130 aa  73.9  8e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.04617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.48 
 
 
706 aa  73.2  1e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.51 
 
 
722 aa  73.2  1e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.68 
 
 
706 aa  72.4  2e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  34.45 
 
 
128 aa  72.4  2e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.17569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  31.58 
 
 
140 aa  71.6  3e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  9.83919e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.67 
 
 
705 aa  70.9  6e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.83 
 
 
164 aa  70.9  6e-12  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.67 
 
 
672 aa  66.6  9e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.75 
 
 
713 aa  66.2  1e-10  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.47 
 
 
702 aa  65.5  2e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.50136e-06 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.98 
 
 
700 aa  65.5  2e-10  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.47 
 
 
700 aa  65.5  3e-10  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.90055e-06  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.1 
 
 
697 aa  65.1  3e-10  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.83 
 
 
711 aa  65.1  3e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  45.71 
 
 
124 aa  64.7  4e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.44 
 
 
722 aa  64.7  4e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0602  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.82 
 
 
718 aa  64.7  4e-10  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.07 
 
 
751 aa  65.1  4e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.56 
 
 
710 aa  64.7  4e-10  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
698 aa  64.3  5e-10  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.74 
 
 
701 aa  64.3  5e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.61081e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  37.72 
 
 
134 aa  63.9  6e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  5.84856e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
772 aa  64.3  6e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.23 
 
 
712 aa  63.2  1e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.29 
 
 
720 aa  63.2  1e-09  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  39.33 
 
 
500 aa  63.2  1e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.05 
 
 
729 aa  63.2  1e-09  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  41.1 
 
 
353 aa  62.8  1e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0398  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.35 
 
 
732 aa  63.2  1e-09  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.31 
 
 
742 aa  62.8  1e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.05 
 
 
694 aa  63.2  1e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  3.69991e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.44 
 
 
727 aa  62.8  2e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.67 
 
 
703 aa  62.4  2e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.05 
 
 
729 aa  62.4  2e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.06 
 
 
727 aa  62.4  2e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  9.28829e-05 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  30.71 
 
 
134 aa  62.4  2e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  9.39181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  30.71 
 
 
134 aa  62.4  2e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.79369e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.06 
 
 
720 aa  62.4  2e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 
491 aa  62.8  2e-09  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  42.86 
 
 
720 aa  62.8  2e-09  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.83 
 
 
710 aa  61.6  3e-09  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.9638e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.29 
 
 
733 aa  61.6  3e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.79 
 
 
753 aa  62  3e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.14 
 
 
715 aa  62  3e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.85 
 
 
704 aa  62  3e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.45882e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.66 
 
 
767 aa  61.6  3e-09  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.35 
 
 
714 aa  61.6  3e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.04 
 
 
698 aa  61.6  3e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0955  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.76 
 
 
125 aa  61.6  4e-09  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.2 
 
 
714 aa  61.6  4e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.2 
 
 
714 aa  61.6  4e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  36.14 
 
 
700 aa  61.2  4e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.61182e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  44.59 
 
 
570 aa  61.2  4e-09  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.02 
 
 
699 aa  61.6  4e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.84141e-07  unclonable  1.21656e-11 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>