More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1489 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
86 aa  176  8e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  3.19103e-10  unclonable  2.03081e-11 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  73.26 
 
 
87 aa  124  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  70.93 
 
 
89 aa  120  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  67.05 
 
 
88 aa  119  1e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  65.91 
 
 
88 aa  117  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  71.43 
 
 
89 aa  117  7e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  4.00721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  65.91 
 
 
88 aa  115  2e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  8.34021e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  60.98 
 
 
146 aa  112  2e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  68.24 
 
 
88 aa  111  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  64.37 
 
 
90 aa  110  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  60.71 
 
 
85 aa  107  7e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  56.32 
 
 
87 aa  106  8e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  4.24033e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  63.22 
 
 
88 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  58.33 
 
 
101 aa  100  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  6.83035e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  60 
 
 
91 aa  100  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  55.42 
 
 
90 aa  100  9e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  63.64 
 
 
88 aa  98.6  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  55.68 
 
 
88 aa  97.1  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  50.56 
 
 
90 aa  95.5  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  2.4568e-09  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  52.27 
 
 
89 aa  95.5  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  1.90115e-06  unclonable  7.64419e-06 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  52.33 
 
 
162 aa  95.5  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  54.65 
 
 
87 aa  95.5  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  7.94742e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  58.54 
 
 
107 aa  95.5  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  55.7 
 
 
82 aa  94.7  3e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  56.79 
 
 
98 aa  94.4  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  50.6 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  54.32 
 
 
114 aa  93.6  8e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  56.96 
 
 
83 aa  93.6  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  54.88 
 
 
89 aa  92.4  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  57.83 
 
 
99 aa  92  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 
109 aa  92.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  51.28 
 
 
90 aa  92.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  1.38361e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  47.67 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
81 aa  90.9  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  56.1 
 
 
99 aa  90.5  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  61.54 
 
 
105 aa  90.9  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  56.1 
 
 
102 aa  90.5  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
140 aa  90.1  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  54.32 
 
 
89 aa  90.1  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.48151e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
150 aa  89.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  54.88 
 
 
116 aa  90.1  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
176 aa  89.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
148 aa  89.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
152 aa  89.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  47.67 
 
 
132 aa  89.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
155 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  48.84 
 
 
151 aa  89  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  9.87848e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
149 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  51.16 
 
 
123 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
181 aa  89  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 
101 aa  89  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  52.44 
 
 
160 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  52.44 
 
 
122 aa  88.2  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  7.18119e-07  unclonable  8.80793e-06 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  53.66 
 
 
103 aa  87.8  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0944  RNP-1 like RNA-binding protein  56.1 
 
 
117 aa  87.8  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  52.63 
 
 
90 aa  87.4  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  54.88 
 
 
98 aa  87  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
175 aa  86.3  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  48.19 
 
 
90 aa  86.7  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  1.89829e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  54.55 
 
 
97 aa  86.7  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  51.19 
 
 
143 aa  86.3  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  50.65 
 
 
99 aa  86.7  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
137 aa  85.9  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  55.7 
 
 
103 aa  85.5  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  51.22 
 
 
110 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  52.44 
 
 
97 aa  85.9  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  48.15 
 
 
82 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  7.88689e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
104 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  52.5 
 
 
147 aa  85.5  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.40315e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
157 aa  85.9  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  48.81 
 
 
115 aa  84.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  51.72 
 
 
122 aa  85.1  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  46.51 
 
 
176 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
95 aa  84.7  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  3.46845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  52.56 
 
 
85 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  54.43 
 
 
102 aa  84.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
114 aa  84.3  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  51.25 
 
 
155 aa  84.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.06713e-08  hitchhiker  1.3394e-06 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  51.9 
 
 
111 aa  84.3  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
156 aa  84.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.08664e-09  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  84  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  53.16 
 
 
94 aa  84  6e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
94 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  53.01 
 
 
94 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  52.44 
 
 
95 aa  83.6  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  48.86 
 
 
124 aa  82.8  1e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
90 aa  83.2  1e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  50 
 
 
152 aa  83.2  1e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.6681e-09  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  52.5 
 
 
149 aa  83.2  1e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.40695e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
90 aa  83.2  1e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  5.12984e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  51.22 
 
 
103 aa  83.2  1e-15  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
151 aa  82.8  1e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.21523e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
154 aa  82  2e-15  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.03464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
154 aa  82  2e-15  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.32928e-08  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
154 aa  82  2e-15  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.91995e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  49.38 
 
 
119 aa  82.8  2e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  1.35251e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
153 aa  82.4  2e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.82673e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
151 aa  82.4  2e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  3.01969e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  49.37 
 
 
108 aa  82.8  2e-15  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>