More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0289 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  56.87 
 
 
588 aa  714    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  57.46 
 
 
618 aa  715    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  58.33 
 
 
602 aa  740    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  100 
 
 
600 aa  1233    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  57.07 
 
 
601 aa  691    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  44.82 
 
 
571 aa  504  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.34 
 
 
577 aa  504  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  43.13 
 
 
579 aa  501  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  45.52 
 
 
571 aa  500  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.53 
 
 
585 aa  497  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  44.39 
 
 
572 aa  489  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  41.91 
 
 
582 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  42.06 
 
 
583 aa  473  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  42.53 
 
 
589 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  41.21 
 
 
572 aa  469  1.0000000000000001e-131  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.26 
 
 
580 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  43.08 
 
 
580 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2798  ABC transporter related  39.97 
 
 
611 aa  436  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2703  ABC transporter-related protein  39.97 
 
 
611 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2584  ABC transporter related  40.1 
 
 
611 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.784039  normal  0.174103 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.65 
 
 
582 aa  433  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.48 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.48 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.48 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.48 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.47 
 
 
597 aa  429  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2617  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.47 
 
 
611 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00654185  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.48 
 
 
582 aa  430  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0757  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  42.66 
 
 
594 aa  432  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00726386  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.94 
 
 
587 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1141  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  39.79 
 
 
586 aa  424  1e-117  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  41.56 
 
 
556 aa  422  1e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.96 
 
 
582 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.96 
 
 
582 aa  419  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.13 
 
 
582 aa  420  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.96 
 
 
582 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1055  ABC transporter related protein  40.04 
 
 
571 aa  421  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2397  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.46 
 
 
574 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.894313  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2200  ABC transporter ATP-binding protein  40.46 
 
 
592 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2002  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.46 
 
 
574 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393049  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.9 
 
 
579 aa  417  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.61 
 
 
582 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2507  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.1 
 
 
579 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  38.97 
 
 
627 aa  412  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  40.07 
 
 
589 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  38.92 
 
 
598 aa  411  1e-113  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2533  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  40.73 
 
 
590 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.611222  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  36.75 
 
 
578 aa  406  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  36.75 
 
 
578 aa  406  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1469  lipid transporter ATP-binding/permease protein  37.22 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0310  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.64 
 
 
592 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  37.28 
 
 
598 aa  407  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0117  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.37 
 
 
574 aa  404  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  39.42 
 
 
601 aa  405  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2942  ABC transporter, transmembrane region  38.65 
 
 
605 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  39.13 
 
 
582 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.96 
 
 
582 aa  402  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0580  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.65 
 
 
571 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  37.33 
 
 
578 aa  397  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.26 
 
 
582 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0591  ABC transporter-related protein  36.4 
 
 
566 aa  398  1e-109  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0629  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  37.91 
 
 
587 aa  396  1e-109  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1461  lipid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.56 
 
 
605 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  38.18 
 
 
596 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1469  ABC transporter related protein  35.71 
 
 
586 aa  392  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  37.33 
 
 
601 aa  390  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3398  ABC transporter related  36.93 
 
 
598 aa  389  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273417  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0154  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  41.28 
 
 
585 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003987  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.28 
 
 
582 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.62 
 
 
581 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.69 
 
 
587 aa  391  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  38.26 
 
 
597 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1395  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.58 
 
 
610 aa  388  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.507365  hitchhiker  0.000128889 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  35.73 
 
 
593 aa  387  1e-106  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1246  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.63 
 
 
606 aa  388  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1207  putative ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA  36.78 
 
 
580 aa  382  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.272032  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0894  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  37.13 
 
 
580 aa  384  1e-105  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0612543  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5649  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.6 
 
 
583 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  38.74 
 
 
583 aa  383  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0824  ABC transporter, ATP-binding protein/permease MsbA, putative  37.13 
 
 
580 aa  384  1e-105  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.370431  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  38.72 
 
 
595 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1337  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  35.93 
 
 
599 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.870575 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.57 
 
 
609 aa  382  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01535  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.01 
 
 
583 aa  381  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1216  ABC transporter related  37.65 
 
 
597 aa  382  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791805  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  36.57 
 
 
591 aa  382  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0807  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.49 
 
 
605 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  35.86 
 
 
609 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  38.2 
 
 
595 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1245  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  38.34 
 
 
587 aa  381  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  34.89 
 
 
604 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2307  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  37.61 
 
 
583 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>