More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_3063 on replicon NC_009939
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009939  Dgeo_3063  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
367 aa  719    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0003  DNA polymerase III, beta subunit  38.48 
 
 
360 aa  203  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.0000000103313  normal 
 
 
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 
361 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000320383  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.28 
 
 
366 aa  159  7e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00540998  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  27.87 
 
 
366 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
366 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 
365 aa  94  4e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.86 
 
 
367 aa  92.8  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 
366 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.47 
 
 
366 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
372 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.85 
 
 
373 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 
372 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.63 
 
 
366 aa  86.7  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  27.49 
 
 
372 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  29.59 
 
 
371 aa  85.9  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  26.46 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  26.2 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  26.2 
 
 
366 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  26.2 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  25.9 
 
 
366 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  30.45 
 
 
366 aa  84.3  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  25.9 
 
 
366 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.9 
 
 
366 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  25.94 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 
373 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.35 
 
 
365 aa  82  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.37 
 
 
366 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.94 
 
 
367 aa  80.9  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.98 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  26.88 
 
 
367 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.38 
 
 
366 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0004  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 
391 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000937309  unclonable  0.0000468434 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  29.31 
 
 
373 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  27.02 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.02 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
372 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.78 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  25.23 
 
 
366 aa  77  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  25.93 
 
 
376 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.8 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.69 
 
 
366 aa  76.6  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.85 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.85 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  23.03 
 
 
374 aa  76.3  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.6 
 
 
378 aa  76.3  0.0000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.71 
 
 
367 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  28.11 
 
 
366 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.88 
 
 
367 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.46 
 
 
391 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104576  unclonable  0.00000179673 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.57 
 
 
366 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 
366 aa  74.7  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 
412 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.73 
 
 
367 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.40244  normal  0.672581 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  26.71 
 
 
367 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  29.75 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  27.65 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.84 
 
 
372 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.97 
 
 
370 aa  74.3  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.99 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.55 
 
 
366 aa  73.9  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  24.51 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.14 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.41 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  27.51 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf003  DNA polymerase III, beta subunit  20.44 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000006  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 
366 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  24.42 
 
 
372 aa  73.2  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.55 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00000374529  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.45 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.69 
 
 
393 aa  72.8  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.69 
 
 
393 aa  72.8  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.48 
 
 
366 aa  72.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.04 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.05 
 
 
366 aa  72.8  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.77 
 
 
374 aa  72.8  0.000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
372 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 
377 aa  72  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
374 aa  72  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.45 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  26.92 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  28.67 
 
 
368 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  25.21 
 
 
367 aa  70.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.67 
 
 
368 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.68 
 
 
372 aa  70.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>