More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1086 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1086  DNA primase  100 
 
 		 580 aa  1197    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.115532  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1369  DNA primase  60.41 
 
 		 572 aa  700    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0240791  normal  0.628544 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  54.29 
 
 		 576 aa  615  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0495  DNA primase  53 
 
 		 599 aa  601  1e-170  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000117226 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  47.59 
 
 		 567 aa  482  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  43.77 
 
 		 573 aa  474  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  37.79 
 
 		 600 aa  281  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  40.09 
 
 		 619 aa  281  3e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  39.18 
 
 		 599 aa  277  3e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  40.43 
 
 		 599 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  40.59 
 
 		 587 aa  273  5.000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  40.61 
 
 		 582 aa  273  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  39.52 
 
 		 613 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  41.46 
 
 		 592 aa  271  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  38.6 
 
 		 588 aa  270  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  36.89 
 
 		 601 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  34.61 
 
 		 583 aa  270  5e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  39.73 
 
 		 584 aa  269  8e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  40.38 
 
 		 582 aa  269  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  40.64 
 
 		 605 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  40.38 
 
 		 582 aa  269  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  40.38 
 
 		 582 aa  269  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  41.57 
 
 		 660 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  32.89 
 
 		 595 aa  266  5e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  42.29 
 
 		 613 aa  267  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  40.72 
 
 		 611 aa  267  5e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  41.29 
 
 		 660 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  41.01 
 
 		 655 aa  266  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  41.29 
 
 		 660 aa  266  8e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  37.94 
 
 		 582 aa  265  2e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  41.29 
 
 		 660 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  33.61 
 
 		 574 aa  264  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  33.21 
 
 		 601 aa  263  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  41.01 
 
 		 663 aa  263  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  35.84 
 
 		 576 aa  263  6e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  35.32 
 
 		 614 aa  263  6e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  33.61 
 
 		 574 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  36.09 
 
 		 584 aa  263  6.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  33.61 
 
 		 574 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  38.26 
 
 		 584 aa  263  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  37.5 
 
 		 587 aa  263  8e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1814  DNA primase  38.26 
 
 		 673 aa  262  1e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  43.84 
 
 		 604 aa  262  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0720  DNA primase  41.02 
 
 		 647 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.205397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  36.49 
 
 		 576 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  38.56 
 
 		 574 aa  262  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  37.8 
 
 		 663 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  33.48 
 
 		 593 aa  261  2e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  40.06 
 
 		 651 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  39.24 
 
 		 581 aa  261  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  38.68 
 
 		 575 aa  261  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  36.43 
 
 		 575 aa  260  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  40.45 
 
 		 664 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  36.19 
 
 		 640 aa  260  5.0000000000000005e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  40.34 
 
 		 652 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  40 
 
 		 564 aa  260  5.0000000000000005e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  35.4 
 
 		 584 aa  259  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  38.03 
 
 		 574 aa  259  9e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3370  DNA primase  37.93 
 
 		 674 aa  259  9e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  259  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  34.4 
 
 		 592 aa  259  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  41.43 
 
 		 638 aa  259  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  38.96 
 
 		 581 aa  259  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  37.76 
 
 		 573 aa  259  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  36.17 
 
 		 600 aa  258  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  36.1 
 
 		 571 aa  258  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  37.89 
 
 		 586 aa  258  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  258  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  34.38 
 
 		 574 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  39.06 
 
 		 588 aa  258  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  34.38 
 
 		 574 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  36.1 
 
 		 598 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  40.16 
 
 		 605 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  38.03 
 
 		 574 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  35.83 
 
 		 598 aa  258  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  35.46 
 
 		 574 aa  257  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  34.15 
 
 		 574 aa  257  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  35.83 
 
 		 598 aa  257  4e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  38.69 
 
 		 581 aa  256  6e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  38.69 
 
 		 581 aa  256  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  35.56 
 
 		 598 aa  256  6e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  35.68 
 
 		 598 aa  256  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  41.36 
 
 		 665 aa  255  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0927  DNA primase  33.01 
 
 		 653 aa  255  2.0000000000000002e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584516  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  31.76 
 
 		 584 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  31.75 
 
 		 588 aa  254  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  38.78 
 
 		 576 aa  254  3e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  40.36 
 
 		 627 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  34.17 
 
 		 660 aa  253  5.000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  35.96 
 
 		 586 aa  253  6e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  36.77 
 
 		 626 aa  252  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  39.78 
 
 		 599 aa  252  1e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>