More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0803 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 318 aa  650    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  51.56 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  39.37 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  36.68 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  39.68 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  39.49 
 
 		 302 aa  218  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  38.61 
 
 		 285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 320 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  37.63 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  36.08 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  36.31 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.68 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.02 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.45 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.74 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.39 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.35 
 
 		 297 aa  191  9e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  35.39 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.54 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  36.08 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  35.76 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 311 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.85 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.73 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.7 
 
 		 292 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 298 aa  186  6e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.73 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.73 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.73 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.73 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.73 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.85 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.48 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.39 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.76 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.76 
 
 		 297 aa  182  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  34.17 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.49 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.83 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  37.62 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.18 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.58 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.14 
 
 		 350 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  35.09 
 
 		 345 aa  179  5.999999999999999e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  36.69 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  39.11 
 
 		 329 aa  178  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.37 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  36.98 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  34.57 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  32.38 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.38 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.38 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  37.46 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  37.29 
 
 		 352 aa  176  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.75 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  32.15 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.06 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 		 307 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.43 
 
 		 275 aa  175  9e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.59 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.43 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.89 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.73 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  41.13 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.42 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  35.83 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  33.96 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  37.13 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  34.06 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.75 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  36.79 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.82 
 
 		 325 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  36.52 
 
 		 324 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.62 
 
 		 321 aa  172  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 		 325 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.2 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  32.71 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>