More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0059 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  100 
 
 
370 aa  766    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.11 
 
 
370 aa  620  1e-177  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.11 
 
 
370 aa  617  1e-175  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4001  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.25 
 
 
378 aa  613  9.999999999999999e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.49 
 
 
370 aa  610  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.59 
 
 
365 aa  599  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5153  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.14 
 
 
370 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000400711  normal  0.218522 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.07 
 
 
372 aa  592  1e-168  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  71.27 
 
 
372 aa  565  1e-160  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2731  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.83 
 
 
371 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.33 
 
 
361 aa  545  1e-154  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.29 
 
 
363 aa  546  1e-154  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.09 
 
 
383 aa  542  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.17 
 
 
372 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.19 
 
 
361 aa  538  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  70.25 
 
 
368 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.13 
 
 
360 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.4 
 
 
360 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.86 
 
 
362 aa  535  1e-151  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1136  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.7 
 
 
379 aa  535  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.59 
 
 
375 aa  534  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.84 
 
 
360 aa  535  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1085  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.4 
 
 
372 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3149  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.7 
 
 
379 aa  535  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.34 
 
 
372 aa  531  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0432  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.2 
 
 
382 aa  531  1e-150  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.3 
 
 
354 aa  529  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.95 
 
 
360 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2667  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.22 
 
 
373 aa  529  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.32 
 
 
361 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.95 
 
 
373 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.712092  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.04 
 
 
373 aa  528  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.49 
 
 
373 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2291  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.22 
 
 
373 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.76213  normal  0.0141464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.49 
 
 
373 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2335  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.95 
 
 
373 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.575039 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.95 
 
 
373 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2449  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.95 
 
 
373 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0119174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2488  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.35 
 
 
381 aa  529  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.619442  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01959  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.878549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2346  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1009  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2988  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343163 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2968  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.31 
 
 
372 aa  527  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1179  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1588  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.67 
 
 
373 aa  527  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.56 
 
 
362 aa  527  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2349  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.83 
 
 
374 aa  522  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.5 
 
 
372 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.713411  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0821  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.23 
 
 
372 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0627  GDP-mannose 4,6-dehydratase  68.56 
 
 
374 aa  523  1e-147  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1281  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.23 
 
 
387 aa  520  1e-146  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.4 
 
 
382 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1523  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.81 
 
 
373 aa  518  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  70.03 
 
 
373 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.93 
 
 
372 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  64.93 
 
 
372 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  61.66 
 
 
401 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3362  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.63 
 
 
388 aa  513  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.95 
 
 
361 aa  508  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.95 
 
 
367 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.05 
 
 
360 aa  509  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.95 
 
 
363 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.98 
 
 
373 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.33 
 
 
360 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  69.03 
 
 
353 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  65.82 
 
 
361 aa  501  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4199  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.78 
 
 
374 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.400679  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.16 
 
 
371 aa  502  1e-141  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.97 
 
 
364 aa  502  1e-141  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2117  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  65.01 
 
 
374 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.579852  normal  0.77541 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.09 
 
 
373 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.69 
 
 
369 aa  504  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.11 
 
 
375 aa  502  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.179756 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.84 
 
 
362 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.63 
 
 
400 aa  499  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.01 
 
 
369 aa  498  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.56 
 
 
380 aa  498  1e-140  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.39 
 
 
397 aa  499  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0589  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.02 
 
 
380 aa  494  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155049  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  66.57 
 
 
367 aa  497  1e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2694  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.39 
 
 
401 aa  497  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.093727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  67.61 
 
 
352 aa  494  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.01 
 
 
367 aa  496  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.09 
 
 
367 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0302  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.81 
 
 
376 aa  490  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0253  GDP-mannose 4,6-dehydratase  65.07 
 
 
356 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  62.6 
 
 
368 aa  487  1e-136  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.41 
 
 
359 aa  481  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.04 
 
 
361 aa  481  1e-134  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.35 
 
 
373 aa  479  1e-134  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14441  gdpmannose 4,6-dehydratase  62.43 
 
 
364 aa  476  1e-133  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.327555  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13991  gdpmannose 4,6-dehydratase  60.64 
 
 
380 aa  476  1e-133  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.193432  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.47 
 
 
354 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  62.25 
 
 
351 aa  474  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1298  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.71 
 
 
374 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.388412  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  64.15 
 
 
355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0419  GDP-mannose 4,6-dehydratase Bme9  63.04 
 
 
356 aa  464  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.171719  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3372  GDP-mannose 4,6-dehydratase  63.9 
 
 
371 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>