More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0090 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
231 aa  461  1e-129  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  85.34 
 
 
232 aa  408  1e-113  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  84.48 
 
 
232 aa  402  1e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  84.91 
 
 
232 aa  403  1e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  5.85037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2075  30S ribosomal protein S3  82.4 
 
 
233 aa  388  1e-107  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  5.97186e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0065  30S ribosomal protein S3  81.55 
 
 
233 aa  384  1e-106  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00223028  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1698  30S ribosomal protein S3  81.97 
 
 
233 aa  385  1e-106  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141955  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1869  30S ribosomal protein S3  81.97 
 
 
233 aa  385  1e-106  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.437759  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  78.79 
 
 
237 aa  369  1e-101  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  73.04 
 
 
241 aa  340  1e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  65.38 
 
 
210 aa  276  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
249 aa  276  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
211 aa  273  1e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  63.64 
 
 
211 aa  273  1e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.77184e-14 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  63.16 
 
 
210 aa  272  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.89266e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  60.93 
 
 
223 aa  271  5e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  60.28 
 
 
213 aa  271  6e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 
211 aa  271  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 
211 aa  270  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.11736e-06  hitchhiker  1.69292e-09 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  58.08 
 
 
232 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  58.08 
 
 
232 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  60 
 
 
248 aa  267  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  57.02 
 
 
231 aa  267  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  60 
 
 
248 aa  267  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  57.96 
 
 
225 aa  267  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  57.64 
 
 
232 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  60 
 
 
248 aa  267  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  63.46 
 
 
210 aa  267  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  60 
 
 
236 aa  266  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  60 
 
 
235 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  61.54 
 
 
219 aa  266  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  62.38 
 
 
210 aa  266  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.77493e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  60.48 
 
 
210 aa  265  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.11374e-05  hitchhiker  9.5719e-05 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  57.96 
 
 
225 aa  264  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  59.07 
 
 
248 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0714  ribosomal protein S3  62.56 
 
 
216 aa  263  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874756  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  58.85 
 
 
243 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  61.72 
 
 
236 aa  263  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  58.85 
 
 
243 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  60.29 
 
 
237 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  56.58 
 
 
231 aa  263  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  55.9 
 
 
252 aa  263  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  5.19283e-05  hitchhiker  3.02048e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  57.64 
 
 
229 aa  263  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.2982e-06  decreased coverage  4.84078e-05 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  58.6 
 
 
241 aa  263  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  58.6 
 
 
251 aa  262  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  58.6 
 
 
252 aa  262  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  59.81 
 
 
236 aa  262  4e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  59.81 
 
 
236 aa  262  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 
213 aa  262  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  6.14716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  59.81 
 
 
236 aa  261  5e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  55.41 
 
 
244 aa  261  7e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 
213 aa  261  7e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  55.17 
 
 
244 aa  261  9e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  4.71597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  59.26 
 
 
220 aa  259  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  53.25 
 
 
234 aa  259  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  4.07392e-05  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  58.14 
 
 
239 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 
213 aa  259  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 
221 aa  259  3e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  6.49554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  57.94 
 
 
240 aa  259  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  56.33 
 
 
229 aa  258  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.04143e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  55.7 
 
 
236 aa  258  5e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.03964e-07  hitchhiker  1.8675e-06 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  58.85 
 
 
235 aa  258  5e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  55.84 
 
 
234 aa  258  6e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 
212 aa  258  7e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  58.29 
 
 
299 aa  258  7e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  57.67 
 
 
238 aa  257  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 
301 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  60.1 
 
 
218 aa  257  1e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  56.33 
 
 
229 aa  257  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  6.43505e-07  unclonable  5.45426e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  56.33 
 
 
229 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  1.69741e-08 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  53.16 
 
 
239 aa  257  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  58.17 
 
 
290 aa  256  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 
230 aa  256  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.84252e-09  unclonable  7.95871e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  54.31 
 
 
235 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  53.68 
 
 
232 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.78804e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 
238 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  53.68 
 
 
232 aa  256  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.55466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  57.21 
 
 
238 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  59.13 
 
 
233 aa  256  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  53.68 
 
 
232 aa  256  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.36971e-08  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  59.62 
 
 
235 aa  255  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  53.68 
 
 
232 aa  254  6e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.72984e-08  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  58.85 
 
 
228 aa  254  7e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  58.85 
 
 
220 aa  254  8e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  3.39097e-10 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  58.26 
 
 
222 aa  254  9e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.2444e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.6077e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0288  30S ribosomal protein S3  56.07 
 
 
240 aa  254  1e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  7.29403e-05 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.37087e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  54.55 
 
 
230 aa  254  1e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  1.07065e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.57024e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  2.5032e-06  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.38349e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.53229e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  54.94 
 
 
233 aa  253  1e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>