More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1083 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  88.08 
 
 		 313 aa  542  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  88.41 
 
 		 322 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  85.43 
 
 		 305 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.28 
 
 		 305 aa  258  8e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  39.2 
 
 		 301 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 302 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.53 
 
 		 299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 295 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.6 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  46.03 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 335 aa  225  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.88 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  221  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.86 
 
 		 293 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.58 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.59 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 305 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 307 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  41.5 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 293 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.85 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.67 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 362 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 367 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>