More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3183 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 422 aa  807    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  95.5 
 
 		 422 aa  716    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  78.29 
 
 		 448 aa  628  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  80.38 
 
 		 422 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  79.58 
 
 		 475 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  79.35 
 
 		 475 aa  614  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  76.22 
 
 		 425 aa  542  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  60 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  59.76 
 
 		 434 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  59.06 
 
 		 434 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  59.06 
 
 		 396 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  59.29 
 
 		 434 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  59.06 
 
 		 434 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  59.06 
 
 		 396 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  56.37 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  60.05 
 
 		 433 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  56.22 
 
 		 389 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  55.72 
 
 		 422 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  49.5 
 
 		 379 aa  324  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  50.37 
 
 		 401 aa  316  6e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  46.87 
 
 		 372 aa  315  6e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  49.37 
 
 		 402 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  52.68 
 
 		 320 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  46.81 
 
 		 336 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  48.88 
 
 		 401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  46.65 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  43.63 
 
 		 374 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  48.11 
 
 		 365 aa  280  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  44.75 
 
 		 375 aa  280  5e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  44.09 
 
 		 399 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  44.78 
 
 		 388 aa  271  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  48.36 
 
 		 379 aa  271  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  48.52 
 
 		 387 aa  270  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  46.08 
 
 		 371 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  43.56 
 
 		 408 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  46.36 
 
 		 399 aa  269  7e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  45.83 
 
 		 382 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  44.02 
 
 		 368 aa  264  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  43.8 
 
 		 365 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 		 365 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  40.28 
 
 		 409 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 386 aa  260  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  42.37 
 
 		 386 aa  258  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  42.37 
 
 		 377 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  43.97 
 
 		 379 aa  257  3e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  41.98 
 
 		 377 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  40.74 
 
 		 364 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  39.9 
 
 		 369 aa  247  3e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  42.77 
 
 		 338 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  43.37 
 
 		 338 aa  242  9e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  43.07 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  42.99 
 
 		 405 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  43.07 
 
 		 338 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  43.07 
 
 		 338 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  42.77 
 
 		 338 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  42.77 
 
 		 338 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  43.11 
 
 		 384 aa  240  4e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  43.07 
 
 		 338 aa  240  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  43.37 
 
 		 340 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  37.97 
 
 		 368 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  40.79 
 
 		 361 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  37.86 
 
 		 399 aa  228  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  48.23 
 
 		 356 aa  227  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  46.1 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  37.78 
 
 		 383 aa  226  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  40.48 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  39.3 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  41.39 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  40.77 
 
 		 362 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.38 
 
 		 369 aa  222  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  53.74 
 
 		 368 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  42.31 
 
 		 339 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  47.23 
 
 		 405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 369 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  37.58 
 
 		 352 aa  221  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  40.25 
 
 		 308 aa  219  7.999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  40.4 
 
 		 394 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  45.39 
 
 		 386 aa  218  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  39.63 
 
 		 381 aa  218  2e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  40.25 
 
 		 296 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  43.2 
 
 		 311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  39.63 
 
 		 381 aa  216  7e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  44.79 
 
 		 366 aa  215  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  38.18 
 
 		 369 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  46.1 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  37.1 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  35.97 
 
 		 361 aa  213  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  37.19 
 
 		 385 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2080  DNA protecting protein DprA  56.93 
 
 		 229 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  44.25 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  40 
 
 		 366 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  38.61 
 
 		 389 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  54.34 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  39.3 
 
 		 372 aa  210  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  40.05 
 
 		 372 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  30.4 
 
 		 362 aa  209  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  34.6 
 
 		 379 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  53.36 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>