More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7864 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4705  AMP-dependent synthetase and ligase  76.15 
 
 
528 aa  827  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.643471  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  100 
 
 
524 aa  1080  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5316  AMP-dependent synthetase and ligase  74.38 
 
 
528 aa  815  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.924286  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  60.69 
 
 
528 aa  649  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  75.43 
 
 
527 aa  815  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  56.37 
 
 
520 aa  581  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.69 
 
 
518 aa  244  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.09 
 
 
517 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.89 
 
 
517 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.89 
 
 
517 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.89 
 
 
517 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.91 
 
 
517 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.17 
 
 
517 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.5 
 
 
517 aa  230  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.71 
 
 
522 aa  230  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.38 
 
 
522 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.97 
 
 
505 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.01 
 
 
537 aa  225  1e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.17 
 
 
522 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 
517 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  32.17 
 
 
522 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.65 
 
 
517 aa  220  6e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.08 
 
 
516 aa  219  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.82 
 
 
517 aa  216  1e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  32.29 
 
 
525 aa  213  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  31.25 
 
 
512 aa  203  7e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  1.39685e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 
520 aa  198  2e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  30.78 
 
 
510 aa  192  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  29.67 
 
 
504 aa  191  3e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.96 
 
 
534 aa  187  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 
509 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.96 
 
 
534 aa  187  5e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.15 
 
 
529 aa  185  2e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1586  malonyl-CoA synthase  31.04 
 
 
506 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  31.96 
 
 
487 aa  184  4e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.76 
 
 
517 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.76 
 
 
517 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.76 
 
 
517 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 
508 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.66 
 
 
556 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  30.12 
 
 
538 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.17 
 
 
491 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.66 
 
 
556 aa  181  3e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.66 
 
 
556 aa  181  3e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.15 
 
 
570 aa  180  5e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  31.58 
 
 
517 aa  180  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  31.16 
 
 
511 aa  179  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 
518 aa  179  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 
536 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  27.19 
 
 
546 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 
1043 aa  177  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  28.51 
 
 
504 aa  176  1e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 
560 aa  175  2e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 
520 aa  174  3e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.18 
 
 
509 aa  174  3e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.24 
 
 
579 aa  173  5e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  29.98 
 
 
4930 aa  174  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 
532 aa  174  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0702  putative acyl-CoA synthetase  28.57 
 
 
553 aa  173  6e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.345543  normal  0.0324755 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.55 
 
 
514 aa  173  8e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 
510 aa  172  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 
507 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  29.62 
 
 
519 aa  172  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 
505 aa  172  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 
527 aa  172  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  28.71 
 
 
506 aa  172  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  28.86 
 
 
508 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 
530 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 
520 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  29.86 
 
 
511 aa  170  5e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
514 aa  170  6e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  29.62 
 
 
519 aa  170  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 
620 aa  169  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 
551 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  28.97 
 
 
522 aa  169  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  29.82 
 
 
504 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  30.04 
 
 
504 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 
532 aa  169  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  29.26 
 
 
503 aa  169  1e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
521 aa  168  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  28.08 
 
 
630 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3294  Acyl transferase  33.2 
 
 
6768 aa  168  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  27.89 
 
 
496 aa  168  3e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  27.89 
 
 
496 aa  168  3e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  28.21 
 
 
583 aa  168  3e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  31.19 
 
 
525 aa  167  3e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  30.36 
 
 
503 aa  167  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.44 
 
 
512 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 
531 aa  167  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 
509 aa  167  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  30.17 
 
 
506 aa  167  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4383  AMP-dependent synthetase and ligase  27.4 
 
 
553 aa  166  7e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.647475 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 
552 aa  166  8e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3282  thioester reductase domain-containing protein  29.86 
 
 
2374 aa  166  9e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 
534 aa  166  9e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
511 aa  166  9e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  27.69 
 
 
496 aa  166  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.41031e-13 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 
539 aa  165  1e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  30.08 
 
 
511 aa  166  1e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  28.98 
 
 
510 aa  166  1e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>