More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7361 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  100 
 
 		 308 aa  604  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  77.85 
 
 		 310 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6387  ribokinase  62.83 
 
 		 309 aa  358  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.906333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  58.5 
 
 		 307 aa  350  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7825  putative ribokinase  62.3 
 
 		 310 aa  326  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  58.31 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  54.58 
 
 		 305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  56.29 
 
 		 319 aa  306  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1401  ribokinase  57.1 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033164  normal  0.166986 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1272  putative ribokinase  55.78 
 
 		 320 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0725613 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  40.26 
 
 		 398 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  43.61 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  41.61 
 
 		 403 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  39.48 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  38.83 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  40.97 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  42.39 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  38.8 
 
 		 403 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  40.13 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  40.32 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  38.96 
 
 		 424 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  41.95 
 
 		 304 aa  192  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  39.41 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  36.45 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  41.23 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  40.26 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  40.33 
 
 		 315 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  41.45 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  37.74 
 
 		 404 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  37.74 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  40.73 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  37.74 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  37.74 
 
 		 404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  36.72 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  36.3 
 
 		 404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  38.85 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  37.42 
 
 		 404 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  37.21 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  39.14 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  41.12 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  38.46 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  37.74 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  39.14 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  38.94 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  39.27 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  39.67 
 
 		 312 aa  179  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  39.02 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  40.39 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  38.16 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  43.97 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  38.87 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  36.09 
 
 		 299 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  36.25 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  38.49 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  39.8 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  39.8 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  39.8 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  36.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  35.62 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.04 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  38.41 
 
 		 305 aa  172  5e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  33.88 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  38.21 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  38.21 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  38.21 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  35.53 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  41.39 
 
 		 321 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  38.21 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  37.54 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  39.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  39.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  39.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  39.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  38.54 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  36.21 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  38.54 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  38.21 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  39.07 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  38.21 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  38.76 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  37.83 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1888  PfkB  39.66 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.389987  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  39.87 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  39.07 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  34.33 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  39.41 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  35.67 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  37.25 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  37.42 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  38.14 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  36.33 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  39.07 
 
 		 318 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  36.33 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  40.34 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  31.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>