More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3337 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  100 
 
 		 221 aa  440  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.69 
 
 		 222 aa  325  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.69 
 
 		 222 aa  323  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  66.21 
 
 		 223 aa  284  7e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  57.01 
 
 		 222 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  54.09 
 
 		 226 aa  234  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  56.31 
 
 		 267 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  55.45 
 
 		 223 aa  231  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  55.45 
 
 		 287 aa  231  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  55.45 
 
 		 252 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  55.45 
 
 		 252 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  55.45 
 
 		 252 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  55.45 
 
 		 252 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  55.91 
 
 		 224 aa  229  3e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 230 aa  228  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 224 aa  228  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 224 aa  227  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 226 aa  227  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  55.45 
 
 		 224 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3603  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.49 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3281  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.49 
 
 		 226 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 237 aa  222  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 223 aa  222  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  54.59 
 
 		 222 aa  222  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1045  two component transcriptional regulator  55 
 
 		 223 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0254823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3392  response regulator transcription regulator protein  51.13 
 
 		 224 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2701  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2676  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0042  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0255  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1851  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0042  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3276  DNA-binding response regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  50 
 
 		 223 aa  212  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0039  DNA-binding response regulator  50.23 
 
 		 225 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.55 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3057  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0022  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 225 aa  208  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3924  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 228 aa  207  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0008  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 228 aa  207  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3585  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  207  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3437  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  50 
 
 		 223 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4078  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0729773  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  49.09 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2924  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0208  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.857207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_4004  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3339  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0049  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2983  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3386  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2580  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 231 aa  206  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1619  DNA-binding response regulator  49.1 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0074  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.948307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3256  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0075  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0093  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0040  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617214  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2980  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0066  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.530384  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0030  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0075  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280185  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3332  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.71 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 223 aa  205  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  49.55 
 
 		 223 aa  204  8e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0031  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 225 aa  204  9e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0032  two component transcriptional regulator  48.18 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 229 aa  202  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 223 aa  201  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2935  putative response regulator transcription regulator protein  50.45 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3212  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.419022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2928  transcriptional regulatory protein TctD  45.41 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.501058  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2964  transcriptional regulator TctD  45.41 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2981  transcriptional regulator TctD  45.41 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.510212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3084  transcriptional regulator TctD  45.41 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2897  DNA-binding response regulator TctD  45.41 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2865  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 233 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1364  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 221 aa  198  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3802  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 227 aa  198  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  0.282515 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1736  two-component response regulator transcription regulator protein  50.45 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.151156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1450  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3340  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0836001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4040  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 232 aa  195  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 221 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.25 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  46.33 
 
 		 224 aa  187  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 222 aa  187  8e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>