More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3603 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3603  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
226 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3281  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
226 aa  455  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3392  response regulator transcription regulator protein  91.44 
 
 
224 aa  413  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.78 
 
 
225 aa  282  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  61.33 
 
 
225 aa  280  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0032  two component transcriptional regulator  60.27 
 
 
225 aa  266  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  59.36 
 
 
237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3276  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2676  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1851  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0255  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0042  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0042  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2701  DNA-binding response regulator  58.67 
 
 
225 aa  265  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0049  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 
225 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0039  DNA-binding response regulator  58.22 
 
 
225 aa  262  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0031  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 
225 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0040  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 
225 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617214  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0030  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 
225 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0022  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 
225 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4040  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 
232 aa  254  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  55.5 
 
 
224 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  55.5 
 
 
226 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  55.5 
 
 
224 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  55.5 
 
 
224 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 
224 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 
224 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  56.02 
 
 
222 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  53.39 
 
 
239 aa  239  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.25 
 
 
222 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  55.05 
 
 
267 aa  235  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.71 
 
 
222 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  54.59 
 
 
252 aa  234  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  54.59 
 
 
252 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  54.59 
 
 
252 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  54.59 
 
 
252 aa  234  9e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  54.59 
 
 
223 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  54.59 
 
 
287 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  54.34 
 
 
223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  52.49 
 
 
221 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 
222 aa  225  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  52.65 
 
 
230 aa  225  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  53.21 
 
 
223 aa  217  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 
223 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  51.38 
 
 
223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  55.05 
 
 
226 aa  211  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  51.38 
 
 
223 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
230 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3585  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 
224 aa  204  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
223 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1045  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 
223 aa  204  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0254823  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
223 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  49.54 
 
 
223 aa  202  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3437  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 
225 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
223 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.92 
 
 
223 aa  201  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.54 
 
 
223 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
223 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2928  transcriptional regulatory protein TctD  50 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.501058  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2964  transcriptional regulator TctD  50 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000947102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3084  transcriptional regulator TctD  50 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2981  transcriptional regulator TctD  50 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.510212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2897  DNA-binding response regulator TctD  50 
 
 
224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3340  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 
224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0836001  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  47.71 
 
 
224 aa  197  9e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.71 
 
 
231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1736  two-component response regulator transcription regulator protein  54.13 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.151156  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.13 
 
 
229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2935  putative response regulator transcription regulator protein  48.62 
 
 
235 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02407  two-component system regulatory protein  45.66 
 
 
230 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1364  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 
224 aa  190  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  47.25 
 
 
231 aa  191  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
231 aa  189  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2865  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 
233 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 
221 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3212  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 
233 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.419022  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  44.95 
 
 
226 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.04 
 
 
225 aa  184  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2580  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.95 
 
 
231 aa  184  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2401  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 
227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 
266 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.58 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 
236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3802  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 
227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  0.282515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 
229 aa  182  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3332  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.87 
 
 
221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.5 
 
 
260 aa  181  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 
225 aa  181  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 
253 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
250 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  44.2 
 
 
247 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 
224 aa  180  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>