More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4040 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4040  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 232 aa  470  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0032  two component transcriptional regulator  72.73 
 
 		 225 aa  318  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0039  DNA-binding response regulator  69.91 
 
 		 225 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3276  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2676  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2701  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0042  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0042  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0255  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0049  two component transcriptional regulator  71.36 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1851  DNA-binding response regulator  69.47 
 
 		 225 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0040  two component transcriptional regulator  71.36 
 
 		 225 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617214  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0030  two component transcriptional regulator  71.36 
 
 		 225 aa  312  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0031  two component transcriptional regulator  70.91 
 
 		 225 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0022  two component transcriptional regulator  70.45 
 
 		 225 aa  309  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3603  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 		 226 aa  254  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3281  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.4 
 
 		 226 aa  254  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3392  response regulator transcription regulator protein  56.05 
 
 		 224 aa  249  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  53.1 
 
 		 237 aa  248  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.71 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  54.71 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 222 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 239 aa  207  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 223 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 		 222 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  47.77 
 
 		 223 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  47.77 
 
 		 252 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  47.77 
 
 		 252 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  47.77 
 
 		 252 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  47.77 
 
 		 252 aa  198  5e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  47.77 
 
 		 287 aa  198  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 224 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 224 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 224 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 224 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  47.32 
 
 		 267 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  47.3 
 
 		 221 aa  195  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 230 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3437  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  45.66 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  45.66 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  46.58 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2865  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.62 
 
 		 233 aa  185  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3585  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 226 aa  184  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3212  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.419022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  46.26 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2935  putative response regulator transcription regulator protein  47.53 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2580  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1364  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  46.12 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.12 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2981  transcriptional regulator TctD  42.92 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.510212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2964  transcriptional regulator TctD  42.92 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3084  transcriptional regulator TctD  42.92 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2928  transcriptional regulatory protein TctD  42.92 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.501058  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2897  DNA-binding response regulator TctD  42.92 
 
 		 224 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3340  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 224 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0836001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.05 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1450  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 219 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 225 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3332  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.55 
 
 		 221 aa  171  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.92 
 
 		 223 aa  171  6.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1045  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0254823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3802  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  0.282515 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 231 aa  169  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  43.38 
 
 		 224 aa  168  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 223 aa  165  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 220 aa  164  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  40.62 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 231 aa  161  7e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 		 221 aa  161  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 221 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 221 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1736  two-component response regulator transcription regulator protein  44.89 
 
 		 230 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.151156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3589  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02407  two-component system regulatory protein  38.46 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 221 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>