278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_3606 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  64.67 
 
 
984 aa  1335  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  87.03 
 
 
1000 aa  1802  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  78.24 
 
 
993 aa  1655  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  64.67 
 
 
984 aa  1330  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  95.3 
 
 
995 aa  1970  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.46 
 
 
1020 aa  917  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.96 
 
 
1020 aa  918  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1000 aa  2059  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.01 
 
 
974 aa  454  1e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.19 
 
 
979 aa  442  1e-122  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.47 
 
 
965 aa  435  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  4.14451e-05 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.74 
 
 
981 aa  436  1e-120  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.02 
 
 
974 aa  426  1e-117  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.92 
 
 
982 aa  422  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.11 
 
 
973 aa  417  1e-115  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  33.11 
 
 
973 aa  417  1e-115  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.89 
 
 
1012 aa  411  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.68 
 
 
1010 aa  408  1e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1092  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.76 
 
 
965 aa  404  1e-111  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.20335  normal  0.270177 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.58 
 
 
986 aa  401  1e-110  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.42 
 
 
1020 aa  401  1e-110  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.36 
 
 
975 aa  396  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.92 
 
 
967 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.02 
 
 
967 aa  381  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.51 
 
 
986 aa  365  2e-99  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  31.35 
 
 
1059 aa  365  2e-99  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0311  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.56 
 
 
1372 aa  356  2e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.220801 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0337  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.22 
 
 
1345 aa  354  5e-96  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.038664  normal  0.920027 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.04 
 
 
980 aa  352  2e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.09 
 
 
1031 aa  348  4e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.13 
 
 
1042 aa  346  1e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.67 
 
 
1028 aa  341  4e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1568  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.4 
 
 
982 aa  341  5e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0336191  unclonable  2.49551e-05 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.34 
 
 
1042 aa  340  1e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.39 
 
 
1022 aa  338  3e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.39 
 
 
1022 aa  338  3e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  30.27 
 
 
1042 aa  338  3e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.97 
 
 
1029 aa  336  1e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.44 
 
 
1053 aa  336  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  36.23 
 
 
1051 aa  335  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.44 
 
 
1068 aa  334  4e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.4 
 
 
1044 aa  333  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  28.28 
 
 
1033 aa  332  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.44 
 
 
1044 aa  332  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1175  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.81 
 
 
980 aa  330  1e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.770188  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.27 
 
 
1079 aa  325  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.06 
 
 
1060 aa  324  5e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.04 
 
 
1003 aa  324  5e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.18 
 
 
1046 aa  324  5e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.94 
 
 
1053 aa  324  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.93 
 
 
1032 aa  323  7e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  27.54 
 
 
1072 aa  323  7e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.35 
 
 
1046 aa  323  1e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  34.89 
 
 
1044 aa  323  1e-86  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.2 
 
 
1006 aa  323  1e-86  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.46 
 
 
1003 aa  322  2e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.78 
 
 
1032 aa  321  4e-86  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.64 
 
 
1067 aa  321  4e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  31.99 
 
 
1210 aa  320  7e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.37 
 
 
1044 aa  320  1e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.23 
 
 
1074 aa  318  5e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.14 
 
 
1026 aa  317  1e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.07 
 
 
1035 aa  315  4e-84  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  28.74 
 
 
1069 aa  315  4e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.99 
 
 
1034 aa  311  4e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1045 aa  310  7e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  27.67 
 
 
1179 aa  306  1e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.87 
 
 
1068 aa  306  1e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.29 
 
 
1111 aa  306  1e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.53 
 
 
1065 aa  306  1e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.09 
 
 
1028 aa  305  3e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.14 
 
 
1070 aa  305  3e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.17 
 
 
855 aa  304  4e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.35 
 
 
1052 aa  304  7e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  31.09 
 
 
1040 aa  304  7e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  31.46 
 
 
1061 aa  303  7e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.93 
 
 
1041 aa  304  7e-81  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.5 
 
 
1084 aa  303  8e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.77 
 
 
1061 aa  303  9e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.29 
 
 
1029 aa  303  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.67 
 
 
1067 aa  301  3e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.85 
 
 
1084 aa  301  6e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.08 
 
 
1042 aa  300  7e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.72 
 
 
1072 aa  298  5e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.72 
 
 
1108 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.72 
 
 
1108 aa  295  3e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.28 
 
 
1067 aa  295  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.68 
 
 
1074 aa  294  6e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.7 
 
 
1046 aa  293  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.91 
 
 
1087 aa  292  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  2.12216e-12 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.31 
 
 
1040 aa  292  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.93 
 
 
1085 aa  291  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.76 
 
 
1089 aa  289  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  29.7 
 
 
1061 aa  286  1e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  27.81 
 
 
1076 aa  286  2e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.53 
 
 
1023 aa  284  7e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.15 
 
 
1084 aa  282  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.77 
 
 
1070 aa  281  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.65 
 
 
1030 aa  280  1e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.67 
 
 
1077 aa  278  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>