5529 genes were found for organism Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 56    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
PputGB1_0001  CDS  NC_010322  408  405  ribonuclease P  YP_001666253  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0002  CDS  NC_010322  422  556  135  50S ribosomal protein L34  YP_001666254  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0003  CDS  NC_010322  1152  2684  1533  chromosomal replication initiation protein  YP_001666255  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0004  CDS  NC_010322  2725  3828  1104  DNA polymerase III subunit beta  YP_001666256  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0005  CDS  NC_010322  3844  4947  1104  recombination protein F  YP_001666257  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0006  CDS  NC_010322  4952  7372  2421  DNA gyrase subunit B  YP_001666258  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0007  CDS  NC_010322  8209  8847  639  hypothetical protein  YP_001666259  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0008  CDS  NC_010322  8828  10786  1959  integrase catalytic region  YP_001666260  normal  0.171023  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0009  CDS  NC_010322  10783  11742  960  AAA ATPase  YP_001666261  normal  0.0992238  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0010  CDS  NC_010322  11818  13734  1917  hypothetical protein  YP_001666262  normal  0.610647  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0011  CDS  NC_010322  13791  14150  360  hypothetical protein  YP_001666263  normal  0.570728  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0012  CDS  NC_010322  14522  14854  333  hypothetical protein  YP_001666264  normal  0.383277  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0013  CDS  NC_010322  14952  15407  456  hypothetical protein  YP_001666265  normal  0.110441  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0014  CDS  NC_010322  15397  16176  780  hypothetical protein  YP_001666266  normal  0.0801352  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0015  CDS  NC_010322  16186  17301  1116  copper resistance B precursor  YP_001666267  normal  0.0966383  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0016  CDS  NC_010322  17291  17614  324  hypothetical protein  YP_001666268  normal  0.157597  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0017  CDS  NC_010322  17629  19587  1959  CopA family copper resistance protein  YP_001666269  normal  0.0816359  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0018  CDS  NC_010322  19770  19976  207  hypothetical protein  YP_001666270  normal  0.217315  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0019  CDS  NC_010322  20143  20820  678  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001666271  normal  0.593373  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0020  CDS  NC_010322  20820  22226  1407  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001666272  normal  0.426505  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0021  CDS  NC_010322  22263  22610  348  hypothetical protein  YP_001666273  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0022  CDS  NC_010322  22697  23950  1254  outer membrane efflux protein  YP_001666274  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0023  CDS  NC_010322  23947  25413  1467  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001666275  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0024  CDS  NC_010322  25410  28568  3159  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001666276  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0025  CDS  NC_010322  28565  28912  348  hypothetical protein  YP_001666277  normal  0.130406  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0026  CDS  NC_010322  29327  29986  660  isoprenylcysteine carboxyl methyltransferase  YP_001666278  normal  0.158025  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0027  CDS  NC_010322  29983  30258  276  hypothetical protein  YP_001666279  normal  0.882898  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0028  CDS  NC_010322  30284  30739  456  hypothetical protein  YP_001666280  normal  0.897017  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0029  CDS  NC_010322  30878  31900  1023  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  YP_001666281  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0030  CDS  NC_010322  32166  32357  192  heavy metal transport/detoxification protein  YP_001666282  normal  0.962189  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0031  CDS  NC_010322  32704  35220  2517  copper-translocating P-type ATPase  YP_001666283  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0032  CDS  NC_010322  35491  35697  207  putative transcriptional regulator  YP_001666284  normal  0.723962  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0033  CDS  NC_010322  36052  37248  1197  hypothetical protein  YP_001666285  normal  0.758956  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0034  CDS  NC_010322  37432  37764  333  hypothetical protein  YP_001666286  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0035  CDS  NC_010322  38080  38328  249  hypothetical protein  YP_001666287  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0036  CDS  NC_010322  38639  39562  924  hypothetical protein  YP_001666288  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0037  CDS  NC_010322  39747  39911  165  hypothetical protein  YP_001666289  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0038  CDS  NC_010322  40357  40485  129  hypothetical protein  YP_001666290  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0039  CDS  NC_010322  40608  42305  1698  hypothetical protein  YP_001666291  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0040  CDS  NC_010322  43189  44094  906  cation diffusion facilitator family transporter  YP_001666292  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0041  CDS  NC_010322  44252  44602  351  hypothetical protein  YP_001666293  normal  0.944894  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0042  CDS  NC_010322  44635  44961  327  hypothetical protein  YP_001666294  normal  0.773701  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0043  CDS  NC_010322  45651  46325  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001666295  normal  0.216902  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0044  CDS  NC_010322  46322  47740  1419  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  YP_001666296  normal  0.293183  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0045  CDS  NC_010322  47798  48385  588  hypothetical protein  YP_001666297  normal  0.535181  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0046  CDS  NC_010322  48652  48873  222  hypothetical protein  YP_001666298  normal  0.125057  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0047  CDS  NC_010322  48956  50410  1455  glycosyl transferase family protein  YP_001666299  normal  0.243952  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0048  CDS  NC_010322  50404  51387  984  ribonuclease III  YP_001666300  normal  0.122518  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0049  CDS  NC_010322  51353  51772  420  GtrA family protein  YP_001666301  normal  0.253922  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0050  CDS  NC_010322  52030  52998  969  LysR family transcriptional regulator  YP_001666302  normal  0.229955  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0051  CDS  NC_010322  53209  54516  1308  phosphate-selective porin O and P  YP_001666303  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0052  CDS  NC_010322  54536  54670  135  hypothetical protein  YP_001666304  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0053  CDS  NC_010322  54815  55840  1026  hypothetical protein  YP_001666305  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0054  CDS  NC_010322  55968  56192  225  hypothetical protein  YP_001666306  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0055  CDS  NC_010322  56285  58282  1998  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_001666307  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0056  CDS  NC_010322  58485  58808  324  hypothetical protein  YP_001666308  normal  0.656239  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0057  CDS  NC_010322  58971  62132  3162  CzcA family heavy metal efflux protein  YP_001666309  normal  normal  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0058  CDS  NC_010322  62157  63407  1251  RND family efflux transporter MFP subunit  YP_001666310  normal  normal  0.847384  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0059  CDS  NC_010322  63476  64747  1272  outer membrane efflux protein  YP_001666311  normal  normal  0.56854  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0060  CDS  NC_010322  65151  66494  1344  outer membrane porin  YP_001666312  normal  normal  0.203485  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0061  CDS  NC_010322  66984  67658  675  two component heavy metal response transcriptional regulator  YP_001666313  normal  normal  0.0868462  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0062  CDS  NC_010322  67776  68099  324  hypothetical protein  YP_001666314  normal  normal  0.0527798  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0063  CDS  NC_010322  68201  68728  528  hypothetical protein  YP_001666315  normal  normal  0.0387109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0064  CDS  NC_010322  68918  70345  1428  hypothetical protein  YP_001666316  normal  normal  0.0206655  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0065  CDS  NC_010322  70397  70798  402  hypothetical protein  YP_001666317  normal  normal  0.0140334  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0066  CDS  NC_010322  71537  71944  408  hypothetical protein  YP_001666318  normal  hitchhiker  0.00784135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0067  CDS  NC_010322  72074  73366  1293  putative sigma54 specific transcriptional regulator  YP_001666319  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0068  CDS  NC_010322  73589  74473  885  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001666320  normal  0.415147  hitchhiker  2.86033e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0069  CDS  NC_010322  74514  75782  1269  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_001666321  normal  hitchhiker  4.64578e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0070  CDS  NC_010322  75779  76597  819  hypothetical protein  YP_001666322  normal  0.791848  hitchhiker  3.08112e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0071  CDS  NC_010322  76586  77473  888  LysR family transcriptional regulator  YP_001666323  normal  hitchhiker  1.7949e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0072  CDS  NC_010322  77652  79298  1647  glucose-methanol-choline oxidoreductase  YP_001666324  normal  hitchhiker  2.89824e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0073  CDS  NC_010322  79396  81015  1620  general substrate transporter  YP_001666325  normal  0.229897  hitchhiker  1.14232e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0074  CDS  NC_010322  81193  81978  786  phospholipid/glycerol acyltransferase  YP_001666326  normal  hitchhiker  5.44756e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0075  CDS  NC_010322  82025  82552  528  D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase  YP_001666327  normal  0.500562  hitchhiker  4.96528e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0076  CDS  NC_010322  82556  84607  2052  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  YP_001666328  normal  0.589695  hitchhiker  2.90731e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0077  CDS  NC_010322  84604  85551  948  glycyl-tRNA synthetase subunit alpha  YP_001666329  normal  0.189656  hitchhiker  1.12208e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0078  CDS  NC_010322  85635  86186  552  DNA-3-methyladenine glycosylase I  YP_001666330  normal  0.0674727  hitchhiker  8.56753e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0079  CDS  NC_010322  86228  87115  888  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  YP_001666331  normal  0.150874  hitchhiker  1.31974e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0080  CDS  NC_010322  87233  87541  309  tetratricopeptide domain-containing protein  YP_001666332  normal  0.163561  hitchhiker  7.57426e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0081  CDS  NC_010322  87553  88926  1374  potassium transporter peripheral membrane component  YP_001666333  normal  0.242422  hitchhiker  1.77319e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0082  CDS  NC_010322  88950  90260  1311  sun protein  YP_001666334  normal  0.531544  hitchhiker  1.805e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0083  CDS  NC_010322  90257  91189  933  methionyl-tRNA formyltransferase  YP_001666335  normal  0.417966  decreased coverage  6.11556e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0084  CDS  NC_010322  91250  91756  507  peptide deformylase  YP_001666336  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0085  CDS  NC_010322  91963  93060  1098  DNA protecting protein DprA  YP_001666337  normal  0.182517  decreased coverage  6.67659e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0086  CDS  NC_010322  93103  93660  558  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  YP_001666338  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0087  CDS  NC_010322  94569  94874  306  hypothetical protein  YP_001666339  normal  0.723367  hitchhiker  8.06538e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0088  CDS  NC_010322  95002  95979  978  alcohol dehydrogenase  YP_001666340  normal  hitchhiker  1.55478e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0089  CDS  NC_010322  96114  97025  912  coproporphyrinogen III oxidase  YP_001666341  normal  0.554189  hitchhiker  1.35583e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0090  CDS  NC_010322  97051  97875  825  shikimate 5-dehydrogenase  YP_001666342  normal  hitchhiker  4.84063e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0091  CDS  NC_010322  98019  99584  1566  sulphate transporter  YP_001666343  normal  0.266405  hitchhiker  1.10429e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0092  CDS  NC_010322  99712  100635  924  choline ABC transporter, periplasmic binding protein  YP_001666344  normal  hitchhiker  6.18181e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0093  CDS  NC_010322  100650  102167  1518  choline-sulfatase  YP_001666345  normal  hitchhiker  8.95462e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0094  CDS  NC_010322  102276  103175  900  LysR family transcriptional regulator  YP_001666346  normal  hitchhiker  1.60709e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0095  CDS  NC_010322  103291  103845  555  hypothetical protein  YP_001666347  normal  hitchhiker  4.56218e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0096  CDS  NC_010322  103898  104230  333  DOPA 45-dioxygenase  YP_001666348  normal  hitchhiker  4.00546e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0097  CDS  NC_010322  104350  105159  810  tryptophan synthase subunit alpha  YP_001666349  normal  hitchhiker  2.24366e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0098  CDS  NC_010322  105156  106373  1218  tryptophan synthase subunit beta  YP_001666350  normal  hitchhiker  2.84084e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0099  CDS  NC_010322  106484  107380  897  LysR family transcriptional regulator  YP_001666351  normal  hitchhiker  7.82403e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
PputGB1_0100  CDS  NC_010322  107377  107700  324  protein of unknown function DUF883 ElaB  YP_001666352  normal  hitchhiker  5.13351e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 56    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>