More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0086 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  100 
 
 
185 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  0.0000000000000733254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  97.84 
 
 
185 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  96.76 
 
 
185 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  95.14 
 
 
185 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  0.00000510467 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  85.95 
 
 
185 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000304623  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  83.24 
 
 
185 aa  327  4e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  82.7 
 
 
185 aa  324  5e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  75.14 
 
 
185 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  76.22 
 
 
185 aa  301  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  73.77 
 
 
185 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  69.57 
 
 
185 aa  273  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  50.28 
 
 
191 aa  190  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
191 aa  178  4.999999999999999e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.63 
 
 
190 aa  177  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.85 
 
 
189 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  50.28 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  48.13 
 
 
190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.28 
 
 
189 aa  160  9e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  46.96 
 
 
185 aa  158  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000809913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  43.09 
 
 
185 aa  159  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.94 
 
 
186 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.94 
 
 
186 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  47.37 
 
 
187 aa  155  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.15 
 
 
185 aa  155  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.05 
 
 
188 aa  154  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  47.85 
 
 
190 aa  154  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  47.85 
 
 
190 aa  154  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000521724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  47.85 
 
 
190 aa  154  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000135377  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  47.03 
 
 
189 aa  153  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  43.09 
 
 
185 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  48.35 
 
 
200 aa  152  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
205 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
205 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
190 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  50.59 
 
 
205 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.26 
 
 
185 aa  148  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  45.93 
 
 
180 aa  148  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  47.65 
 
 
189 aa  147  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  40.72 
 
 
187 aa  147  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  44.32 
 
 
185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.17 
 
 
186 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  46.82 
 
 
201 aa  145  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  43.96 
 
 
185 aa  144  5e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.46 
 
 
185 aa  144  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  41.62 
 
 
196 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  39.51 
 
 
214 aa  142  4e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.88 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  38.81 
 
 
214 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  40.45 
 
 
197 aa  138  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  42.62 
 
 
190 aa  138  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  38.71 
 
 
209 aa  137  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.46 
 
 
185 aa  136  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  42.44 
 
 
188 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  41.67 
 
 
191 aa  136  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  41.86 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  41.86 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.01 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.28 
 
 
188 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.78 
 
 
187 aa  135  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  38.17 
 
 
209 aa  135  4e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.7 
 
 
188 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  42.69 
 
 
188 aa  134  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  41.71 
 
 
190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  41.53 
 
 
186 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  40.22 
 
 
198 aa  130  7.999999999999999e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  39.66 
 
 
183 aa  130  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  41.14 
 
 
188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  36.51 
 
 
192 aa  128  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.2 
 
 
262 aa  117  6e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  38.2 
 
 
186 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  38.2 
 
 
186 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2862  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.24 
 
 
367 aa  99  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000566964 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0460  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.78 
 
 
198 aa  99  4e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.41 
 
 
349 aa  97.8  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.67 
 
 
343 aa  97.8  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000833844  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  33.33 
 
 
352 aa  97.8  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.05 
 
 
358 aa  97.1  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  32.5 
 
 
350 aa  96.3  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.67 
 
 
358 aa  96.3  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  31.69 
 
 
346 aa  95.9  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0759  putative Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.82 
 
 
337 aa  95.9  3e-19  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  35.85 
 
 
364 aa  95.5  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0281  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.69 
 
 
358 aa  95.5  4e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000413141 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  29.94 
 
 
325 aa  95.1  5e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2777  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.22 
 
 
360 aa  95.1  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.389142  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.07 
 
 
354 aa  95.1  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>