32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0016 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0014  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0016  hypothetical protein  100 
 
 		 107 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.157597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0014  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00739134  normal  0.0662412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5181  hypothetical protein  85.05 
 
 		 107 aa  185  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.385313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5101  copper resistance B precursor  45.45 
 
 		 421 aa  63.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.082477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2218  hypothetical protein  43.64 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0197507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1839  copper resistance B precursor  62.75 
 
 		 429 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.425584  hitchhiker  0.0000315743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5180  CopA family copper resistance protein  60.42 
 
 		 605 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0015  CopA family copper resistance protein  74.36 
 
 		 671 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.156592  normal  0.0651456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5380  copper resistance protein A  70.73 
 
 		 669 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.537951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0015  CopA family copper resistance protein  74.36 
 
 		 652 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0017  CopA family copper resistance protein  74.36 
 
 		 652 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6113  Cu(II)/Cu(I) resistance outer membrane protein CopB  70 
 
 		 495 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.109399  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2219  CopA family copper resistance protein  57.14 
 
 		 604 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0574  CopA family copper resistance protein  71.79 
 
 		 619 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2338  CopA family copper resistance protein  56.82 
 
 		 626 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0013  copper resistance B precursor  76.47 
 
 		 371 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.188743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0013  copper resistance B precursor  76.47 
 
 		 371 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.001908  normal  0.0882664 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0015  copper resistance B precursor  76.47 
 
 		 371 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0966383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1778  copper resistance B precursor  77.78 
 
 		 332 aa  47.8  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.104151  normal  0.145157 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1713  CopA family copper resistance protein  56.82 
 
 		 580 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.476004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3999  multicopper oxidase  68.75 
 
 		 539 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2205  CopA family copper resistance protein  53.49 
 
 		 574 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37810  copper resistance protein B precursor  45.28 
 
 		 351 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0815776  normal  0.208347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5182  copper resistance B precursor  58.14 
 
 		 371 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.336515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3232  copper resistance protein B  37.33 
 
 		 397 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197761  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0126  CopA family copper resistance protein  60 
 
 		 569 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1494  copper resistance B precursor  66.67 
 
 		 312 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  43.33 
 
 		 455 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3546  copper-resistance protein CopA  50.94 
 
 		 664 aa  42  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0666183  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0721  hypothetical protein  66.67 
 
 		 420 aa  41.6  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.353203  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2217  copper resistance B precursor  42.67 
 
 		 363 aa  40.8  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0429936  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>