169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0001 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  100 
 
 		 134 aa  271  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  98.51 
 
 		 134 aa  266  8e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  98.51 
 
 		 134 aa  266  8e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  81.95 
 
 		 133 aa  224  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  82.71 
 
 		 133 aa  224  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  81.95 
 
 		 133 aa  221  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  76.74 
 
 		 135 aa  205  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  76.74 
 
 		 135 aa  205  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  79.03 
 
 		 130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  70.9 
 
 		 134 aa  191  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  120  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  51.3 
 
 		 118 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  51.3 
 
 		 118 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  53.04 
 
 		 119 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  49.57 
 
 		 120 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000277263  unclonable  0.00000245558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  50.43 
 
 		 118 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  49.12 
 
 		 119 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  48.7 
 
 		 118 aa  111  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  48.7 
 
 		 120 aa  111  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  46.96 
 
 		 128 aa  110  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  50 
 
 		 119 aa  110  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  51.3 
 
 		 120 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  47.83 
 
 		 120 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  48.31 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  46.09 
 
 		 118 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  47.83 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000599062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  47.83 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  46.61 
 
 		 119 aa  107  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  47.37 
 
 		 117 aa  107  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  46.09 
 
 		 115 aa  104  4e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  104  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  44.63 
 
 		 132 aa  103  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  46.96 
 
 		 119 aa  103  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  41.8 
 
 		 128 aa  103  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  44.35 
 
 		 132 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  47.12 
 
 		 108 aa  101  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  46.15 
 
 		 107 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000192203  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  44.86 
 
 		 108 aa  97.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000157593  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  46.15 
 
 		 108 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  45.19 
 
 		 108 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  38.98 
 
 		 162 aa  86.3  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  35.45 
 
 		 123 aa  84  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  36.44 
 
 		 135 aa  83.6  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  40.91 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  40 
 
 		 127 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  37.07 
 
 		 122 aa  81.3  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  37.19 
 
 		 120 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  33.64 
 
 		 123 aa  79  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  40.37 
 
 		 114 aa  78.6  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  39.05 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  39.45 
 
 		 114 aa  77.4  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  38.89 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  35.78 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  37.17 
 
 		 116 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 		 122 aa  67  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  36.67 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  34.55 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  38.04 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  41.56 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  34.58 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  40.48 
 
 		 86 aa  60.1  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03486  ribonuclease P protein component  42.68 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  37.63 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000299838  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  38.1 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000456921 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  36.56 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1355  ribonuclease P protein component  46.88 
 
 		 117 aa  56.2  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00991852  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  35.64 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2576  RNase P protein component  33.02 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3945  ribonuclease P  39.29 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3460  ribonuclease P protein component  39.29 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0002  ribonuclease P protein component  44.83 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.699533  normal  0.546638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  33.05 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0604  ribonuclease P protein component  30.51 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00426381  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0302  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 		 155 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2369  ribonuclease P  45.16 
 
 		 126 aa  53.5  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000213724  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  40.48 
 
 		 153 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  33.9 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2846  ribonuclease P protein component  39.77 
 
 		 136 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.752825  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1331  ribonuclease P protein component  37.65 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271159  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  33.06 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>