278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0615 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0615  iron-sulfur cluster-binding protein NapF  100 
 
 
168 aa  350  5.9999999999999994e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05379  ferredoxin-type protein  63.29 
 
 
161 aa  220  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000511  nitrate reductase  61.15 
 
 
161 aa  215  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  52.23 
 
 
159 aa  175  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2933  ferredoxin-type protein NapF  49.38 
 
 
162 aa  168  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000053627  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2368  ferredoxin-type protein NapF  47.56 
 
 
172 aa  161  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.957681  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  46.5 
 
 
178 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1432  ferredoxin-type protein NapF  47.8 
 
 
158 aa  159  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.390259 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  44.59 
 
 
178 aa  156  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2598  ferredoxin-type protein NapF  49.64 
 
 
161 aa  155  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1326  ferredoxin-type protein NapF  44.94 
 
 
161 aa  154  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2784  ferredoxin-type protein NapF  47.13 
 
 
161 aa  154  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.9279  hitchhiker  0.000480705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2176  ferredoxin-type protein NapF  44.23 
 
 
159 aa  153  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.455284  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2610  ferredoxin-type protein NapF  45.22 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.326175  hitchhiker  0.000000545081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2677  ferredoxin-type protein NapF  45.22 
 
 
158 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131835  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  45.62 
 
 
168 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1712  ferredoxin-type protein NapF  42.86 
 
 
163 aa  151  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00359598  normal  0.496256 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  44.3 
 
 
164 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1663  ferredoxin-type protein NapF  46.5 
 
 
161 aa  149  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  44.3 
 
 
164 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1512  ferredoxin-type protein NapF  46.79 
 
 
160 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0688671  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  148  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1481  ferredoxin-type protein NapF  46.79 
 
 
160 aa  148  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000195514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  43.67 
 
 
164 aa  147  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  147  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  147  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  147  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  147  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1476  ferredoxin-type protein NapF  46.79 
 
 
160 aa  147  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000676016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  43.67 
 
 
164 aa  147  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3488  ferredoxin-type protein NapF  43.83 
 
 
165 aa  147  7e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104519  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  47.17 
 
 
159 aa  147  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2871  ferredoxin-type protein NapF  46.79 
 
 
160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000173737  hitchhiker  0.000000902156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2604  ferredoxin-type protein  42.58 
 
 
163 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  0.656417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2445  ferredoxin-type protein  42.58 
 
 
163 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.399328 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  42.58 
 
 
163 aa  143  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2487  ferredoxin-type protein  41.94 
 
 
163 aa  141  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2225  ferredoxin-type protein NapF  44.14 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000128219  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1385  ferredoxin-type protein NapF  40.85 
 
 
167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.570523  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2793  ferredoxin-type protein NapF  40.85 
 
 
167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.167014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1271  ferredoxin-type protein NapF  40.85 
 
 
167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.853171  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1059  ferredoxin-type protein NapF  35.5 
 
 
182 aa  132  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5178  ferredoxin-type protein NapF  39.38 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818564  normal  0.868281 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1593  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  39.58 
 
 
187 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  41.22 
 
 
188 aa  107  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3988  hypothetical protein  36.13 
 
 
160 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0935811  normal  0.360541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3167  ferredoxin-type protein napF  34.59 
 
 
170 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4114  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  36.25 
 
 
160 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49220  ferredoxin protein NapF  36.25 
 
 
163 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.36196  hitchhiker  0.00430686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4203  ferredoxin protein NapF  39.86 
 
 
163 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197134  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  36.15 
 
 
163 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0728  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.29 
 
 
171 aa  85.9  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000860866  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0442  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.86 
 
 
179 aa  85.5  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111137  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  31.72 
 
 
160 aa  84.3  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02503  ferredoxin  34.19 
 
 
165 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.86 
 
 
192 aa  69.7  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.93 
 
 
538 aa  67.8  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.32 
 
 
247 aa  67  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1157  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.68 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0986005  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.42 
 
 
221 aa  64.7  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.1 
 
 
211 aa  64.3  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  31.13 
 
 
219 aa  63.5  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0358  iron-sulfur cluster-binding protein  33.78 
 
 
141 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0378692  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.19 
 
 
213 aa  62.4  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2940  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
104 aa  62  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0962  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.19 
 
 
588 aa  61.2  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 
397 aa  59.3  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.568365  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.67 
 
 
524 aa  57.4  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16850  4Fe-4S protein  32.74 
 
 
242 aa  57.4  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459268  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.66 
 
 
209 aa  57.4  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1932  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.37 
 
 
157 aa  57  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000184693  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.69 
 
 
656 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.875426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3958  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.07 
 
 
244 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0389498 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.22 
 
 
470 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0069  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.95 
 
 
397 aa  55.8  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.416863  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.57 
 
 
189 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1096  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.85 
 
 
266 aa  54.7  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0514529  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  28.57 
 
 
189 aa  54.3  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  28.57 
 
 
189 aa  54.3  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  28.48 
 
 
226 aa  53.9  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2588  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  28.87 
 
 
486 aa  53.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.228886 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1046  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.46 
 
 
481 aa  52.8  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14300  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.23 
 
 
331 aa  52.8  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.06573e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  29.61 
 
 
231 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1785  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.46 
 
 
481 aa  52.4  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0967  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.16 
 
 
395 aa  52.4  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0557  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  26.83 
 
 
220 aa  52  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0979  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.97 
 
 
395 aa  51.6  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.363777  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  28.95 
 
 
231 aa  51.6  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1103  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.15 
 
 
206 aa  51.6  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0096  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.24 
 
 
383 aa  51.2  0.000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.337966  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1714  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.27 
 
 
395 aa  51.2  0.000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3963  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.27 
 
 
528 aa  50.8  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000774467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>