197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2409 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  100 
 
 
178 aa  365  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  90.45 
 
 
178 aa  335  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  51.27 
 
 
164 aa  188  4e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  51.27 
 
 
164 aa  188  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  50.63 
 
 
164 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  50.63 
 
 
164 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  50.63 
 
 
164 aa  185  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  50.63 
 
 
164 aa  185  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  50.63 
 
 
164 aa  185  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  50.63 
 
 
164 aa  185  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  50 
 
 
164 aa  184  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2604  ferredoxin-type protein  49.06 
 
 
163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  0.656417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2445  ferredoxin-type protein  49.06 
 
 
163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.399328 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  49.06 
 
 
163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2793  ferredoxin-type protein NapF  50.9 
 
 
167 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.167014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1385  ferredoxin-type protein NapF  50.9 
 
 
167 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.570523  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1271  ferredoxin-type protein NapF  50.9 
 
 
167 aa  180  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.853171  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3488  ferredoxin-type protein NapF  52.2 
 
 
165 aa  179  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104519  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2487  ferredoxin-type protein  48.43 
 
 
163 aa  178  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05379  ferredoxin-type protein  48.15 
 
 
161 aa  167  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  47.44 
 
 
159 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000511  nitrate reductase  47.53 
 
 
161 aa  164  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1326  ferredoxin-type protein NapF  49.67 
 
 
161 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2933  ferredoxin-type protein NapF  47.1 
 
 
162 aa  158  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000053627  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1712  ferredoxin-type protein NapF  47.1 
 
 
163 aa  157  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00359598  normal  0.496256 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0615  iron-sulfur cluster-binding protein NapF  44.59 
 
 
168 aa  156  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2610  ferredoxin-type protein NapF  47.44 
 
 
158 aa  154  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.326175  hitchhiker  0.000000545081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2677  ferredoxin-type protein NapF  47.44 
 
 
158 aa  154  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131835  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2368  ferredoxin-type protein NapF  49.26 
 
 
172 aa  151  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.957681  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2871  ferredoxin-type protein NapF  46.54 
 
 
160 aa  151  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000173737  hitchhiker  0.000000902156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1476  ferredoxin-type protein NapF  46.54 
 
 
160 aa  151  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000676016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1512  ferredoxin-type protein NapF  46.54 
 
 
160 aa  150  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0688671  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1432  ferredoxin-type protein NapF  43.23 
 
 
158 aa  150  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.390259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1663  ferredoxin-type protein NapF  45.86 
 
 
161 aa  149  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1481  ferredoxin-type protein NapF  45.91 
 
 
160 aa  148  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000195514  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2598  ferredoxin-type protein NapF  47.92 
 
 
161 aa  147  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2784  ferredoxin-type protein NapF  44.3 
 
 
161 aa  147  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.9279  hitchhiker  0.000480705 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1593  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  42.69 
 
 
187 aa  147  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2225  ferredoxin-type protein NapF  46.48 
 
 
165 aa  145  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000128219  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  44.3 
 
 
168 aa  144  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  48.43 
 
 
159 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  47.62 
 
 
188 aa  131  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1059  ferredoxin-type protein NapF  40.37 
 
 
182 aa  125  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2176  ferredoxin-type protein NapF  40.38 
 
 
159 aa  125  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.455284  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  40 
 
 
163 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49220  ferredoxin protein NapF  41.1 
 
 
163 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.36196  hitchhiker  0.00430686 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3988  hypothetical protein  38.46 
 
 
160 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0935811  normal  0.360541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4203  ferredoxin protein NapF  37.2 
 
 
163 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197134  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5178  ferredoxin-type protein NapF  38.61 
 
 
166 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818564  normal  0.868281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3167  ferredoxin-type protein napF  39.24 
 
 
170 aa  107  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4114  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  38.65 
 
 
160 aa  90.9  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  33.74 
 
 
160 aa  85.9  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0728  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.14 
 
 
171 aa  85.1  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000860866  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0442  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.25 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111137  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07580  4Fe-4S protein  31.1 
 
 
221 aa  70.9  0.000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.353777 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.92 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.75 
 
 
524 aa  68.9  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2940  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.48 
 
 
104 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1157  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.12 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0986005  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.11 
 
 
221 aa  65.5  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.13 
 
 
656 aa  64.3  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.875426 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1738  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.72 
 
 
204 aa  64.3  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.850071  normal  0.0241918 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27410  4Fe-4S protein  32.28 
 
 
206 aa  63.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  32.68 
 
 
219 aa  62.4  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.99 
 
 
189 aa  60.8  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.47 
 
 
209 aa  60.5  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0622  quinol dehydrogenase periplasmic component  28.4 
 
 
244 aa  60.1  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  25.99 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.75 
 
 
247 aa  60.5  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  25.99 
 
 
189 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0802  quinol dehydrogenase periplasmic component  30.3 
 
 
246 aa  59.7  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0557  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  25.64 
 
 
220 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.67 
 
 
213 aa  59.3  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.39 
 
 
192 aa  59.3  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0872  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
246 aa  58.2  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.47 
 
 
538 aa  58.2  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02503  ferredoxin  29.63 
 
 
165 aa  57.4  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0358  iron-sulfur cluster-binding protein  35.43 
 
 
141 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0378692  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  27.06 
 
 
226 aa  56.6  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0774  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.85 
 
 
394 aa  56.2  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.33 
 
 
213 aa  55.8  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2984  quinol dehydrogenase periplasmic component  25.77 
 
 
241 aa  56.2  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1288  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F  31.13 
 
 
346 aa  55.5  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0554  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  26.54 
 
 
234 aa  55.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3207  quinol dehydrogenase periplasmic component  28.66 
 
 
243 aa  54.3  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1017  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.54 
 
 
249 aa  53.9  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.963512  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0847  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.95 
 
 
244 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3319  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.95 
 
 
244 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.93 
 
 
504 aa  53.9  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3431  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.95 
 
 
244 aa  53.9  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.25 
 
 
229 aa  53.5  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1720  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.01 
 
 
154 aa  54.3  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.774075  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4737  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  26.25 
 
 
224 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242853  normal  0.472407 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25 
 
 
591 aa  53.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0933  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25 
 
 
482 aa  53.1  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1932  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.94 
 
 
157 aa  53.5  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000184693  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.59 
 
 
231 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  27.17 
 
 
231 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0962  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.11 
 
 
588 aa  52.4  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  27.17 
 
 
231 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>