More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5178 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5178  ferredoxin-type protein NapF  100 
 
 
166 aa  332  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818564  normal  0.868281 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3988  hypothetical protein  43.31 
 
 
160 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0935811  normal  0.360541 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  41.29 
 
 
163 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2445  ferredoxin-type protein  41.29 
 
 
163 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.399328 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2604  ferredoxin-type protein  41.29 
 
 
163 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  0.656417 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4114  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  49.01 
 
 
160 aa  121  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2487  ferredoxin-type protein  40.65 
 
 
163 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49220  ferredoxin protein NapF  45 
 
 
163 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.36196  hitchhiker  0.00430686 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  45.51 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0615  iron-sulfur cluster-binding protein NapF  39.38 
 
 
168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05379  ferredoxin-type protein  41.94 
 
 
161 aa  118  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000511  nitrate reductase  40 
 
 
161 aa  115  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4203  ferredoxin protein NapF  48.87 
 
 
163 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197134  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3488  ferredoxin-type protein NapF  41.88 
 
 
165 aa  113  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104519  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  39.74 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  39.74 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2368  ferredoxin-type protein NapF  40.88 
 
 
172 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.957681  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  39.74 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  39.74 
 
 
164 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  39.74 
 
 
164 aa  111  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  39.74 
 
 
164 aa  111  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  39.61 
 
 
164 aa  111  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  39.74 
 
 
164 aa  111  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  39.74 
 
 
164 aa  111  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  39.24 
 
 
178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2176  ferredoxin-type protein NapF  37.18 
 
 
159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.455284  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  38.61 
 
 
178 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1059  ferredoxin-type protein NapF  38.36 
 
 
182 aa  104  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1326  ferredoxin-type protein NapF  40.25 
 
 
161 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2225  ferredoxin-type protein NapF  46.83 
 
 
165 aa  101  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000128219  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1432  ferredoxin-type protein NapF  38.36 
 
 
158 aa  101  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.390259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3167  ferredoxin-type protein napF  37.35 
 
 
170 aa  100  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  38.61 
 
 
159 aa  100  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2793  ferredoxin-type protein NapF  38.55 
 
 
167 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.167014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1271  ferredoxin-type protein NapF  38.55 
 
 
167 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.853171  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1385  ferredoxin-type protein NapF  38.55 
 
 
167 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.570523  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1712  ferredoxin-type protein NapF  34.78 
 
 
163 aa  97.4  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00359598  normal  0.496256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2933  ferredoxin-type protein NapF  36.08 
 
 
162 aa  96.7  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000053627  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2784  ferredoxin-type protein NapF  36.65 
 
 
161 aa  95.1  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.9279  hitchhiker  0.000480705 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1512  ferredoxin-type protein NapF  37.58 
 
 
160 aa  95.1  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0688671  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  41.72 
 
 
163 aa  94.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  36.2 
 
 
168 aa  94.7  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1476  ferredoxin-type protein NapF  37.58 
 
 
160 aa  94  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000676016  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1663  ferredoxin-type protein NapF  35.8 
 
 
161 aa  94  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2871  ferredoxin-type protein NapF  38.06 
 
 
160 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000173737  hitchhiker  0.000000902156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1481  ferredoxin-type protein NapF  37.58 
 
 
160 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000195514  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1593  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  36.71 
 
 
187 aa  92.8  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2610  ferredoxin-type protein NapF  36.02 
 
 
158 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.326175  hitchhiker  0.000000545081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2677  ferredoxin-type protein NapF  36.02 
 
 
158 aa  92.4  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131835  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  44.81 
 
 
188 aa  92  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2940  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  54.79 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2598  ferredoxin-type protein NapF  38.81 
 
 
161 aa  90.9  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.71 
 
 
538 aa  87.8  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0442  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.97 
 
 
179 aa  81.6  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111137  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02503  ferredoxin  30.86 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0728  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.76 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000860866  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.63 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  32.45 
 
 
160 aa  72.4  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.45 
 
 
209 aa  67.8  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1932  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.55 
 
 
157 aa  67  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000184693  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0962  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.93 
 
 
588 aa  66.6  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.07 
 
 
221 aa  65.1  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1161  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.13 
 
 
519 aa  62  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0864  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.61 
 
 
155 aa  62  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  28.86 
 
 
219 aa  61.6  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.56 
 
 
211 aa  62  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.77 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  31.55 
 
 
189 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2498  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441878 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  28.35 
 
 
226 aa  60.5  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.77 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  31.55 
 
 
189 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2393  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.77 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1357  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.03 
 
 
502 aa  59.3  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.77 
 
 
231 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1217  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.05 
 
 
398 aa  58.5  0.00000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1046  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.93 
 
 
481 aa  58.5  0.00000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  58.2  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  33.12 
 
 
231 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.98 
 
 
192 aa  58.2  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.63 
 
 
213 aa  57.8  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0096  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.66 
 
 
383 aa  57.8  0.00000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.337966  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0084  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  28.78 
 
 
271 aa  57.4  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0376016  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.95 
 
 
189 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0559  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.86 
 
 
352 aa  57  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1785  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.93 
 
 
481 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0933  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.42 
 
 
482 aa  56.2  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1428  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.53 
 
 
352 aa  56.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0805152  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0491  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.53 
 
 
352 aa  55.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0653  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.17 
 
 
397 aa  55.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.568365  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0708  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.35 
 
 
393 aa  55.1  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.748005 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0533  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.55 
 
 
286 aa  54.7  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.65 
 
 
213 aa  54.7  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>