More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0274 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0274  putative glycine cleavage operon activator  100 
 
 
301 aa  624  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04980  transcriptional regulator  56.86 
 
 
311 aa  358  6e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001192  transcriptional regulator LysR family  56.95 
 
 
296 aa  358  7e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 
290 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
311 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
300 aa  133  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  29.29 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.39 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
310 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.2 
 
 
294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 
303 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
305 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.46 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.86 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.57 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  31.62 
 
 
289 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.9 
 
 
307 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
305 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.11 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.23 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.23 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.81 
 
 
294 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.72 
 
 
306 aa  126  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
311 aa  125  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.81 
 
 
294 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
317 aa  125  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.77 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.77 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.77 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.77 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
300 aa  125  9e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
305 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 
305 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.72 
 
 
306 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.09 
 
 
334 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.21 
 
 
307 aa  124  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.1 
 
 
308 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.7 
 
 
306 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
306 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 
294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.43 
 
 
322 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.38 
 
 
303 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
308 aa  122  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4988  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 
399 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
305 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
305 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 
314 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
305 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
305 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.17 
 
 
305 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.58 
 
 
307 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.23 
 
 
303 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  30.33 
 
 
305 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
310 aa  122  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 
305 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1265  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
328 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.38 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  26.87 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.52 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.02 
 
 
293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.02 
 
 
293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
307 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.02 
 
 
293 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.43 
 
 
322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>