More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2715 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
383 aa  759    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.42 
 
 
351 aa  526  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.73 
 
 
352 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.5 
 
 
352 aa  424  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.93 
 
 
356 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.62 
 
 
356 aa  418  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  61.99 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.31 
 
 
346 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
352 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
330 aa  411  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.37 
 
 
356 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.6 
 
 
364 aa  409  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  58 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.62 
 
 
356 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.06 
 
 
365 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
336 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 
355 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  59.66 
 
 
356 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
347 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.96 
 
 
355 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  62.31 
 
 
356 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
346 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.68 
 
 
356 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.93 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
356 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  61.99 
 
 
356 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.81 
 
 
356 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.12 
 
 
333 aa  381  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.59 
 
 
345 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.88 
 
 
355 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  55.83 
 
 
357 aa  380  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.74 
 
 
358 aa  378  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.56 
 
 
345 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  57.28 
 
 
345 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.19 
 
 
337 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
336 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.38 
 
 
342 aa  364  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 
336 aa  361  1e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.75 
 
 
342 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
369 aa  358  9.999999999999999e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.87 
 
 
365 aa  355  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.34 
 
 
364 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.59 
 
 
356 aa  317  3e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.8 
 
 
340 aa  307  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  48.91 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.91 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  48.91 
 
 
349 aa  301  9e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.66 
 
 
352 aa  300  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
350 aa  292  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.14 
 
 
347 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.17 
 
 
346 aa  278  8e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.09 
 
 
338 aa  276  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  42.99 
 
 
336 aa  269  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
334 aa  269  7e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
337 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.88 
 
 
333 aa  265  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
334 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  43.07 
 
 
334 aa  262  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.93 
 
 
337 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
337 aa  260  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.678107  normal  0.316578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.99 
 
 
337 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
334 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
334 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
336 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
335 aa  256  6e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
336 aa  256  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.9 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.37 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.99 
 
 
336 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  41.54 
 
 
336 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.68 
 
 
335 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  43.79 
 
 
337 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
336 aa  251  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
335 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  40.37 
 
 
335 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  43.3 
 
 
336 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
335 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  42.99 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  42.99 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  42.06 
 
 
336 aa  250  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  42.99 
 
 
336 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
336 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  41.43 
 
 
336 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  43.61 
 
 
336 aa  249  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  43.3 
 
 
336 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.99 
 
 
336 aa  249  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  42.68 
 
 
336 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
336 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
336 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
336 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>