More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4005 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
356 aa  697    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.8 
 
 
356 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  85.96 
 
 
356 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.87 
 
 
356 aa  593  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  81.46 
 
 
356 aa  586  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.46 
 
 
356 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.18 
 
 
356 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.18 
 
 
356 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.18 
 
 
356 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.62 
 
 
356 aa  577  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  85.45 
 
 
330 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  81.74 
 
 
356 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  81.46 
 
 
356 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  81.74 
 
 
356 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  81.74 
 
 
356 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  81.74 
 
 
356 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  81.74 
 
 
356 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  84.52 
 
 
336 aa  558  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.69 
 
 
356 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.61 
 
 
346 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.17 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.77 
 
 
352 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.93 
 
 
383 aa  411  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.58 
 
 
365 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  58.72 
 
 
355 aa  408  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.22 
 
 
352 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.08 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.61 
 
 
346 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.26 
 
 
347 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
355 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
355 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.34 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.84 
 
 
351 aa  400  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  60.78 
 
 
356 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.08 
 
 
356 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
364 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.44 
 
 
345 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.38 
 
 
355 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  63.11 
 
 
345 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.09 
 
 
333 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.87 
 
 
358 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
342 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
342 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  50.7 
 
 
357 aa  362  7.0000000000000005e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.52 
 
 
336 aa  361  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 
365 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
336 aa  346  4e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
364 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
369 aa  342  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.83 
 
 
337 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.89 
 
 
356 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
360 aa  323  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.86 
 
 
352 aa  311  6.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  49.25 
 
 
349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  49.25 
 
 
349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.25 
 
 
349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.48 
 
 
340 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.67 
 
 
350 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
347 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
346 aa  277  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.6 
 
 
336 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.54 
 
 
337 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.6 
 
 
337 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
338 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
338 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  43.3 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  45.91 
 
 
337 aa  259  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
334 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
337 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.678107  normal  0.316578 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
335 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 
333 aa  252  6e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.11 
 
 
336 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1081  peptide ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
337 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
336 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  43.79 
 
 
339 aa  246  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
334 aa  247  3e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  43.79 
 
 
339 aa  247  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  43.79 
 
 
339 aa  247  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
364 aa  246  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
336 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40.3 
 
 
339 aa  245  9e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.34 
 
 
335 aa  245  9e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  44.1 
 
 
351 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  43.21 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  43.21 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  43.21 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  43.21 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  43.21 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0268081  normal  0.497052 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  40.3 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  43.17 
 
 
339 aa  243  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  42.37 
 
 
336 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.99 
 
 
336 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0375099  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.99 
 
 
336 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  42.24 
 
 
339 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  41.74 
 
 
336 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
336 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
334 aa  239  8e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>