More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3887 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
355 aa  703    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.92 
 
 
347 aa  571  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.5 
 
 
355 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.8 
 
 
355 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.22 
 
 
365 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.55 
 
 
364 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.25 
 
 
356 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  63.82 
 
 
356 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.82 
 
 
356 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.15 
 
 
356 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.82 
 
 
356 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
336 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  61.23 
 
 
330 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.62 
 
 
356 aa  408  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.23 
 
 
356 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.92 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.23 
 
 
356 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  62.15 
 
 
356 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  60.31 
 
 
356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
383 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.72 
 
 
356 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.27 
 
 
352 aa  401  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
356 aa  404  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.19 
 
 
356 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.7 
 
 
352 aa  398  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  57.44 
 
 
356 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.06 
 
 
351 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.36 
 
 
358 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.66 
 
 
333 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.35 
 
 
352 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.42 
 
 
336 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  54.46 
 
 
357 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
346 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.13 
 
 
336 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
346 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.49 
 
 
369 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.27 
 
 
345 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
337 aa  363  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.4 
 
 
345 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.31 
 
 
342 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.73 
 
 
355 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
342 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.45 
 
 
365 aa  350  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.75 
 
 
364 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.35 
 
 
356 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  54.05 
 
 
345 aa  332  6e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
360 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  47.88 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  47.88 
 
 
349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
352 aa  302  6.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 
340 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.34 
 
 
350 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.19 
 
 
347 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.19 
 
 
346 aa  280  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  44.62 
 
 
336 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.72 
 
 
333 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
338 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
336 aa  270  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.96 
 
 
334 aa  269  5e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  42.56 
 
 
334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
336 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  43.83 
 
 
336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.41 
 
 
334 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
334 aa  265  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.87 
 
 
336 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
335 aa  263  3e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.54 
 
 
335 aa  263  3e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.03 
 
 
335 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
334 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
335 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  43.34 
 
 
334 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  43.87 
 
 
336 aa  262  6e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  43.56 
 
 
337 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.54 
 
 
335 aa  262  8e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
334 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  42.72 
 
 
335 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
336 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  43.38 
 
 
336 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.21 
 
 
336 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.9 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.77 
 
 
336 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  41.25 
 
 
335 aa  259  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  43.25 
 
 
336 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.9 
 
 
336 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  42.59 
 
 
336 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
335 aa  258  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  42.15 
 
 
336 aa  257  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  43.25 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
334 aa  258  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  42.59 
 
 
336 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.33 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.25 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  42.81 
 
 
351 aa  255  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0840  alkaline phosphatase  44.14 
 
 
336 aa  255  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>