More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2325 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
347 aa  690    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0789045  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.3 
 
 
355 aa  590  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.01 
 
 
355 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.800769  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3887  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  80.92 
 
 
355 aa  571  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1905  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.26 
 
 
365 aa  554  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.074595  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.27 
 
 
364 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.592217 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.7 
 
 
356 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0806  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppB  69.35 
 
 
356 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.557497  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.35 
 
 
356 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5713  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.31 
 
 
356 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.076951 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.61 
 
 
356 aa  418  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.61 
 
 
356 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.598069 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.31 
 
 
356 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.92 
 
 
356 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0210654  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.31 
 
 
356 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00157663  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1391  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0350688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1275  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.572487  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2561  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1252  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  62.01 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0519  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1049  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1310  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0248  ABC transporter, permease protein  62.73 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.73 
 
 
356 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1443  ABC transporter, permease protein  61.7 
 
 
330 aa  413  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
383 aa  403  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.26 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.34 
 
 
352 aa  398  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.4 
 
 
351 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  58.66 
 
 
356 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  54.34 
 
 
357 aa  391  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.52 
 
 
333 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 
352 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.14 
 
 
358 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.17 
 
 
346 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.04 
 
 
352 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.48 
 
 
346 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.95 
 
 
337 aa  366  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 
336 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.98 
 
 
345 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.37 
 
 
365 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.02 
 
 
336 aa  355  6.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.16 
 
 
342 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
342 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.21 
 
 
369 aa  352  4e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
355 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.34 
 
 
364 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.582701  hitchhiker  0.00744073 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.99 
 
 
345 aa  345  6e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0800  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.04 
 
 
356 aa  335  5e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  54.37 
 
 
345 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4039  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  48.66 
 
 
349 aa  308  5.9999999999999995e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3552  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  48.66 
 
 
349 aa  308  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
349 aa  308  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.97 
 
 
360 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
352 aa  295  6e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.91 
 
 
340 aa  291  8e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.03 
 
 
350 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.85 
 
 
346 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0835992  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
334 aa  269  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 
334 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  43.77 
 
 
336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.8 
 
 
333 aa  266  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 
338 aa  263  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  42.68 
 
 
334 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.67 
 
 
336 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
334 aa  260  2e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
347 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.51 
 
 
335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
335 aa  258  9e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.51 
 
 
335 aa  258  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  42.3 
 
 
336 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
335 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
335 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.45 
 
 
336 aa  256  3e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  42.77 
 
 
336 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.77 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  42.24 
 
 
335 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.51 
 
 
336 aa  255  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
334 aa  255  7e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  41.62 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  42.3 
 
 
335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.2 
 
 
336 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  41.34 
 
 
339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.51 
 
 
338 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  41.16 
 
 
334 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
336 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
334 aa  252  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.32 
 
 
336 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  42.02 
 
 
337 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
336 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  42.65 
 
 
339 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  41.5 
 
 
351 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  43.11 
 
 
339 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 
338 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  43.11 
 
 
339 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3377  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 
338 aa  250  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
336 aa  250  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  43.38 
 
 
336 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.38 
 
 
336 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>