More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0674 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0674  NAD-dependent deacetylase  100 
 
 		 232 aa  476  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0243774  normal  0.233904 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3213  NAD-dependent deacetylase  59.39 
 
 		 230 aa  279  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4420  silent information regulator protein Sir2  61.33 
 
 		 226 aa  274  8e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.910761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2748  NAD-dependent deacetylase  60.17 
 
 		 233 aa  271  9e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.608759 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3226  NAD-dependent deacetylase  61.3 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3964  NAD-dependent deacetylase  61.3 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0003  NAD-dependent deacetylase  59.23 
 
 		 239 aa  267  8e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2058  NAD-dependent deacetylase  55.65 
 
 		 242 aa  263  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0790  silent information regulator protein Sir2  57.21 
 
 		 235 aa  260  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0265  silent information regulator protein Sir2  58.77 
 
 		 232 aa  258  4e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.708691  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2612  NAD-dependent deacetylase  61.5 
 
 		 228 aa  257  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000726932 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0207  NAD-dependent deacetylase  55.9 
 
 		 234 aa  255  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02072  NAD-dependent deacetylase  54.31 
 
 		 243 aa  254  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1635  NAD-dependent deacetylase  54.78 
 
 		 273 aa  250  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01118  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2527  Silent information regulator protein Sir2  53.48 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1242  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2481  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0142081  normal  0.162011 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01126  hypothetical protein  53.48 
 
 		 279 aa  245  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2006  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 273 aa  244  8e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.423996  normal  0.175546 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1500  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 273 aa  244  8e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000250063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02284  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 243 aa  243  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1298  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1336  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0564369 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003486  NAD-dependent protein deacetylase of SIR2 family  53.04 
 
 		 243 aa  243  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.657573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2337  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1963  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.696827  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1321  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0350313  hitchhiker  0.00447864 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2147  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 273 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.180937  hitchhiker  0.00193472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1662  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 248 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00629212  normal  0.0795648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2203  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 273 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2781  NAD-dependent deacetylase  55.46 
 
 		 276 aa  241  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0690424  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3645  NAD-dependent deacetylase  54.59 
 
 		 243 aa  240  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1466  NAD-dependent deacetylase  52.68 
 
 		 235 aa  241  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2005  NAD-dependent deacetylase  54.15 
 
 		 278 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0489143 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1406  5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase  50.87 
 
 		 251 aa  240  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2859  NAD-dependent deacetylase  51.93 
 
 		 278 aa  238  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2809  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 258 aa  239  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.713265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1604  NAD-dependent deacetylase  51.5 
 
 		 278 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.422799  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1717  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 246 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000104436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1642  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 246 aa  238  8e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000907169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1711  NAD-dependent deacetylase  51.5 
 
 		 278 aa  237  9e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2473  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 		 276 aa  237  9e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2262  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 244 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1585  NAD-dependent deacetylase  53.48 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.118792  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1797  NAD-dependent deacetylase  52.17 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0401788  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1717  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 247 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000712347  normal  0.253477 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1843  NAD-dependent deacetylase  51.95 
 
 		 254 aa  236  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000086586  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1116  NAD-dependent deacetylase  52.17 
 
 		 259 aa  235  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0264  Silent information regulator protein Sir2  52.16 
 
 		 246 aa  232  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1938  NAD-dependent deacetylase  51.3 
 
 		 243 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1843  NAD-dependent deacetylase  52.61 
 
 		 243 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000585877  hitchhiker  0.0048436 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1622  NAD-dependent deacetylase  50.66 
 
 		 276 aa  231  8.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6362  Silent information regulator protein Sir2  53.88 
 
 		 237 aa  231  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2621  NAD-dependent deacetylase  51.74 
 
 		 243 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000617513  normal  0.0318623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2501  NAD-dependent deacetylase  52.17 
 
 		 243 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000275677  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2508  NAD-dependent deacetylase  52.17 
 
 		 243 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000926732  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3938  silent information regulator protein Sir2  51.74 
 
 		 237 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.137348 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1594  NAD-dependent deacetylase  53.04 
 
 		 253 aa  229  4e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000756784  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5854  silent information regulator protein Sir2  53.02 
 
 		 241 aa  224  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.589842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1435  NAD-dependent deacetylase  49.35 
 
 		 248 aa  224  8e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2173  Silent information regulator protein Sir2  53.45 
 
 		 239 aa  223  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1652  NAD-dependent deacetylase  50.22 
 
 		 276 aa  215  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2216  silent information regulator protein Sir2  54.89 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal  0.310808 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2492  Silent information regulator protein Sir2  54.89 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.340996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0872  NAD-dependent deacetylase  50 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1963  NAD-dependent deacetylase  44.59 
 
 		 246 aa  185  7e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0202  Silent information regulator protein Sir2  46.38 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000903537  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1341  silent information regulator protein Sir2  46.46 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0895566  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2345  NAD-dependent deacetylase  48.29 
 
 		 230 aa  178  8e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.870282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2892  silent information regulator protein Sir2  50.77 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2323  Silent information regulator protein Sir2  42.86 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.687351  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1959  NAD-dependent deacetylase  44.59 
 
 		 269 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0299  silent information regulator protein Sir2  43.66 
 
 		 249 aa  172  2.9999999999999996e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.769715 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3557  silent information regulator protein Sir2  44 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0793  NAD-dependent deacetylase  45.45 
 
 		 251 aa  171  1e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000283822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1211  Silent information regulator protein Sir2  47.81 
 
 		 230 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000184843  hitchhiker  0.000443834 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2038  Silent information regulator protein Sir2  42.38 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0531  Silent information regulator protein Sir2  44.26 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000137862 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2032  Silent information regulator protein Sir2  50.26 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375007  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5448  Silent information regulator protein Sir2  47.28 
 
 		 229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.664721  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08031  hypothetical protein  46.81 
 
 		 233 aa  165  6.9999999999999995e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.580054  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0952  Silent information regulator protein Sir2  41.78 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0457  silent information regulator protein Sir2  44.95 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.489877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2817  silent information regulator protein Sir2  45.71 
 
 		 225 aa  162  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1453  NAD-dependent deacetylase  36.19 
 
 		 232 aa  162  6e-39  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0321606  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0910  Silent information regulator protein Sir2  44.34 
 
 		 248 aa  161  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.44654  hitchhiker  0.00105872 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5013  silent information regulator protein Sir2  44.6 
 
 		 233 aa  161  7e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.408464  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3171  silent information regulator protein Sir2  41.81 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0527  Silent information regulator protein Sir2  38.74 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1968  Silent information regulator protein Sir2  47.31 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00937822  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1593  silent information regulator protein Sir2  41.1 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0601  silent information regulator protein Sir2  44.29 
 
 		 249 aa  158  6e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.496175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1154  conserved hypothetical protein, putative NAD-dependent deacetylase  38.8 
 
 		 232 aa  158  6e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000113398  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0004  NAD-dependent deacetylase  45.74 
 
 		 234 aa  157  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0079912 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1194  NAD-dependent deacetylase  39.89 
 
 		 233 aa  156  2e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0597441  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2040  silent information regulator protein Sir2  41.26 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33150  transcriptional regulator Sir2 family protein  44.05 
 
 		 243 aa  156  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.419253  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1071  NAD-dependent deacetylase  33.48 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.202923  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1260  silent information regulator protein Sir2  39.56 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0543594  decreased coverage  0.000122982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>