More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4420 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4420  silent information regulator protein Sir2  100 
 
 
226 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.910761  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0674  NAD-dependent deacetylase  61.33 
 
 
232 aa  274  8e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0243774  normal  0.233904 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3213  NAD-dependent deacetylase  62.67 
 
 
230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0790  silent information regulator protein Sir2  60.09 
 
 
235 aa  256  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.706815  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0265  silent information regulator protein Sir2  56.58 
 
 
232 aa  255  4e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.708691  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2612  NAD-dependent deacetylase  62.33 
 
 
228 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000726932 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3226  NAD-dependent deacetylase  61.61 
 
 
230 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3964  NAD-dependent deacetylase  61.61 
 
 
230 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2748  NAD-dependent deacetylase  58.15 
 
 
233 aa  251  8.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.608759 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0003  NAD-dependent deacetylase  57.83 
 
 
239 aa  251  9.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02072  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
243 aa  249  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578005  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003486  NAD-dependent protein deacetylase of SIR2 family  56.25 
 
 
243 aa  245  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.657573  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1116  NAD-dependent deacetylase  55.9 
 
 
259 aa  246  3e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02284  NAD-dependent deacetylase  55.56 
 
 
243 aa  245  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1585  NAD-dependent deacetylase  55.7 
 
 
237 aa  244  9e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.118792  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2203  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
273 aa  239  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01118  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2527  Silent information regulator protein Sir2  54.35 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000048723  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1242  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00135045  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01126  hypothetical protein  54.35 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2481  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0142081  normal  0.162011 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1500  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
273 aa  239  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000250063  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2006  NAD-dependent deacetylase  54.35 
 
 
273 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.423996  normal  0.175546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2781  NAD-dependent deacetylase  55.07 
 
 
276 aa  238  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0690424  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1336  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
273 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0564369 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2147  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
273 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.180937  hitchhiker  0.00193472 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1321  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
273 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0350313  hitchhiker  0.00447864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1298  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
273 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1963  NAD-dependent deacetylase  54.63 
 
 
273 aa  236  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.696827  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2473  NAD-dependent deacetylase  55.02 
 
 
276 aa  235  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0207  NAD-dependent deacetylase  56.31 
 
 
234 aa  235  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338339  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1635  NAD-dependent deacetylase  53.91 
 
 
273 aa  232  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2005  NAD-dependent deacetylase  55.31 
 
 
278 aa  232  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0489143 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0264  Silent information regulator protein Sir2  53.71 
 
 
246 aa  229  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2058  NAD-dependent deacetylase  51.32 
 
 
242 aa  229  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1622  NAD-dependent deacetylase  53.45 
 
 
276 aa  228  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1711  NAD-dependent deacetylase  52.68 
 
 
278 aa  228  8e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1406  5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase  50.44 
 
 
251 aa  227  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1604  NAD-dependent deacetylase  52.68 
 
 
278 aa  226  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.422799  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2859  NAD-dependent deacetylase  52.68 
 
 
278 aa  226  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1466  NAD-dependent deacetylase  52.89 
 
 
235 aa  225  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6362  Silent information regulator protein Sir2  51.74 
 
 
237 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1435  NAD-dependent deacetylase  53.74 
 
 
248 aa  217  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1594  NAD-dependent deacetylase  53.88 
 
 
253 aa  216  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000756784  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1652  NAD-dependent deacetylase  52.89 
 
 
276 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2508  NAD-dependent deacetylase  51.29 
 
 
243 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000926732  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2501  NAD-dependent deacetylase  50.86 
 
 
243 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000275677  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1843  NAD-dependent deacetylase  50.86 
 
 
243 aa  214  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000585877  hitchhiker  0.0048436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5854  silent information regulator protein Sir2  52.16 
 
 
241 aa  214  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.589842  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2621  NAD-dependent deacetylase  50.86 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000617513  normal  0.0318623 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3645  NAD-dependent deacetylase  53.51 
 
 
243 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1662  NAD-dependent deacetylase  49.12 
 
 
248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00629212  normal  0.0795648 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2173  Silent information regulator protein Sir2  53.74 
 
 
239 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2262  NAD-dependent deacetylase  49.78 
 
 
244 aa  208  6e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1717  NAD-dependent deacetylase  49.35 
 
 
247 aa  205  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000712347  normal  0.253477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3938  silent information regulator protein Sir2  48.68 
 
 
237 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.137348 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1642  NAD-dependent deacetylase  48.92 
 
 
246 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000907169  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1717  NAD-dependent deacetylase  48.92 
 
 
246 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000104436  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1797  NAD-dependent deacetylase  47.21 
 
 
241 aa  201  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0401788  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1938  NAD-dependent deacetylase  48.9 
 
 
243 aa  201  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2337  NAD-dependent deacetylase  48.91 
 
 
240 aa  201  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1843  NAD-dependent deacetylase  46.58 
 
 
254 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000086586  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2809  NAD-dependent deacetylase  47.86 
 
 
258 aa  199  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.713265  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2492  Silent information regulator protein Sir2  52.79 
 
 
235 aa  190  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.340996  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2216  silent information regulator protein Sir2  52.79 
 
 
235 aa  190  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.390214  normal  0.310808 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0202  Silent information regulator protein Sir2  47.55 
 
 
245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000903537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2032  Silent information regulator protein Sir2  52.91 
 
 
235 aa  187  9e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.375007  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5448  Silent information regulator protein Sir2  51.37 
 
 
229 aa  180  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.664721  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0601  silent information regulator protein Sir2  46.41 
 
 
249 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.496175  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2345  NAD-dependent deacetylase  50.27 
 
 
230 aa  177  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.870282 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1968  Silent information regulator protein Sir2  50.26 
 
 
229 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00937822  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0872  NAD-dependent deacetylase  47.53 
 
 
251 aa  175  4e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5013  silent information regulator protein Sir2  49.46 
 
 
233 aa  174  7e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.408464  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0910  Silent information regulator protein Sir2  47.09 
 
 
248 aa  174  8e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.44654  hitchhiker  0.00105872 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1963  NAD-dependent deacetylase  45.25 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0457  silent information regulator protein Sir2  48.84 
 
 
266 aa  172  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.489877  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2817  silent information regulator protein Sir2  46.43 
 
 
225 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1211  Silent information regulator protein Sir2  50.54 
 
 
230 aa  171  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000184843  hitchhiker  0.000443834 
 
 
-
 
NC_002950  PG0004  NAD-dependent deacetylase  47.72 
 
 
234 aa  169  2e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0079912 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2323  Silent information regulator protein Sir2  44.1 
 
 
256 aa  169  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.687351  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1341  silent information regulator protein Sir2  47.11 
 
 
233 aa  170  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0895566  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0299  silent information regulator protein Sir2  45.75 
 
 
249 aa  167  8e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.769715 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08031  hypothetical protein  49.72 
 
 
233 aa  167  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.580054  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0793  NAD-dependent deacetylase  46.04 
 
 
251 aa  167  2e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.000283822 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0531  Silent information regulator protein Sir2  42.36 
 
 
227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000137862 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2892  silent information regulator protein Sir2  50.27 
 
 
242 aa  165  5e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3557  silent information regulator protein Sir2  41.63 
 
 
244 aa  164  9e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252048  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1959  NAD-dependent deacetylase  45.95 
 
 
269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1992  Silent information regulator protein Sir2  46.85 
 
 
264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0952  Silent information regulator protein Sir2  44 
 
 
265 aa  160  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0371  silent information regulator protein Sir2  48.66 
 
 
226 aa  156  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.157699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1593  silent information regulator protein Sir2  42.42 
 
 
248 aa  155  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2090  silent information regulator protein Sir2  44.34 
 
 
244 aa  155  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.34038  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4088  silent information regulator protein Sir2  42.29 
 
 
244 aa  155  6e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000992713  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1154  conserved hypothetical protein, putative NAD-dependent deacetylase  38.83 
 
 
232 aa  155  7e-37  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000113398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33150  transcriptional regulator Sir2 family protein  45.45 
 
 
243 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.419253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2348  silent information regulator protein Sir2  41.7 
 
 
252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3171  silent information regulator protein Sir2  43.48 
 
 
249 aa  152  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1777  silent information regulator protein Sir2  36.96 
 
 
242 aa  152  4e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1314  Silent information regulator protein Sir2  44.17 
 
 
273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>