90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_37460 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_37460  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  100 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.50041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3569  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  54.97 
 
 		 197 aa  209  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.863637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9366  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  53.93 
 
 		 193 aa  205  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5294  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  53.65 
 
 		 190 aa  202  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11763  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  54.12 
 
 		 203 aa  201  9e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00483885 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5925  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  59.3 
 
 		 181 aa  200  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5570  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  52.6 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1754  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  52.13 
 
 		 191 aa  177  9e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.202271  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1582  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  51.16 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.196336  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12740  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  49.4 
 
 		 196 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  50.29 
 
 		 186 aa  160  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.189435  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4870  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  47.34 
 
 		 185 aa  156  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0257995  normal  0.425035 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2543  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  49.44 
 
 		 181 aa  154  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.188971  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1842  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  49.42 
 
 		 181 aa  153  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04480  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  50 
 
 		 200 aa  151  8e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0343  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  47.4 
 
 		 198 aa  150  2e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.447974  normal  0.157249 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4188  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  45.56 
 
 		 219 aa  145  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0969  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  46.54 
 
 		 191 aa  138  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0417204 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2029  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  49.14 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0672691  hitchhiker  0.00592267 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13780  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  45.29 
 
 		 180 aa  132  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.201595  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21260  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  46.41 
 
 		 209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.682268  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02721  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.02 
 
 		 182 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304436  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02684  hypothetical protein  43.98 
 
 		 166 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4179  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.98 
 
 		 182 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3375  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  42.11 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.923272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3195  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  41.18 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.376007  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3215  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.98 
 
 		 182 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3207  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  42.11 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3270  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  42.11 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3022  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.02 
 
 		 182 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0803  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  43.98 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0820  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.02 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3048  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.02 
 
 		 182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1382  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  46.33 
 
 		 190 aa  128  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3308  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  43.37 
 
 		 182 aa  128  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3273  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40.59 
 
 		 181 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3307  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  41.88 
 
 		 183 aa  123  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.87 
 
 		 213 aa  98.2  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.12 
 
 		 179 aa  98.2  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.33 
 
 		 175 aa  97.8  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  39.77 
 
 		 199 aa  96.3  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.16 
 
 		 171 aa  95.5  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.52 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  33.85 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4731  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.33 
 
 		 171 aa  89.7  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.291133  decreased coverage  0.0000344266 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.74 
 
 		 176 aa  88.2  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1623  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.95 
 
 		 175 aa  87  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.95 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.17 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.76 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.98 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24100  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  37.75 
 
 		 197 aa  81.3  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.95 
 
 		 179 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.45 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1919  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  32.45 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.353354 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.48 
 
 		 179 aa  76.3  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1019  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  32.62 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123527  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.36 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0168  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.72 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3442  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  34.01 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.580017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.94 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4564  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  36 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669276  hitchhiker  0.00145949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3527  isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  32.45 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.750561 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00579  Isopentenyl diphosphate isomerasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I0]  31.58 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.590564 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_13493  predicted protein  30.14 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0619  diphosphomevalonate decarboxylase  29.35 
 
 		 503 aa  67.8  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0774  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  32.06 
 
 		 186 aa  67.4  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_12972  predicted protein  29.9 
 
 		 247 aa  67  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0720  diphosphomevalonate decarboxylase/isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.78 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0013091  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1568  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  29.49 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.331903 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0419  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  30.53 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2726  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  30.53 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.546258  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12533  predicted protein  35 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.673219  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02550  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, putative  30.97 
 
 		 265 aa  61.6  0.000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1959  NUDIX hydrolase  27.41 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.372281  normal  0.231683 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68990  isopentenyl diphosphate:dimethylallyl diphosphate isomerase (IPP isomerase)  28.48 
 
 		 286 aa  59.7  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  34.72 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2618  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  36.09 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0277117  normal  0.0125903 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  34.48 
 
 		 197 aa  50.8  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21220  uridine kinase  33.33 
 
 		 354 aa  49.7  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  34.67 
 
 		 178 aa  48.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  30.46 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.15 
 
 		 184 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  26.03 
 
 		 459 aa  43.1  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  31.78 
 
 		 185 aa  42.7  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  27.97 
 
 		 182 aa  42.7  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  27.39 
 
 		 178 aa  42  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  32.47 
 
 		 178 aa  42  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1697  NUDIX hydrolase  26.72 
 
 		 158 aa  42  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0101183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2049  mutT/nudix family protein  21.89 
 
 		 202 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00026256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>