More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5341 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5341  inner-membrane translocator  100 
 
 		 342 aa  669    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.442606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4377  inner-membrane translocator  40.82 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.684501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2789  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0355549 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4488  ABC transporter related  37.58 
 
 		 624 aa  185  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3293  hypothetical protein  38.93 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.015254 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2640  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.177504 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3727  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0972645  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6103  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 357 aa  142  8e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 353 aa  129  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  29.62 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 356 aa  125  7e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  28.89 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 358 aa  123  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  30 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  28.31 
 
 		 363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 347 aa  119  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  29.46 
 
 		 399 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 358 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  28.35 
 
 		 358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.37 
 
 		 389 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  28.51 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 356 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 389 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  27.67 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  28.05 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  28.45 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  28.16 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  30.08 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.84 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  29.45 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.49 
 
 		 389 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 363 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  28.16 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  27.79 
 
 		 319 aa  110  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 389 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 389 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.62 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 389 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.67 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  28.94 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  31.08 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 359 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  28.36 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  28.49 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 372 aa  107  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  28.36 
 
 		 353 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  27.47 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.42 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6113  inner-membrane translocator  28.99 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  27.81 
 
 		 389 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  24.6 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  27.03 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1160  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25.08 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.625358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  28.99 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  26.69 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  28.33 
 
 		 321 aa  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 407 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 321 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 335 aa  102  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  26.69 
 
 		 350 aa  102  8e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  26.17 
 
 		 337 aa  102  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  28.31 
 
 		 378 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  23.96 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  28.9 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  27.19 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 407 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.71 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  26.95 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.75 
 
 		 325 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2550  inner-membrane translocator  31.37 
 
 		 370 aa  99.8  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 327 aa  99.4  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 333 aa  99.4  9e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  26.77 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>