More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5333 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5333  cytosine deaminase  100 
 
 		 432 aa  879    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3311  cytosine deaminase  76.4 
 
 		 429 aa  679    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6355  cytosine deaminase  83.14 
 
 		 429 aa  747    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.616526  normal  0.149808 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5276  cytosine deaminase  88.32 
 
 		 370 aa  684    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6176  cytosine deaminase  83.84 
 
 		 429 aa  756    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0175267  normal  0.144345 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4568  cytosine deaminase  69.29 
 
 		 426 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171713  normal  0.0375176 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0844  cytosine deaminase  67.38 
 
 		 423 aa  606  9.999999999999999e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3993  cytosine deaminase  67.86 
 
 		 432 aa  598  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.005353  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1533  cytosine deaminase  66.51 
 
 		 430 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2598  cytosine deaminase  66.51 
 
 		 430 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177516  normal  0.0252433 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0318  cytosine deaminase  67.15 
 
 		 429 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4007  cytosine deaminase  66.35 
 
 		 424 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0483296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2654  cytosine deaminase  65.07 
 
 		 426 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1960  cytosine deaminase  65.87 
 
 		 425 aa  571  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1594  cytosine deaminase  65.63 
 
 		 423 aa  567  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3221  cytosine deaminase  64.76 
 
 		 425 aa  566  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.497988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0933  cytosine deaminase  68.26 
 
 		 432 aa  567  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1306  cytosine deaminase  64.5 
 
 		 431 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4995  cytosine deaminase  64.54 
 
 		 423 aa  562  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.630781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1477  cytosine deaminase  64.54 
 
 		 429 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.613678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2788  cytosine deaminase  66.42 
 
 		 440 aa  545  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.22354  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1943  cytosine deaminase  63.25 
 
 		 422 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.115146  hitchhiker  0.0000891161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0955  cytosine deaminase  62.62 
 
 		 425 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366628  normal  0.0736723 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1985  cytosine deaminase  62.29 
 
 		 425 aa  529  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0341  cytosine deaminase  62.53 
 
 		 425 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4430  cytosine deaminase  60.48 
 
 		 424 aa  531  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.367295  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2936  cytosine deaminase  61.41 
 
 		 422 aa  525  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0828  cytosine deaminase  63.26 
 
 		 427 aa  504  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0224  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  47.47 
 
 		 428 aa  402  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05690  cytosine deaminase  46.84 
 
 		 423 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3694  cytosine deaminase  43.16 
 
 		 426 aa  363  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0538  cytosine deaminase  46.84 
 
 		 423 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3597  cytosine deaminase  43.16 
 
 		 426 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3525  cytosine deaminase  43.16 
 
 		 426 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0402  cytosine deaminase  44.89 
 
 		 427 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3632  cytosine deaminase  43.16 
 
 		 426 aa  362  9e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0361  cytosine deaminase  44.89 
 
 		 427 aa  361  1e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3288  cytosine deaminase  44.18 
 
 		 427 aa  362  1e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0368  cytosine deaminase  44.89 
 
 		 427 aa  362  1e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00291  cytosine deaminase  44.66 
 
 		 427 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3269  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.66 
 
 		 427 aa  359  6e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2103  Cytosine deaminase  46.63 
 
 		 425 aa  359  6e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00295  hypothetical protein  44.66 
 
 		 427 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3527  cytosine deaminase  42.92 
 
 		 426 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0410  cytosine deaminase  44.66 
 
 		 427 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0629  cytosine deaminase  42.4 
 
 		 425 aa  357  2.9999999999999997e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00419836  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3714  cytosine deaminase  44.12 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3955  cytosine deaminase  44.12 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0237  cytosine deaminase  44.12 
 
 		 432 aa  354  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3792  cytosine deaminase  43.53 
 
 		 433 aa  352  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4594  cytosine deaminase  44.5 
 
 		 422 aa  347  3e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2187  cytosine deaminase  41.67 
 
 		 431 aa  344  1e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0258  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.57 
 
 		 412 aa  344  2e-93  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000289876  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05319  cytosine deaminase  40.62 
 
 		 425 aa  338  9e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2210  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  43.8 
 
 		 413 aa  335  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.365249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1583  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.29 
 
 		 418 aa  335  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.950648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30170  Cytosine deaminase protein  46.47 
 
 		 412 aa  335  1e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831905  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000567  cytosine deaminase  40.14 
 
 		 425 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717995  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3745  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.67 
 
 		 413 aa  332  9e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0584  Cytosine deaminase  42.57 
 
 		 410 aa  331  2e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1853  cytosine deaminase  38.9 
 
 		 432 aa  331  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0471494  hitchhiker  0.00000346653 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4219  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.17 
 
 		 413 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286277  normal  0.906556 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2803  cytosine deaminase  39.86 
 
 		 431 aa  328  9e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4281  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.17 
 
 		 413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.436998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1639  cytosine deaminase  46.32 
 
 		 418 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233761  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4038  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.33 
 
 		 413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4328  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.33 
 
 		 413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.361665 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3193  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.33 
 
 		 413 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2651  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.48 
 
 		 413 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0777  Cytosine deaminase  43.54 
 
 		 412 aa  323  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.364693  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3189  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  41.98 
 
 		 413 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1120  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0603  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281671  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1831  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.226941  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2335  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0864  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1034  cytosine deaminase  45.21 
 
 		 418 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2527  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.22 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0148672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0800  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.47 
 
 		 417 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155043  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3779  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.39 
 
 		 411 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.199731  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0763  Cytosine deaminase  43.29 
 
 		 417 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.991086  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0011  cytosine deaminase-like protein  38.48 
 
 		 439 aa  295  9e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0750  cytosine deaminase  37.44 
 
 		 420 aa  288  1e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0737  cytosine deaminase  37.44 
 
 		 420 aa  288  1e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.159604  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0909  Amidohydrolase 3  37.66 
 
 		 418 aa  281  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0898622  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1112  Amidohydrolase 3  36.05 
 
 		 419 aa  270  4e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00316686  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0789  Amidohydrolase 3  36.17 
 
 		 409 aa  266  5.999999999999999e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0460  amidohydrolase  34.07 
 
 		 407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000769094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2084  amidohydrolase  31.75 
 
 		 411 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.680329  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2102  aminohydrolase protein  30.99 
 
 		 406 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5700  Cytosine deaminase  30.99 
 
 		 415 aa  169  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3603  amidohydrolase 3  32.04 
 
 		 432 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.893721  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2105  putative N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.9 
 
 		 409 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0235  cytosine deaminase-like protein  28.43 
 
 		 433 aa  159  8e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0654453 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4058  amidohydrolase 3  27.5 
 
 		 413 aa  159  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5704  Cytosine deaminase  32.79 
 
 		 436 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.561691  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1979  cytosine deaminase-like protein  27.98 
 
 		 438 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0895567 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1952  cytosine deaminase-like protein  27.98 
 
 		 438 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0344  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  31.28 
 
 		 413 aa  154  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0274445  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4007  amidohydrolase 3  31.22 
 
 		 432 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>