267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1594 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1594  cytosine deaminase  100 
 
 
423 aa  845    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0318  cytosine deaminase  78.57 
 
 
429 aa  660    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1477  cytosine deaminase  80.75 
 
 
429 aa  674    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.613678  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3993  cytosine deaminase  80.38 
 
 
432 aa  699    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.005353  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2598  cytosine deaminase  81.26 
 
 
430 aa  702    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177516  normal  0.0252433 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1533  cytosine deaminase  81.26 
 
 
430 aa  698    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4568  cytosine deaminase  79.15 
 
 
426 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171713  normal  0.0375176 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3221  cytosine deaminase  77.38 
 
 
425 aa  656    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.497988  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0844  cytosine deaminase  75.53 
 
 
423 aa  651    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2654  cytosine deaminase  71.67 
 
 
426 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4007  cytosine deaminase  72.14 
 
 
424 aa  621  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0483296  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4430  cytosine deaminase  71.43 
 
 
424 aa  617  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.367295  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4995  cytosine deaminase  74.35 
 
 
423 aa  617  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.630781  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1960  cytosine deaminase  70.48 
 
 
425 aa  613  9.999999999999999e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2788  cytosine deaminase  72.99 
 
 
440 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.22354  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3311  cytosine deaminase  68.09 
 
 
429 aa  593  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0933  cytosine deaminase  73.51 
 
 
432 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6355  cytosine deaminase  66.11 
 
 
429 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.616526  normal  0.149808 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6176  cytosine deaminase  65.39 
 
 
429 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0175267  normal  0.144345 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5333  cytosine deaminase  65.63 
 
 
432 aa  567  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0828  cytosine deaminase  69.98 
 
 
427 aa  554  1e-156  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1306  cytosine deaminase  64.92 
 
 
431 aa  547  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1943  cytosine deaminase  65.32 
 
 
422 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.115146  hitchhiker  0.0000891161 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2936  cytosine deaminase  61.19 
 
 
422 aa  526  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0341  cytosine deaminase  63.66 
 
 
425 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0955  cytosine deaminase  63.36 
 
 
425 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366628  normal  0.0736723 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1985  cytosine deaminase  63.66 
 
 
425 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5276  cytosine deaminase  64.82 
 
 
370 aa  481  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0224  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  47.38 
 
 
428 aa  383  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0402  cytosine deaminase  44.52 
 
 
427 aa  363  3e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0368  cytosine deaminase  44.52 
 
 
427 aa  363  4e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3288  cytosine deaminase  44.52 
 
 
427 aa  363  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0361  cytosine deaminase  44.52 
 
 
427 aa  363  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2103  Cytosine deaminase  49.03 
 
 
425 aa  361  1e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3694  cytosine deaminase  45.15 
 
 
426 aa  361  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00291  cytosine deaminase  44.29 
 
 
427 aa  360  2e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3269  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.29 
 
 
427 aa  360  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3597  cytosine deaminase  44.9 
 
 
426 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3525  cytosine deaminase  44.9 
 
 
426 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0410  cytosine deaminase  44.29 
 
 
427 aa  360  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00295  hypothetical protein  44.29 
 
 
427 aa  360  4e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3632  cytosine deaminase  44.9 
 
 
426 aa  359  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3527  cytosine deaminase  44.79 
 
 
426 aa  358  8e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3714  cytosine deaminase  44.69 
 
 
436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3955  cytosine deaminase  44.69 
 
 
436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0237  cytosine deaminase  44.69 
 
 
432 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3792  cytosine deaminase  42.86 
 
 
433 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05690  cytosine deaminase  46.47 
 
 
423 aa  352  5e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0538  cytosine deaminase  46.47 
 
 
423 aa  351  1e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0629  cytosine deaminase  41.04 
 
 
425 aa  343  4e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00419836  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4594  cytosine deaminase  43.74 
 
 
422 aa  342  7e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2187  cytosine deaminase  40.94 
 
 
431 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1853  cytosine deaminase  40.56 
 
 
432 aa  332  9e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0471494  hitchhiker  0.00000346653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2803  cytosine deaminase  41.59 
 
 
431 aa  332  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.189731  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000567  cytosine deaminase  40.66 
 
 
425 aa  328  9e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717995  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05319  cytosine deaminase  40.9 
 
 
425 aa  327  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0258  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  40.93 
 
 
412 aa  325  1e-87  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000289876  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4281  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  46.19 
 
 
413 aa  322  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.436998  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3193  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  45.94 
 
 
413 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3745  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  45.57 
 
 
413 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4219  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  45.48 
 
 
413 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286277  normal  0.906556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4038  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  45.43 
 
 
413 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4328  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  45.43 
 
 
413 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.361665 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0584  Cytosine deaminase  40.6 
 
 
410 aa  317  2e-85  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0777  Cytosine deaminase  46.05 
 
 
412 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.364693  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3779  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  42.08 
 
 
411 aa  317  4e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.199731  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0800  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.25 
 
 
417 aa  315  7e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155043  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2210  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  44.23 
 
 
413 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.365249 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1639  cytosine deaminase  46.26 
 
 
418 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233761  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30170  Cytosine deaminase protein  44.59 
 
 
412 aa  312  7.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831905  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1583  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  41.94 
 
 
418 aa  311  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.950648 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0763  Cytosine deaminase  45 
 
 
417 aa  311  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.991086  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2335  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1034  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1120  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3189  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  43.36 
 
 
413 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0603  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281671  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1831  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.226941  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0864  cytosine deaminase  46.3 
 
 
418 aa  310  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2651  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  43.24 
 
 
413 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2527  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  43.21 
 
 
413 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0148672  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0750  cytosine deaminase  36.07 
 
 
420 aa  268  1e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0737  cytosine deaminase  36.07 
 
 
420 aa  268  1e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.159604  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0011  cytosine deaminase-like protein  38.85 
 
 
439 aa  264  2e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0909  Amidohydrolase 3  33.99 
 
 
418 aa  252  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0898622  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1112  Amidohydrolase 3  34.55 
 
 
419 aa  243  3e-63  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00316686  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0789  Amidohydrolase 3  31.44 
 
 
409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0460  amidohydrolase  32.44 
 
 
407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000769094  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3603  amidohydrolase 3  35.31 
 
 
432 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.893721  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2084  amidohydrolase  32.13 
 
 
411 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.680329  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4058  amidohydrolase 3  32.38 
 
 
413 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419842  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1495  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  33.58 
 
 
423 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55402  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2102  aminohydrolase protein  30.91 
 
 
406 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2105  putative N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  29 
 
 
409 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5700  Cytosine deaminase  30.48 
 
 
415 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507976  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3834  amidohydrolase 3  29.6 
 
 
409 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.94343  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5704  Cytosine deaminase  31.94 
 
 
436 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.561691  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4007  amidohydrolase 3  32.16 
 
 
432 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0344  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  31.84 
 
 
413 aa  143  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0274445  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3228  cytosine deaminase  31.02 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00169195  normal  0.066309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>