More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2084 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2084  amidohydrolase  100 
 
 		 411 aa  841    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.680329  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3603  amidohydrolase 3  63.9 
 
 		 432 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.893721  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4058  amidohydrolase 3  56.37 
 
 		 413 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2105  putative N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  54.77 
 
 		 409 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2102  aminohydrolase protein  50.61 
 
 		 406 aa  402  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3834  amidohydrolase 3  51.96 
 
 		 409 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.94343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2162  amidohydrolase 3  52.86 
 
 		 415 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0572515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0789  Amidohydrolase 3  38.07 
 
 		 409 aa  300  4e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2518  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  43.07 
 
 		 399 aa  290  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0236698 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0460  amidohydrolase  32.28 
 
 		 407 aa  199  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000769094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0844  cytosine deaminase  31.46 
 
 		 423 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3632  cytosine deaminase  31.88 
 
 		 426 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4281  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  34.11 
 
 		 413 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.436998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3288  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3597  cytosine deaminase  31.88 
 
 		 426 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3525  cytosine deaminase  31.88 
 
 		 426 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0410  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  189  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00291  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3269  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  32.42 
 
 		 427 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0402  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0361  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  189  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00295  hypothetical protein  32.42 
 
 		 427 aa  188  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0368  cytosine deaminase  32.42 
 
 		 427 aa  188  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1594  cytosine deaminase  32.13 
 
 		 423 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3193  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  34.38 
 
 		 413 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3527  cytosine deaminase  31.62 
 
 		 426 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3694  cytosine deaminase  31.36 
 
 		 426 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0224  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.83 
 
 		 428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3745  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  34.55 
 
 		 413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4219  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  34.11 
 
 		 413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.286277  normal  0.906556 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6176  cytosine deaminase  32.25 
 
 		 429 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0175267  normal  0.144345 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2598  cytosine deaminase  30.99 
 
 		 430 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.177516  normal  0.0252433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4038  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  33.33 
 
 		 413 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4328  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  33.33 
 
 		 413 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.361665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1533  cytosine deaminase  31.23 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4007  amidohydrolase 3  34.43 
 
 		 432 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3792  cytosine deaminase  31.03 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0258  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.83 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000289876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05690  cytosine deaminase  32.84 
 
 		 423 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1477  cytosine deaminase  32.05 
 
 		 429 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.613678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0538  cytosine deaminase  32.54 
 
 		 423 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6355  cytosine deaminase  31.25 
 
 		 429 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.616526  normal  0.149808 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2210  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.57 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.365249 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0763  Cytosine deaminase  31.23 
 
 		 417 aa  177  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.991086  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0777  Cytosine deaminase  30.9 
 
 		 412 aa  176  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.364693  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3779  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.85 
 
 		 411 aa  176  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.199731  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0318  cytosine deaminase  31.41 
 
 		 429 aa  175  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4594  cytosine deaminase  30.26 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5333  cytosine deaminase  31.75 
 
 		 432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3993  cytosine deaminase  31.05 
 
 		 432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.005353  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30170  Cytosine deaminase protein  30.85 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0237  cytosine deaminase  30.75 
 
 		 432 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3714  cytosine deaminase  30.75 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3955  cytosine deaminase  30.75 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4568  cytosine deaminase  30.5 
 
 		 426 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000171713  normal  0.0375176 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4430  cytosine deaminase  30.81 
 
 		 424 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.367295  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1639  cytosine deaminase  32.26 
 
 		 418 aa  170  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1583  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  29.51 
 
 		 418 aa  170  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.950648 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1960  cytosine deaminase  30.32 
 
 		 425 aa  169  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3189  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.11 
 
 		 413 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2103  Cytosine deaminase  31.3 
 
 		 425 aa  168  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2527  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.6 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0148672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2651  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.39 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0955  cytosine deaminase  32.22 
 
 		 425 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.366628  normal  0.0736723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0828  cytosine deaminase  31.85 
 
 		 427 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0341  cytosine deaminase  32.22 
 
 		 425 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2654  cytosine deaminase  29.81 
 
 		 426 aa  166  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.689557  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0800  N-isopropylammelide isopropylaminohydrolase  30.81 
 
 		 417 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.155043  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1831  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.226941  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1034  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0603  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.281671  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2335  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1120  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0864  cytosine deaminase  31.56 
 
 		 418 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0629  cytosine deaminase  28.11 
 
 		 425 aa  164  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00419836  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1985  cytosine deaminase  32.22 
 
 		 425 aa  163  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.457104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3146  cytosine deaminase  30.88 
 
 		 398 aa  163  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1306  cytosine deaminase  30.92 
 
 		 431 aa  163  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3221  cytosine deaminase  29.73 
 
 		 425 aa  163  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.497988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05319  cytosine deaminase  28.68 
 
 		 425 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0750  cytosine deaminase  28.22 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0737  cytosine deaminase  28.22 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.159604  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4995  cytosine deaminase  30.25 
 
 		 423 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.630781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2187  cytosine deaminase  28.65 
 
 		 431 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2936  cytosine deaminase  29.5 
 
 		 422 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0933  cytosine deaminase  30.85 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7204  cytosine deaminase  32.55 
 
 		 400 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.964335 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5700  Cytosine deaminase  32.1 
 
 		 415 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.507976  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0584  Cytosine deaminase  26.46 
 
 		 410 aa  159  1e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.507688  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3311  cytosine deaminase  30.43 
 
 		 429 aa  159  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0011  cytosine deaminase-like protein  29.69 
 
 		 439 aa  159  1e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2348  cytosine deaminase  31.68 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.10962  normal  0.523388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3590  cytosine deaminase  31.94 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.682581  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000567  cytosine deaminase  27.93 
 
 		 425 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717995  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3139  amidohydrolase 3  29.62 
 
 		 398 aa  157  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.121806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4007  cytosine deaminase  28.78 
 
 		 424 aa  157  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0483296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0067  cytosine deaminase  32.35 
 
 		 399 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.811575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2101  hydrolase  31.86 
 
 		 399 aa  156  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0416  cytosine deaminase  30.89 
 
 		 399 aa  155  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4606  cytosine deaminase  32.39 
 
 		 399 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0684595  hitchhiker  0.000388798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>