54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3300 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3300  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 97 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.579881  normal  0.128319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0737  SpoIIAA family protein  48.96 
 
 		 100 aa  91.7  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.293777 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3605  SpoIIAA family protein  52.58 
 
 		 97 aa  90.5  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3339  SpoIIAA family protein  51.55 
 
 		 94 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.435913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0683  SpoIIAA family protein  51.55 
 
 		 94 aa  88.6  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.575591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0682  SpoIIAA family protein  51.55 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0924977 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4229  anti-sigma-factor antagonist  44.33 
 
 		 100 aa  87.4  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519938  hitchhiker  0.000220206 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0726  SpoIIAA family protein  48.45 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0717  SpoIIAA family protein  48.45 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0696  SpoIIAA family protein  48.45 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3658  SpoIIAA family protein  48.45 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3950  SpoIIAA family protein  49.48 
 
 		 94 aa  87  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3077  SpoIIAA family protein  46.88 
 
 		 96 aa  85.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.181155 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0725  SpoIIAA family protein  48.96 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3366  SpoIIAA family protein  44.79 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345505  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0500  SpoIIAA family protein  42.11 
 
 		 98 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000649364  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2219  anti-sigma-factor antagonist  41.18 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3627  STAS domain-containing protein  37.08 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010517  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2116  anti-sigma-factor antagonist  40.24 
 
 		 104 aa  53.9  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0516  putative anti-sigma B factor antagonist  36.59 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1142  putative anti-anti-sigma factor  36.59 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4356  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.36645  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0452  putative anti-anti-sigma factor  36.59 
 
 		 100 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606923  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1498  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.44 
 
 		 113 aa  52  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1966  STAS domain-containing protein  40.48 
 
 		 120 aa  50.8  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.104039  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0285  hypothetical protein  33.75 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1719  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  36.9 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.131448  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3570  putative anti-sigma factor antagonist  32.18 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3499  putative anti-sigma factor antagonist  32.18 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0282325  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3606  putative anti-sigma factor antagonist  32.18 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.318834 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3501  putative anti-sigma factor antagonist  32.18 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.786716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0509  conserved hypothetical protein containing  32.63 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.829283  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0382  anti-sigma-factor antagonist  39.29 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.9374  normal  0.215412 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03207  hypothetical protein  46.67 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3668  hypothetical protein  32.18 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.309815  normal  0.0348045 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3804  anti-sigma-factor antagonist  31.87 
 
 		 97 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1895  NTP binding protein  30.12 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3398  anti-sigma-factor antagonist  29.03 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.09799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1702  anti-anti-sigma regulatory factor  37.74 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.39095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0764  anti-sigma-factor antagonist  30.3 
 
 		 117 aa  45.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0292  hypothetical protein  33.33 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.217778  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1392  anti-sigma-factor antagonist  31.52 
 
 		 114 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0962748  normal  0.699009 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2783  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  39.47 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.309096  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1820  hypothetical protein  35.44 
 
 		 101 aa  42.7  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1630  anti-sigma-factor antagonist  36.14 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.831198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2945  anti-sigma-factor antagonist  34.92 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1494  protein of unknown function DUF140  33.93 
 
 		 375 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000338364  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2745  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  28.41 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0283  anti-sigma-factor antagonist  26.74 
 
 		 109 aa  41.6  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3646  putative anti-sigma B factor antagonist  34.07 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1752  hypothetical protein  32.05 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  28.57 
 
 		 116 aa  40.4  0.007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0557  anti-sigma-factor antagonist  28.24 
 
 		 110 aa  40.4  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.102559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  26.8 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>