66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0516 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0516  putative anti-sigma B factor antagonist  100 
 
 		 100 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0452  putative anti-anti-sigma factor  100 
 
 		 100 aa  194  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606923  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1142  putative anti-anti-sigma factor  100 
 
 		 100 aa  194  3e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4356  anti-sigma-factor antagonist  70.83 
 
 		 99 aa  131  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.36645  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0292  hypothetical protein  60.42 
 
 		 96 aa  115  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.217778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0285  hypothetical protein  59.38 
 
 		 98 aa  114  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3804  anti-sigma-factor antagonist  56.7 
 
 		 97 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3646  putative anti-sigma B factor antagonist  56 
 
 		 100 aa  94.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3668  hypothetical protein  39.58 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.309815  normal  0.0348045 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3570  putative anti-sigma factor antagonist  39.58 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3499  putative anti-sigma factor antagonist  39.58 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0282325  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3501  putative anti-sigma factor antagonist  39.58 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.786716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3606  putative anti-sigma factor antagonist  39.58 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.318834 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3627  STAS domain-containing protein  39.58 
 
 		 97 aa  75.9  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010517  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0509  hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.784342  normal  0.1655 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0516  conserved hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000230981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3487  YrbB  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3678  YrbB  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.002943  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3385  YrbB  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000270552  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4513  YrbB  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0162677  normal  0.464213 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03007  hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0176989  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03056  hypothetical protein  41.67 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0226323  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3579  YrbB  41.67 
 
 		 97 aa  68.2  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0908336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0741  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.360967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3300  anti-sigma-factor antagonist  36.59 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.579881  normal  0.128319 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3077  SpoIIAA family protein  35.71 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.181155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3339  SpoIIAA family protein  35.71 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.435913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0682  SpoIIAA family protein  35.71 
 
 		 94 aa  50.4  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0924977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0683  SpoIIAA family protein  34.52 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.575591 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0382  anti-sigma-factor antagonist  34.44 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.9374  normal  0.215412 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03182  STAS domain protein  31.87 
 
 		 102 aa  47.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002413  putative anti-sigma B factor antagonist  28.89 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3950  SpoIIAA family protein  34.52 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03654  hypothetical protein  26.67 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3605  SpoIIAA family protein  28.92 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0509  conserved hypothetical protein containing  28.92 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.829283  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0983  hypothetical protein  30.59 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0500  SpoIIAA family protein  30.68 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000649364  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1169  hypothetical protein  34.83 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.731709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2098  putative anti-sigma B factor antagonist  32.91 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3366  SpoIIAA family protein  32.93 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0725  SpoIIAA family protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.0009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0162  hypothetical protein  38.98 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0717  SpoIIAA family protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178751 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0341  hypothetical protein  38.98 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.516535  normal  0.750454 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3658  SpoIIAA family protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0726  SpoIIAA family protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0696  SpoIIAA family protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4229  anti-sigma-factor antagonist  32.47 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519938  hitchhiker  0.000220206 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2940  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  34.33 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764051  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0901  anti-sigma-factor antagonist  23.47 
 
 		 112 aa  42  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0911  anti-sigma B factor antagonist (RsbV)  23.66 
 
 		 111 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000190943  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4483  anti-anti-sigma regulatory factor  31.46 
 
 		 109 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000247107  normal  0.911013 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0926  anti sigma b factor antagonist RsbV  23.66 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1084  anti sigma b factor antagonist RsbV  23.66 
 
 		 111 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1157  anti sigma b factor antagonist RsbV  23.66 
 
 		 112 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0990  anti sigma b factor antagonist RsbV  23.66 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4020  hypothetical protein  37.5 
 
 		 103 aa  41.6  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.164835  normal  0.180703 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3096  putative signal peptide protein  36.78 
 
 		 93 aa  41.6  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.391422  normal  0.253886 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0894  anti-sigma B factor antagonist  23.66 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1066  anti sigma b factor antagonist RsbV  23.33 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8531e-37 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1159  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  37.7 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.306172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0876  hypothetical protein  28.4 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3254  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  33.96 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.200949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2198  anti-sigma-factor antagonist  30.95 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0907  hypothetical protein  33.96 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>