37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3487 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0516  conserved hypothetical protein  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000230981  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03007  hypothetical protein  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0176989  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4513  YrbB  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0162677  normal  0.464213 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3487  YrbB  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0509  hypothetical protein  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.784342  normal  0.1655 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3678  YrbB  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.002943  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3385  YrbB  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000270552  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03056  hypothetical protein  100 
 
 		 97 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0226323  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3579  YrbB  98.97 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0908336  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3499  putative anti-sigma factor antagonist  69.07 
 
 		 98 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0282325  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3501  putative anti-sigma factor antagonist  69.07 
 
 		 98 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.786716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3606  putative anti-sigma factor antagonist  69.07 
 
 		 98 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.318834 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3570  putative anti-sigma factor antagonist  69.07 
 
 		 98 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3668  hypothetical protein  69.07 
 
 		 98 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.309815  normal  0.0348045 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3627  STAS domain-containing protein  62.89 
 
 		 97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010517  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1142  putative anti-anti-sigma factor  41.67 
 
 		 100 aa  84.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0452  putative anti-anti-sigma factor  41.67 
 
 		 100 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0606923  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0516  putative anti-sigma B factor antagonist  41.67 
 
 		 100 aa  84.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0285  hypothetical protein  42.71 
 
 		 98 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4356  anti-sigma-factor antagonist  44.09 
 
 		 99 aa  82.8  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.36645  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3804  anti-sigma-factor antagonist  38.54 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0292  hypothetical protein  40.62 
 
 		 96 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.217778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3646  putative anti-sigma B factor antagonist  43.75 
 
 		 100 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0509  conserved hypothetical protein containing  36.36 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.829283  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03654  hypothetical protein  32.99 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002413  putative anti-sigma B factor antagonist  33.33 
 
 		 106 aa  50.8  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3077  SpoIIAA family protein  34.94 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.181155 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3300  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.579881  normal  0.128319 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2098  putative anti-sigma B factor antagonist  32.14 
 
 		 109 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0741  anti-sigma-factor antagonist  31.18 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.360967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4229  anti-sigma-factor antagonist  28.24 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519938  hitchhiker  0.000220206 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03182  STAS domain protein  37.21 
 
 		 102 aa  47.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0737  SpoIIAA family protein  32.94 
 
 		 100 aa  47  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.293777 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3366  SpoIIAA family protein  34.02 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345505  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0500  SpoIIAA family protein  35.94 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000649364  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1169  hypothetical protein  30.95 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.731709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2451  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>