208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2054 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2054  Smr protein/MutS2  100 
 
 		 196 aa  400  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1923  Smr protein/MutS2  42.71 
 
 		 196 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000517938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2052  Smr protein/MutS2  43.23 
 
 		 196 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418346  normal  0.517442 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2247  Smr protein/MutS2  43.75 
 
 		 213 aa  151  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2124  Smr protein/MutS2  43.75 
 
 		 196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.114209  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4533  hypothetical protein  43.75 
 
 		 196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1861  Smr protein/MutS2  44.27 
 
 		 196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2056  Smr protein/MutS2  43.52 
 
 		 196 aa  150  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000826429  normal  0.140995 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2169  Smr protein/MutS2  43.23 
 
 		 196 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.240266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2157  Smr protein/MutS2  42.19 
 
 		 196 aa  149  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00299005  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2260  Smr protein/MutS2  43.23 
 
 		 196 aa  148  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2495  Smr domain-containing protein  43.75 
 
 		 196 aa  143  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2341  Smr protein/MutS2  38.58 
 
 		 196 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.470038  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1886  Smr protein/MutS2  40.31 
 
 		 200 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.507234  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4246  Smr protein/MutS2  38.07 
 
 		 193 aa  122  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.214876  hitchhiker  0.0000000000382903 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01397  Smr domain (Small MutS Related) containing protein  35.86 
 
 		 195 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.597905  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1818  Smr domain-containing protein  37.5 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0904  Smr protein/MutS2  36.08 
 
 		 213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0867  Smr domain-containing protein  35.11 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.283127  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1820  Smr protein/MutS2  35.6 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.391136  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1843  Smr protein/MutS2  38.54 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1493  smr domain protein  38.54 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1783  Smr protein/MutS2  38.54 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.399196  normal  0.131762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1675  Smr protein/MutS2  38.54 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.377417  normal  0.101642 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1781  Smr protein/MutS2  38.54 
 
 		 187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.188512 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1857  Smr protein/MutS2  36.98 
 
 		 187 aa  107  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.478973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3112  Smr protein/MutS2  37.44 
 
 		 194 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004195  hypothetical protein  33.33 
 
 		 193 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000447075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01259  hypothetical protein  32.83 
 
 		 193 aa  106  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2096  Smr protein/MutS2  35.6 
 
 		 188 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1554  Smr domain-containing protein  35.05 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1988  Smr domain protein  35.05 
 
 		 187 aa  102  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.611909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01317  hypothetical protein  35.05 
 
 		 187 aa  101  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2304  Smr protein/MutS2  35.05 
 
 		 187 aa  101  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.309409  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2285  Smr protein/MutS2  35.05 
 
 		 187 aa  101  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01327  hypothetical protein  35.05 
 
 		 187 aa  101  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.779445  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1815  hypothetical protein  32.5 
 
 		 192 aa  101  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1782  Smr domain-containing protein  35.05 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1585  Smr domain protein  35.05 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1457  Smr domain-containing protein  34.54 
 
 		 187 aa  99  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3707  Smr protein/MutS2  32.12 
 
 		 190 aa  93.6  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1070  transcription factor jumonji, jmjC  34.86 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.269335 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00166  Smr domain protein  30.29 
 
 		 181 aa  85.1  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.100587  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2224  hypothetical protein  31.22 
 
 		 189 aa  83.2  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1906  Smr protein/MutS2-like  30.68 
 
 		 182 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.318936  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1431  Smr protein/MutS2  29.89 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4034  Smr protein/MutS2  33.53 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0572  Smr protein/MutS2  29.89 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0620  hypothetical protein  30.23 
 
 		 179 aa  82.8  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2253  hypothetical protein  30.05 
 
 		 189 aa  82.4  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1457  Smr protein/MutS2  32 
 
 		 179 aa  79.7  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.93693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0024  Smr protein/MutS2-like  33.91 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.415846  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2124  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0481849  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3080  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0788  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.156735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2620  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0482206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2992  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.403877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3046  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.641252  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1992  Smr domain-containing protein  36.05 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1559  Smr domain-containing protein  35.43 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16681  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1649  Smr protein/MutS2  29.84 
 
 		 242 aa  78.2  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369451 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0633  Smr protein/MutS2  39.06 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0845  Smr protein/MutS2  32.39 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2696  hypothetical protein  36.26 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3253  Smr protein/MutS2  37.21 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.669843  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1258  Smr protein/MutS2-like  29.55 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.798752  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3452  Smr protein/MutS2  32.2 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329069  normal  0.857372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3443  hypothetical protein  38.4 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.840261 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2425  Smr protein/MutS2  32.95 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2602  Smr protein/MutS2 C-terminal  31.49 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0683  Smr protein/MutS2  33.73 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00169527  normal  0.676514 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4076  Smr protein/MutS2-like  31.79 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1036  Smr protein/MutS2  37.6 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.407236 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3777  Smr protein/MutS2  31.18 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.854821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0934  Smr protein/MutS2  31.21 
 
 		 259 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0494  Smr protein/MutS2  31.21 
 
 		 259 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0973  Smr protein/MutS2  31.21 
 
 		 259 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1847  Smr protein/MutS2 C-terminal  30.73 
 
 		 185 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.851791  normal  0.570696 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1903  Smr protein/MutS2  32.73 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344455 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0833  Smr protein/MutS2  31.74 
 
 		 259 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1289  Smr protein/MutS2  32.48 
 
 		 186 aa  71.2  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.553712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0947  Smr protein/MutS2  33.77 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2779  Smr protein/MutS2  31.07 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42840  hypothetical protein  27.78 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3340  Smr protein/MutS2  34.4 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0178748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3597  hypothetical protein  29.83 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.491308  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1893  Smr protein/MutS2  35.38 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2558  Smr protein/MutS2  30.95 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2154  Smr protein/MutS2  30.95 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.133622  normal  0.857394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2037  Smr domain protein  30.17 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2220  hypothetical protein  33.03 
 
 		 257 aa  68.2  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1824  Smr domain-containing protein  28.95 
 
 		 186 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2343  hypothetical protein  30.54 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.160848 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2249  hypothetical protein  33.03 
 
 		 257 aa  67.4  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1292  Smr protein/MutS2 C-terminal  30.32 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.256539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1716  Smr protein/MutS2-like  27.53 
 
 		 185 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0696  Smr protein/MutS2  31.18 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.648126 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0971  hypothetical protein  27.27 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0507047  hitchhiker  0.00239069 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1016  Smr protein/MutS2  27.93 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1000  hypothetical protein  29.12 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.143788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>