171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1944 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1944  ferredoxin  100 
 
 		 126 aa  260  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.241389  normal  0.0118299 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2062  ferredoxin  69.91 
 
 		 136 aa  167  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.371031  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2308  ferredoxin  72.28 
 
 		 116 aa  157  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.162228  hitchhiker  0.0000241513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2301  ferredoxin  75.82 
 
 		 125 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12598  normal  0.0821826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1726  iron-sulfur cluster-binding protein  71.58 
 
 		 117 aa  147  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.347237  hitchhiker  0.00725733 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2135  ferredoxin  65.31 
 
 		 133 aa  143  7.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2417  iron-sulfur cluster-binding protein  71.58 
 
 		 144 aa  143  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1914  ferredoxin  71.58 
 
 		 136 aa  140  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.318435  hitchhiker  0.0000000631262 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2064  ferredoxin  71.58 
 
 		 136 aa  140  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103253  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1967  ferredoxin  71.58 
 
 		 136 aa  140  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00081482 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2409  ferredoxin  65.31 
 
 		 163 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000581579  unclonable  0.00000976669 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2053  ferredoxin  65.31 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.262921  unclonable  0.00000000000106292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2057  ferredoxin  63.46 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0122735  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2292  ferredoxin  65.31 
 
 		 140 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000199036  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2075  ferredoxin  61 
 
 		 151 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000572229  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1954  ferredoxin  58.95 
 
 		 137 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0153263  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1035  2Fe-2S ferredoxin YfaE  45.83 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3023  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 86 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2415  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2464  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.119261 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2506  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.110809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2623  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.123357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2519  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.460389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3215  2Fe-2S ferredoxin YfaE  43.48 
 
 		 86 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1101  2Fe-2S ferredoxin YfaE  42.03 
 
 		 86 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3370  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1415  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.100794 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2387  2Fe-2S ferredoxin YfaE  44.44 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02162  predicted 2Fe-2S cluster-containing protein  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1423  ferredoxin  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2616  2Fe-2S ferredoxin YfaE  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02121  hypothetical protein  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2376  2Fe-2S ferredoxin YfaE  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2533  2Fe-2S ferredoxin YfaE  43.06 
 
 		 84 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02127  iron-sulfur cluster-binding protein  49.18 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444023  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2803  2Fe-2S ferredoxin YfaE  41.25 
 
 		 84 aa  67.8  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.697891  normal  0.610782 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2771  2Fe-2S ferredoxin YfaE  39.68 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1315  2Fe-2S ferredoxin YfaE  39.68 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2850  2Fe-2S ferredoxin YfaE  39.68 
 
 		 85 aa  65.5  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.880314  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2326  iron-sulfur cluster-binding protein  42.67 
 
 		 106 aa  64.3  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0998711  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0384  iron-sulfur cluster binding protein  44.12 
 
 		 88 aa  62.8  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3273  2Fe-2S ferredoxin YfaE  41.18 
 
 		 86 aa  62  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1225  ferredoxin  40.32 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0962  ferredoxin, 2Fe-2S type  37.31 
 
 		 85 aa  58.2  0.00000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000314737  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4191  ferredoxin  36.23 
 
 		 74 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.661673  normal  0.663207 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1772  putative ferredoxin  38.96 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0325703  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1389  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  50 
 
 		 322 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1034  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  46.58 
 
 		 323 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0936  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  46.58 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0971  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  46.58 
 
 		 323 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1003  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  46.58 
 
 		 323 aa  54.7  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1053  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  46.58 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3068  MOSC domain containing protein  40.3 
 
 		 588 aa  54.3  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00877  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2770  ferredoxin  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0901  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.843947 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00883  hypothetical protein  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2063  MOSC domain containing protein  37.35 
 
 		 367 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2459  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2475  ferredoxin  39.06 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1033  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2724  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2998  ferredoxin  32.05 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0976  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0945  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  43.84 
 
 		 322 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.968361  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1790  MOSC domain containing protein  37.35 
 
 		 367 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1269  ferrodoxin  40.3 
 
 		 86 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000193504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1116  ferredoxin  40.3 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0116361  normal  0.0940812 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1972  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  42.65 
 
 		 341 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0117  2Fe-2S-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 74 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.781122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003107  ferredoxin  31.03 
 
 		 93 aa  50.1  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000688265  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4844  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  35.44 
 
 		 356 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0431343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1679  MOSC domain containing protein  40.58 
 
 		 367 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.65399  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2553  MOSC/iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 370 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1986  MOSC/iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 370 aa  50.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2642  MOSC domain-containing protein  36.25 
 
 		 369 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.577496  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1579  ferredoxin  35.21 
 
 		 85 aa  48.9  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0150219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5288  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  35.44 
 
 		 363 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.632487  normal  0.142716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1127  oxidoreductase FAD-binding region  35.38 
 
 		 711 aa  48.5  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2807  MOSC domain containing protein  39.68 
 
 		 549 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05229  ferredoxin/oxidoreductase  31.48 
 
 		 605 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3326  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  34.07 
 
 		 687 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02735  hypothetical protein  33.33 
 
 		 92 aa  48.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1459  MOSC domain-containing protein  36.47 
 
 		 371 aa  47.8  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0439261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1706  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  40.91 
 
 		 347 aa  47.4  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0687  ferredoxin  33.33 
 
 		 794 aa  47.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2372  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  39.39 
 
 		 335 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6656  MOSC domain containing protein  36.92 
 
 		 586 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.184916  normal  0.101753 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0926  putative oxidoreductase  29.87 
 
 		 691 aa  47  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217257  normal  0.217739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2469  ferredoxin  46.27 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  0.348757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1915  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.86 
 
 		 353 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850882 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5567  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  35.48 
 
 		 690 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.749864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4685  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.65 
 
 		 687 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4230  FHA domain containing protein  40.3 
 
 		 606 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0115  MOSC domain-containing protein  34.88 
 
 		 366 aa  46.2  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2234  ferredoxin  40.28 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0280079  hitchhiker  0.000426891 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  36.51 
 
 		 689 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587017  normal  0.619403 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4292  FHA domain containing protein  40.3 
 
 		 606 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.168951  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2618  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  39.39 
 
 		 340 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1590  HCP oxidoreductase, NADH-dependent  39.39 
 
 		 352 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>