107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2770 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2770  MucB/RseB  100 
 
 
310 aa  631  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000925943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2933  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  69.68 
 
 
315 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0247512  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2852  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  71.29 
 
 
310 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0395935  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1344  sigma-E factor regulatory protein RseB  70.97 
 
 
310 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2934  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.97 
 
 
310 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0210379  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3030  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  71.61 
 
 
310 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0170081  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1155  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.97 
 
 
310 aa  455  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00412156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.65 
 
 
310 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00476575  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1274  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.65 
 
 
310 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.324212  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3116  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.65 
 
 
310 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.124996  normal  0.0325247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1197  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  70.32 
 
 
310 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000235291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1050  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  68.71 
 
 
310 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00829985  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1239  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  65.66 
 
 
310 aa  431  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000893286  hitchhiker  0.0000208433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0876  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  64.52 
 
 
312 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.943319  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1033  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  66.77 
 
 
310 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0190617  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1144  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  64.84 
 
 
310 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000271623  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4127  sigma-E factor regulatory protein RseB  35.37 
 
 
337 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0067  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.19 
 
 
335 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000751067  normal  0.787106 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2529  periplasmic negative regulator of sigmaE  30.84 
 
 
325 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2043  periplasmic negative regulator of sigmaE  30.45 
 
 
316 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03002  putative anti sigma E (sigma 24) factor, negative regulator  32.21 
 
 
328 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000479672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3153  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.67 
 
 
333 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000122027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03540  periplasmic negative regulator of sigmaE  30.16 
 
 
321 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002493  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseB precursor  29.28 
 
 
321 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000011568  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1131  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.05 
 
 
318 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0410251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3606  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.05 
 
 
318 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00546678  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1184  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.05 
 
 
318 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0279253  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2848  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.17 
 
 
318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.151162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2852  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.17 
 
 
318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.552517 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2964  periplasmic negative regulator of sigmaE  29.17 
 
 
318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3674  periplasmic negative regulator of sigmaE  27.39 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.627713  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2830  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.8 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2748  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.8 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02465  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1097  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0259627  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02429  hypothetical protein  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2726  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.488326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2857  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00692744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1106  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.375849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2724  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131141  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3808  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.89 
 
 
318 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0624208  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3058  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.96 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25991  hitchhiker  0.000213616 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2936  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.57 
 
 
318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347815  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2789  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.9 
 
 
318 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0807908  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3075  periplasmic negative regulator of sigmaE  28 
 
 
320 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000706752  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1200  periplasmic negative regulator of sigmaE  28.86 
 
 
320 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000042715  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1064  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.28 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.107106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1469  sigma-E factor regulatory protein, putative  25.57 
 
 
332 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1607  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.97 
 
 
312 aa  119  6e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000259614  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1341  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.44 
 
 
339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.12457  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2464  MucB/RseB  26.28 
 
 
350 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0858  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.07 
 
 
316 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0139704  normal  0.0156126 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1002  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.07 
 
 
316 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000271595  normal  0.0568349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1954  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.32 
 
 
327 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.252367  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1085  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.76 
 
 
324 aa  96.3  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.254935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2093  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.21 
 
 
318 aa  95.9  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13710  sigma factor algU negative regulatory protein MucB  26.75 
 
 
317 aa  94  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54410  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  26.49 
 
 
316 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0105705  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4378  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.9 
 
 
321 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4755  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  27.06 
 
 
316 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1364  sigma-E regulatory protein, MucB/RseB  25.62 
 
 
320 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00590877  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1469  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.87 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162508  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1069  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.88 
 
 
321 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1748  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.92 
 
 
328 aa  87  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1738  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  23.7 
 
 
334 aa  87  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0038  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25 
 
 
329 aa  85.5  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.622863  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1429  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.52 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.046394  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4292  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.96 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1100  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  23.38 
 
 
321 aa  82.4  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1087  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.21 
 
 
350 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1005  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.21 
 
 
350 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3956  MucB/RseB  29.52 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.24974  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1009  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.21 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.597647  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.88 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2175  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.81 
 
 
350 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0649  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.88 
 
 
350 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1129  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.88 
 
 
350 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2319  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.52 
 
 
322 aa  76.3  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0538  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
350 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.237907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2471  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2810  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1794  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
347 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.466338  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2899  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
350 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2784  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  21.07 
 
 
347 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2846  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  21.07 
 
 
347 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1725  sigma factor algU regulatory protein MucB  21.07 
 
 
351 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0836  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.98 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4222  sigma factor algU regulatory protein MucB  24.83 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3066  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  23.15 
 
 
347 aa  72.8  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2423  sigma E regulatory protein MucB/RseB  24.29 
 
 
359 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2261  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.33 
 
 
352 aa  70.1  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2904  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.14 
 
 
347 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.691931  normal  0.381223 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1080  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  22.67 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3641  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.85 
 
 
352 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.216691  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0987  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.75 
 
 
369 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0805418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1057  putative sigma-E factor regulatory (negative regulator) transcription regulator protein  21.75 
 
 
369 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2249  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.59 
 
 
361 aa  65.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014172  normal  0.025452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0922  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  21.52 
 
 
365 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.112213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3244  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  22.9 
 
 
357 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1397  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  20.33 
 
 
356 aa  61.6  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>