106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1954 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1954  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  100 
 
 
327 aa  660    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.252367  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1085  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  31.38 
 
 
324 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.254935  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0038  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  40 
 
 
329 aa  168  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.622863  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2464  MucB/RseB  29.11 
 
 
350 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2261  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  35.81 
 
 
352 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1748  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.28 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4378  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.82 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291181 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2319  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.79 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1429  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.12 
 
 
321 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.046394  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4292  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.12 
 
 
321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1069  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.42 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1364  sigma-E regulatory protein, MucB/RseB  29.55 
 
 
320 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00590877  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0858  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.99 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0139704  normal  0.0156126 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1002  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.99 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000271595  normal  0.0568349 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3066  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29 
 
 
347 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1738  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.9 
 
 
334 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54410  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  32.18 
 
 
316 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0105705  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2093  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.12 
 
 
318 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2175  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.78 
 
 
350 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260285 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1005  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.48 
 
 
350 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0538  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.09 
 
 
350 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.237907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2471  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.09 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2810  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.09 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1794  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.09 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.466338  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1087  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.17 
 
 
350 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2899  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.66 
 
 
350 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1725  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.41 
 
 
351 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0649  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.79 
 
 
350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1129  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.79 
 
 
350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2784  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  29.09 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2846  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  29.09 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1009  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.48 
 
 
350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.597647  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.79 
 
 
350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3956  MucB/RseB  30.46 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.24974  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2904  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.36 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.691931  normal  0.381223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4755  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  31.76 
 
 
316 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1341  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  31.01 
 
 
339 aa  116  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.12457  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13710  sigma factor algU negative regulatory protein MucB  29.01 
 
 
317 aa  116  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1080  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.12 
 
 
347 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0836  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.33 
 
 
346 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3641  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.05 
 
 
352 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.216691  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1469  sigma-E factor regulatory protein, putative  28.33 
 
 
332 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1469  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.93 
 
 
315 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162508  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4222  sigma factor algU regulatory protein MucB  31.33 
 
 
318 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1057  putative sigma-E factor regulatory (negative regulator) transcription regulator protein  27.76 
 
 
369 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0987  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.09 
 
 
369 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0805418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3244  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.91 
 
 
357 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0922  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.38 
 
 
365 aa  102  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.112213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2625  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.27 
 
 
341 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3272  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.66 
 
 
341 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.215097  normal  0.161649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1100  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.44 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2257  putative sigma-e factor  28.98 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0644  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.56 
 
 
340 aa  97.1  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1050  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.15 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00829985  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2933  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.13 
 
 
315 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0247512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2770  MucB/RseB  26.38 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000925943  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2423  sigma E regulatory protein MucB/RseB  28 
 
 
359 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03540  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.85 
 
 
321 aa  92.4  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0876  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.5 
 
 
312 aa  90.9  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.943319  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1239  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.27 
 
 
310 aa  89.7  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000893286  hitchhiker  0.0000208433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1197  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.24 
 
 
310 aa  89.7  7e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000235291  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1344  sigma-E factor regulatory protein RseB  28.03 
 
 
310 aa  89  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2934  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.01 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0210379  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1155  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.88 
 
 
310 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00412156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.24 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00476575  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1274  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.24 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.324212  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0603  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.58 
 
 
387 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000201809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3116  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.24 
 
 
310 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.124996  normal  0.0325247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3030  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.12 
 
 
310 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0170081  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1144  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.8 
 
 
310 aa  87.8  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000271623  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4127  sigma-E factor regulatory protein RseB  24.44 
 
 
337 aa  87.4  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2852  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.69 
 
 
310 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0395935  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1033  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.55 
 
 
310 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0190617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2964  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.76 
 
 
318 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1191  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.21 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1397  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.89 
 
 
356 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002493  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseB precursor  24.3 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000011568  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2848  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.76 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.151162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2852  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.76 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.552517 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2529  periplasmic negative regulator of sigmaE  22.26 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2043  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.3 
 
 
316 aa  82  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1131  periplasmic negative regulator of sigmaE  25 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0410251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3606  periplasmic negative regulator of sigmaE  25 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00546678  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1184  periplasmic negative regulator of sigmaE  25 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0279253  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1064  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.01 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.107106  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2830  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.15 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2748  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.15 
 
 
318 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1607  periplasmic negative regulator of sigmaE  23.4 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000259614  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3674  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.33 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.627713  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2789  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  23.23 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0807908  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03002  putative anti sigma E (sigma 24) factor, negative regulator  26.09 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000479672  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3058  periplasmic negative regulator of sigmaE  22.56 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25991  hitchhiker  0.000213616 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2936  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.77 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347815  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02465  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1097  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0259627  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2726  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.488326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2857  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00692744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1106  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.375849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2724  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131141  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3808  periplasmic negative regulator of sigmaE  24.47 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0624208  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>