109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2093 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2093  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  100 
 
 
318 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1748  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  39.46 
 
 
328 aa  209  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2319  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  38.14 
 
 
322 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0858  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.88 
 
 
316 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0139704  normal  0.0156126 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1002  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.88 
 
 
316 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000271595  normal  0.0568349 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2904  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.43 
 
 
347 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.691931  normal  0.381223 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1087  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.77 
 
 
350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2175  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32.49 
 
 
350 aa  165  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260285 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.44 
 
 
350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0649  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.44 
 
 
350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1129  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.44 
 
 
350 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1005  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  34.09 
 
 
350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0538  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.44 
 
 
350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.237907  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1725  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.23 
 
 
351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2471  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.44 
 
 
347 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2810  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.44 
 
 
347 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1794  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.44 
 
 
347 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.466338  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1009  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  34.09 
 
 
350 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.597647  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2846  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  33.44 
 
 
347 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0987  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32.31 
 
 
369 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0805418 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1080  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.55 
 
 
347 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2784  sigma factor negative regulatory protein MucB/ResB family  33.12 
 
 
347 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2899  sigma factor algU regulatory protein MucB  33.12 
 
 
350 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0836  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32.83 
 
 
346 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0922  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32 
 
 
365 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.112213 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2464  MucB/RseB  31.19 
 
 
350 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1057  putative sigma-E factor regulatory (negative regulator) transcription regulator protein  31.68 
 
 
369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2423  sigma E regulatory protein MucB/RseB  32.88 
 
 
359 aa  153  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2257  putative sigma-e factor  31.99 
 
 
359 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1341  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  33.79 
 
 
339 aa  142  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.12457  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3641  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.62 
 
 
352 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.216691  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3066  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.86 
 
 
347 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0644  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  31.49 
 
 
340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0688474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1069  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32.56 
 
 
321 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4292  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  32.24 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.700398  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1429  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  31.91 
 
 
321 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.046394  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4378  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  31.58 
 
 
321 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291181 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1738  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.87 
 
 
334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181201  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1397  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.93 
 
 
356 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4755  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  31.82 
 
 
316 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1954  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  27.12 
 
 
327 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.252367  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54410  negative regulator for alginate biosynthesis MucB  32.41 
 
 
316 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0105705  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1085  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.07 
 
 
324 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.254935  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1469  sigma-E factor regulatory protein, putative  27.81 
 
 
332 aa  119  6e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1364  sigma-E regulatory protein, MucB/RseB  29.32 
 
 
320 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00590877  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1469  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30 
 
 
315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162508  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0038  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.05 
 
 
329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.622863  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3956  MucB/RseB  30.21 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.24974  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3244  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  30.1 
 
 
357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3272  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.75 
 
 
341 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.215097  normal  0.161649 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0603  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.75 
 
 
387 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000201809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1191  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.14 
 
 
352 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.0286964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2625  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  28.75 
 
 
341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2261  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.35 
 
 
352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13710  sigma factor algU negative regulatory protein MucB  29 
 
 
317 aa  108  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3030  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.52 
 
 
310 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0170081  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1344  sigma-E factor regulatory protein RseB  25.61 
 
 
310 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2852  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.17 
 
 
310 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0395935  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2934  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.17 
 
 
310 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0210379  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1241  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.52 
 
 
310 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00476575  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1274  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.52 
 
 
310 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.324212  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3116  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.52 
 
 
310 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.124996  normal  0.0325247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3674  periplasmic negative regulator of sigmaE  27.88 
 
 
319 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.627713  normal  0.619241 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1155  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.78 
 
 
310 aa  100  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00412156  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4222  sigma factor algU regulatory protein MucB  29.69 
 
 
318 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1197  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.44 
 
 
310 aa  99  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000235291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0876  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.34 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.943319  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2770  MucB/RseB  27.21 
 
 
310 aa  95.9  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000925943  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1131  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0410251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1144  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.85 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000271623  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3606  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00546678  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1184  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0279253  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2789  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.9 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0807908  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02465  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1097  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0259627  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02429  hypothetical protein  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2726  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.488326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2857  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00692744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1106  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.375849  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2724  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.131141  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3808  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0624208  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1239  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.6 
 
 
310 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000893286  hitchhiker  0.0000208433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2936  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.19 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347815  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4127  sigma-E factor regulatory protein RseB  25.52 
 
 
337 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2529  periplasmic negative regulator of sigmaE  23.99 
 
 
325 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03002  putative anti sigma E (sigma 24) factor, negative regulator  26.67 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000479672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2964  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.39 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3058  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.6 
 
 
310 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25991  hitchhiker  0.000213616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2848  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.04 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.151162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2852  periplasmic negative regulator of sigmaE  26.04 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.552517 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2830  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.09 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2748  periplasmic negative regulator of sigmaE  25.09 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0067  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  23.05 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000751067  normal  0.787106 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1064  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  25.44 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.107106  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2933  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.49 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0247512  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1050  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  26.01 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00829985  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1033  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.67 
 
 
310 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0190617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2249  putative sigma E regulatory protein, MucB/RseB  29.01 
 
 
361 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014172  normal  0.025452 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03540  periplasmic negative regulator of sigmaE  23.78 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1100  sigma E regulatory protein, MucB/RseB  24.83 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.110256 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>