222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0894 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0894  transcriptional regulator PadR-like protein  100 
 
 		 135 aa  282  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1244  transcriptional regulator, PadR-like family  45.61 
 
 		 121 aa  95.1  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116978 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  32.46 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  30.77 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  35.35 
 
 		 111 aa  66.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  35.11 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 120 aa  64.3  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  32.04 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  34.02 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  34.02 
 
 		 110 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  29.36 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 110 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  32.99 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 113 aa  62  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  36.46 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  32.41 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 115 aa  61.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.02647e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  31.96 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0522  PadR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 84 aa  60.8  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 188 aa  60.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 119 aa  60.1  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2817  hypothetical protein  37 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2473  hypothetical protein  37 
 
 		 114 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.140746  normal  0.551576 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 110 aa  58.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2537  PadR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 115 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.33456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2613  PadR-like family transcriptional regulator  36 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000539702  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  34.19 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2859  hypothetical protein  30.25 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000516824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2621  hypothetical protein  36 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.065619  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2570  PadR family transcriptional regulator  36 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223824  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2812  hypothetical protein  36 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0612725  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2819  hypothetical protein  36 
 
 		 114 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000193161 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  32.76 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 110 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0435  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 110 aa  57  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000949974  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  32.63 
 
 		 109 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1194  transcriptional regulator, PadR-like family  37.93 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3469  hypothetical protein  32.47 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0557218  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3488  transcriptional regulator, PadR family  32.47 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00705716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0699  PadR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000596024  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  29.25 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09510  transcriptional regulator, PadR family  34.41 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.498358  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  35.87 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5391  transcriptional regulator, PadR family  34.69 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0917422  normal  0.395452 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4530  PadR-like family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4507  PadR-like family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.718023  normal  0.823935 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3013  transcriptional regulator, PadR-like family  36.63 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00626511 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  32.08 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  31.25 
 
 		 126 aa  54.7  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  27.47 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  27.47 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  27.47 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  30.19 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1103  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.369684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  29.9 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  27.47 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  27.47 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8856  transcriptional regulator, PadR family  34.07 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.679523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  27.47 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 113 aa  52.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 103 aa  53.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  28.16 
 
 		 110 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  32.35 
 
 		 128 aa  52.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  23.76 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  23.76 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1141  transcriptional regulator, PadR family  41.89 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.386385 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  31.31 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  27.64 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 111 aa  51.6  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>