More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1711 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1711  von Willebrand factor, type A  100 
 
 
256 aa  526  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.953337 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0343  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.2 
 
 
249 aa  261  1e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000467154  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30830  rRNA methylase  40.83 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6302  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.42 
 
 
248 aa  180  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.26 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  31.95 
 
 
245 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1036  RNA methyltransferase  32.77 
 
 
242 aa  122  7e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1084  RNA methyltransferase  32.77 
 
 
242 aa  122  7e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.71 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  35.74 
 
 
321 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.71 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1644  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.36 
 
 
234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000329546  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0596  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
240 aa  119  6e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.91 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.29 
 
 
256 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1016  RNA methyltransferase  33.19 
 
 
234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.52 
 
 
320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.47 
 
 
326 aa  115  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0174  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.99 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000034032  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.34 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  31.33 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  31.76 
 
 
314 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  31.65 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  31.22 
 
 
247 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.78 
 
 
246 aa  111  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0305  RNA methyltransferase  31.65 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.89 
 
 
324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0190  RNA methyltransferase  30.34 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.153268  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.2 
 
 
306 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.8 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  31.76 
 
 
322 aa  108  6e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30 
 
 
246 aa  107  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.06 
 
 
249 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  32.61 
 
 
373 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  33.04 
 
 
372 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0172  RNA methyltransferase  31.51 
 
 
249 aa  106  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0806813  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  31.64 
 
 
330 aa  106  3e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.96 
 
 
321 aa  106  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  31.58 
 
 
331 aa  106  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1616  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.79 
 
 
248 aa  105  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.439996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0306  TrmH family tRNA methyltransferase  30.47 
 
 
268 aa  105  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.96 
 
 
326 aa  105  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.86 
 
 
250 aa  105  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  31.8 
 
 
320 aa  104  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  28.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0209  RNA methyltransferase  29.54 
 
 
251 aa  103  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3790  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.45 
 
 
246 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0690  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.45 
 
 
246 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.91 
 
 
315 aa  104  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1517  RNA methyltransferase  29.79 
 
 
238 aa  104  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.826104  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3644  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  32.45 
 
 
246 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1952  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.06 
 
 
249 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192132  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0116  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  28.98 
 
 
238 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.328344  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  28.39 
 
 
251 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.63 
 
 
250 aa  102  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.68 
 
 
244 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1523  RNA methyltransferase  29.71 
 
 
247 aa  102  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.28 
 
 
324 aa  102  5e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  29.61 
 
 
242 aa  102  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.54 
 
 
245 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  27 
 
 
248 aa  102  7e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.29 
 
 
322 aa  101  9e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.13 
 
 
243 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000546108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.36 
 
 
243 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1625  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.81 
 
 
251 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.117052  hitchhiker  0.00235214 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1867  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.15 
 
 
246 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2172  RNA methyltransferase TrmH, group 3  28.21 
 
 
237 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0146478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.47 
 
 
239 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  29.13 
 
 
314 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  30.25 
 
 
312 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0768  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  33.68 
 
 
244 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  31.78 
 
 
386 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  28.57 
 
 
248 aa  99.8  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0122  tRNA/rRNA methyltransferase  27.43 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  30.86 
 
 
328 aa  99.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4689  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.29 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196854  normal  0.78403 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  29.66 
 
 
277 aa  99.4  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  31.06 
 
 
323 aa  99.4  5e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0572  RNA methyltransferase  30.49 
 
 
252 aa  99.4  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  29.29 
 
 
247 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  29.29 
 
 
247 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.51 
 
 
251 aa  99  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  29.29 
 
 
247 aa  99  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.85 
 
 
243 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  28.51 
 
 
243 aa  99  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  30.35 
 
 
243 aa  98.6  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2730  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.63 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.751116  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.85 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.54 
 
 
292 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  29.85 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  28.87 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  27.54 
 
 
292 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>